Практически трое суток на территорию порта входили грузовые и легковые машины разных марок. Из грузовых машин выгружали и кранами поднимали на борт разных размеров плотно заколоченные ящики, многие из которых были обиты железом. Некоторые ящики грузили сами эсэсовцы, никому не доверяя,
«Из легковых машин выходили разного рода военные и партийные бонзы в званиях генералов и высших офицеров», — пишет Гейнц Шен, бывший пассажирский помощник капитана «Вильгельма Густлофа», в обязанности которого входило размещение пассажиров. При этом, пишет Шен, «разного рода фюреры и бонзы» размещались в числе первых и почетных пассажиров в самых лучших каютах. Он пишет также, что офицеров высоких званий в форме СС («черные фуражки с черепами на высоких тульях, черные мундиры») было довольно много. Он предполагает, что это были представители администраций различных концлагерей, таких как Майданек, Ауш-виц, Штутхоф.
Среди первых пассажиров были и представители руководства Восточной Пруссии и Померании. Так как Шен, в соответствии со своими обязанностями по размещению пассажиров, должен был проверять списки их, то он хорошо запомнил, что за «мирный» контингент грузился на лайнер. В основном это были военные и разный чиновный люд из представителей гражданских властей.
Так как через сутки, прошедшие с начала погрузки, все каюты были заняты, то вновь прибывшие «фюреры и бонзы», размахивая разного рода пропусками и другими документами, подписанными «самим герром фюрером — гауляйтером Данцига», начали устраивать скандалы, доходившие до рукоприкладства. Естественно, в коридорах, а тем более на палубах, в январские дни никто не хотел оставаться.
Автор «Подвиг «тринадцатой». Слава и трагедия подвод-, ника А. И. Маринеско» В. С. Геманов приводит высказывания нескольких польских рабочих, которые во время войны работали в порту Гданьска и были свидетелями загрузки «Вильгельма Густлофа». Все они утверждают, что были свидетелями, как на лайнер, кроме станков, деталей самолетов, контейнеров с личными вещами высокопоставленных фашистских бонз, грузились под охраной эсэсовцев большие плоские ящики «длиной три и шириной около двух метров, а высотой около полуметра» с каким-то особо ценным грузом из «русских дворцов», как сообщил доверительно одному из них боцман лайнера Эрих Биттнер, бывший с этим рабочим в товарищеских отношениях (это к версии, что на лайнере вывозилась Янтарная комната из Екатерининского дворца). Последними на борт зашли около 2 тыс. подводников. Вот что говорит водитель «Шкоды» и «Бюссинга» некий Хильке, который работал на погрузке «Густлофа»: «За три дня до выхода «Вильгельма Густлофа» в море на набережной, где было ошвартовано судно, появилась группа гражданских лиц во главе со старшим офицером гестапо, одетым в военную форму. Затем при помощи солдат войск СС вся территория была очищена от посторонних. Людей, уже находившихся на судне, загнали во внутренние помещения, все иллюминаторы, выходящие на пирс, задраили. После этого на пирс приехали грузовики. С них при помощи портального крана были подняты на борт, а затем перегружены в один из трюмов большие обитые железом и, видимо, очень прочные ящики… Я обратил внимание, что они были весьма легкими по весу. Мне показалось, что «Густлоф» специально дожидался этого груза. Сразу после погрузки на его борт поднялись подводники…»
Бывший пассажирский помощник капитана Шен, о котором упомянуто выше, отмечает, что перед самым выходом была погружена еще одна (вторая) группа подводников в количестве 1300 человек из Окстернефта. Это было уже рано утром на пятый, последний день погрузки, а до этого «нескончаемой колонной, заполнившей чуть не всю территорию порта», шли подводники. Это личный состав школы подводного плавания. Более двух тысяч человек! Кроме того, около 400 или 500 подводников находилось на борту «Вильгельма Густлофа» еще до погрузки, т. к. он еще в начале войны был переоборудован в плавучую базу учебной флотилии подводных лодок: кабинеты, тренажеры, жилые помещения для жизни курсантов и офицеров.