Первые полгода войны показали высокую эффективность минного оружия подводных лодок. Хотя в составе флота в это время было лишь 3 подводных минных заградителя («Л-3» под командованием капитана 3-го ранга П. Д. Грищенко, «Лембит» — командир капитан 3-го ранга В. А. Полещук, затем старший лейтенант А. М. Матиясевич и «Калев» — командир капитан-лейтенант Б. А. Ныров).
В общей сложности эти 3 подводные лодки поставили 90 мин, на которых подорвались 10 судов противника, тральщик и каботажное судно. Среднее число мин — 7 на одну потопленную цель — это очень высокий показатель для данного типа оружия (ЦВМА. Ф. 18. Д.40015; Ф.78. Д.34934).
Кроме того, балтийские подводные лодки в этот период неоднократно использовали артиллерию при обстреле береговых целей противника. Например, «С-7» в октябре — ноябре обстреливала железнодорожные станции Цевве и Вайавара в Нарвском заливе, вызвав пожары военных объектов в Нарве и Асери. К тому же подводники принимали участие в перевозках топлива и оружия для военно-морской базы Ханко и для Ленинграда.
Как уже говорилось выше, принимали активное участие подводники и при обеспечении эвакуации из Таллина. Прикрывали они эвакуацию и гарнизона Ханко.
Однако 1941 г. был самым тяжелым годом для балтийских подводников. С июня по декабрь 1941 г. Балтийский флот потерял 19 подводных лодок, в среднем 3 подводные лодки в месяц. Таких потерь не знал ни один из наших флотов за всю войну. Основная часть подводных лодок погибла, подорвавшись на вражеских минах.
Закончился 1941 г., но основные битвы на Балтике были еще впереди. Впереди были еще и основные трудности, которые пришлось преодолевать, впереди были и основные победы.
Дело в том, что после понесенных потерь в Балтийском море от разнородных сил Советского ВМФ, в частности, от подводных лодок, немецкое командование решило предпринять крупномасштабные оборонительные меры по полной изоляции нашего подводного флота. В директиве № 41 верховного командования германских вооруженных сил говорилось: «Безопасность плавания в Балтийском море должна быть обеспечена путем блокады русских военно-морских сил во внутренней части Финского залива». Все было направлено на то, чтобы ни одна подводная лодка не смогла выйти из заблокированного Ленинграда и Кронштадта.
Весной 1942 г. немцы начали массовое минирование Финского залива, убедившись по итогам 1941 г., что именно мины являются основным препятствием для действий советских подводных лодок. В довольно короткий срок были созданы две мощнейшие минно-артиллерийские противолодочные позиции: Гогландская и Нарген-Порккалла-Уддская. Каждая из этих позиций состояла из нескольких рядов минных заграждений, располагающихся поперек вероятных путей развертывания наших лодок. Протяженность их по фронту предусматривалась таковой, чтобы ни справа, ни слева обойти их было невозможно.
Между шхерными районами Порккалла-Удд и островом Нарген (Найсар) параллельно линии Хельсинки — Таллин было оборудовано минное заграждение «Назхорн» («Носорог»). Второе минное заграждение было установлено по 27-му меридиану восточной долготы. Называлось это заграждение «Зее-игль» («Морской еж»).
Кроме этих двух заграждений было установлено и третье — между островами Лавенсаари и Котлином под названием «Тигр». Рядом с ним — четвертое под названием «Урс». Пятое, довольно мощное заграждение располагалось к югу от острова Лавенсаари и называлось «Зеехунд» («Тюлень»). В общей сложности к лету 1942 г. в Финском заливе было выставлено 21 тыс. мин.
Мины ставились в виде вертикальных завес из антенных, гальваноударных и неконтактных (магнитных) мин. Донные неконтактные мины ставились в линии с интервалом 40 — 60 м и на глубинах свыше 50 м с целью недопущения проскальзывания подводных лодок у самого дна. Якорные мины ставились на разном углублении с таким расчетом, чтобы перекрыть весь диапазон глубины плавания лодок, начиная с надводной.
Большую опасность для лодок составляли плавающие мины, сорванные с якорей во время штормов.
На побережье и островах были установлены шумопеленгаторные станции с дальностью действия несколько миль. Как на южном, так и на северном берегах залива, а также на островах были оборудованы посты наблюдения и артиллерийские позиции.
В бухтах и шхерах были размещены в громадном количестве поисково-ударные группы, состоящие из надводных кораблей разных классов, а на ближайших аэродромах базировались группы противолодочных самолетов.
Весь фарватер Кронштадт — Лавенсаари был начинен донными магнитными минами.