За время войны строительство новых кораблей резко сократилось, однако несколько надводных кораблей и подводных лодок было все же достроено.
Организационно весь советский ВМФ состоял из четырех флотов (Балтийский, Черноморский, Северный и Тихоокеанский).
Перед войной флот был подчинен народному комиссару ВМФ, а в оперативном отношении — народному комиссару обороны.
На момент начала войны (22. 06. 41 г.) Главный Военный Совет ВМФ состоял из председателя (нарком ВМФ адмирал Н. Г. Кузнецов) и членов: секретаря ЦК ВКП(б) (А. А. Жданова), первого заместителя наркома ВМФ — начальника Главного морского штаба И.С. Исакова (с 3. 07. 42 г. эту должность исполнял контр-адмирал В. А. Алафузов), заместителя наркома — начальника управления политической пропаганды ВМФ армейского комиссара 2-го ранга И. В. Рогова, заместителей наркома ВМФ адмирала Л. М. Галлера и вице-адмирала Г. И. Левченко, начальника управления ВВС ВМФ генерал-лейтенанта авиации С. Ф. Жаворонкова.
Главной стратегической целью плана «Барбаросса» (директива № 21) было уничтожение основной массы находящихся в западной части Советского Союза войск, воспрепятствование отступлению боеспособных частей за Днепр и Западную Двину, захват жизненно важных районов страны.
По этому плану всё военно-морские базы СССР должны были быть захвачены сухопутными войсками. Это позволило бы нейтрализовать все силы и средства флотов. Использование основных сил «Кригсмарине» немецкое Верховное командование не предусматривало.
К середине — концу июня 1941 г. у наших западных границ в первом стратегическом эшелоне было сосредоточено три группы немецко-фашистских войск из 166 дивизий.
На группу армий «Север» (генерал-фельдмаршал В. Лееб) возлагались задачи уничтожить советские войска в Прибалтике, захватить порты Балтийского моря, лишить Балтийский флот всех опорных баз, включая Кронштадт и Ленинград. Для обеспечения действий группы армий «Север» на Балтике было сосредоточено до 100 кораблей «Кригсмарине» и весь военно-морской флот Финляндии. Общая ширина фронта этой группы армий была 230 км (от Клайпеды до Голдопа).
Группа армий «Центр» (генерал-фельдмаршал Ф. Бок) была развернута по фронту 500 км (от Голдопа до Влодвы). Задачей этой группы было разгромить наши войска в Белоруссии и, после выхода к Смоленску, взаимодействовать с группой «Север» для уничтожения войск в Прибалтике и у Ленинграда.
Задачей группы армий «Юг» (генерал-фельдмаршал Г. Рундштедт) было нанесение главного удара по Киеву, уничтожение советских войск в Галиции и обеспечение дальнейшего наступления на восток. Для содействия войскам группы привлекался румынский флот на Черном море и Дунайская речная флотилия. Общая ширина фронта группы армий «Юг» составляла 1300 км (от Полесья до Черного моря).
Для действия на севере (в Норвегии и. Финляндии) была развернута отдельная армия «Норвегия» (генерал-полковник Н. Фалькенхорст). Главной задачей этой армии был захват Мурманска и Полярного, Кольского полуострова, Кировской железной дороги и выход к Белому морю.
Захват главной базы Северного флота имел целью лишить СССР внешней морской связи с союзниками в этом районе. В северных базах Норвегии была сосредоточена группа военно-морских сил «Север», действие которой обеспечивалось большим количеством самолетов 5-го воздушного флота.
К середине июля 1941 г. в составе немецких вооруженных сил на советско-германском фронте действовало уже 182 дивизии, и 14 дивизий было в резерве.
В первый период войны на советский ВМФ возлагались две задачи, определенные Ставкой ВГК: сухопутная и морская. Сухопутная заключалась в том, чтобы, взаимодействуя с сухопутными частями, способствовать устойчивости приморских и приозерных флангов наших войск. Вторая (морская) — в недопущении воздействия противника по нашим войскам со стороны моря.
Для выполнения этих задач дополнительно были созданы Ладожская, Чудская, Азовская, Беломорская и Волжская флотилии.
Флоты и флотилии обеспечивали крупные воинские и народно-хозяйственные перевозки, наносили заметный урон кораблям и судам противника, обеспечивающим снабжение сухопутных армий, срывали стратегические перевозки сырья для германской промышленности, сковывали значительные силы противника при обороне военно-морских баз.