Английское командование взяло подписку со всех членов экипажа эсминца, участвовавших в операции по уничтожению «U-559», о неразглашении того, что они могли видеть перед тем, как лодка пошла на дно (о переносе мешка документов). В результате расшифровки кодов «Энигмы» английская разведка узнавала все подробности передвижения и развертывания германских боевых кораблей.
Хочу оговориться, что провал с «U-559» был не первым случаем захвата кодов «Энигмы». Первый произошел еще в мае 1941 г. Тогда подводная лодка «U-110» получила серьезные повреждения от атак двух английских эсминцев и корвета. Командир лодки, кавалер Рыцарского креста Лемп (тот самый, который в первый день объявления войны Англией, командуя «U-30», потопил английский пассажирский лайнер «Атения», на борту которого находилось в общей сложности 1417 человек, из которых 118 погибло) принял решение всплыть и приказал команде покинуть борт лодки. Инженер-механик получил приказание открыть клапана вентиляции цистерн главного балласта и затопить лодку. Однако он по какой-то причине не успел выполнить команду. Лодка, как потом и «U-559», какое-то время оставалась на плаву и не хотела тонуть.
Командир абордажной группы с эсминца «Балдог» младший лейтенант Бальми успел изъять с лодки не только документацию, но и саму шифровальную машинку «Энигма». В числе документации были кодовые таблицы, сигнальный журнал и несколько радиограмм. После того как лодка затонула, вся команда ее, за исключением 14 погибших, попала в плен. Командир лодки погиб. По свидетельству очевидцев, Лемп покончил жизнь самоубийством — «вскинул вверх руки и пошел ко дну», — поняв, что англичанам досталась «Энигма» вместе с документацией.
Кроме таблиц «ключей» к шифровальной машинке, к англичанам попали секретные морские карты, карты минных полей в Северном море и у побережья Франции, чертежи и руководства по эксплуатации систем лодки «IX В» серии.
В конце пятидесятых годов история с захватом «Энигмы» англичанами стала известна. Немецкие ветераны-подводники, прежде почитавшие Лемпа, стали называть его предателем: «Лемп преступно пренебрег своими обязанностями, не уничтожив имевшиеся на лодке секретные материалы и военно-морскую «Энигму», что привело к напрасной потере многих немецких подводных лодок и гибели сотен подводников».
После операции по захвату «Энигмы», как и потом в случае с ПЛ «U-559», все свидетели дали подписку о неразглашении военной тайны (и около 20 лет держали это в секрете), а немецкие пленные подводники содержались в лагере при строгой изоляции до конца войны.
Длительное время англичане пользовались «Энигмой», пока немцы не заменили шифр. Но после некоторого перерыва произошла история с «U-559», и они снова стали владеть оперативной информацией о лодках «Кригсмарине», т.к. немцы не подозревали, что, кроме шифров, и сама «Энигма» в руках англичан.
После потопления «U-386» и «U0406» в феврале 1944 г. английскими кораблями от попавших в плен немецких подводников англичане узнали, что обе лодки имели на борту новое электронное оборудование и соответствующих специалистов. К сожалению для англичан, абордажная группа с эсминца «Скей», успевшая проникнуть на борт после того, как команда покинула ее и она еще некоторое время оставалась на плаву, целый мешок, набитый секретными документами, оставила на лодке. Абордажная группа не смогла его вовремя вынести наружу: лодка стала тонуть.
Несомненный вред «Кригсмарине» принесло пленение около 40 человек экипажа ПЛ «U-744» в марте 1944 г. Лодку, получившую сильные повреждения, но остававшуюся на плаву, команда покинула, как это нередко было в практике немецких подводников и ранее. С канадского эсминца «Чилливека» на лодку проникли два лейтенанта и оружейник. Они успели захватить много разного рода секретной документации. По мнению канадского историка флота Джозефа Шулла, «эти три человека захватили бесценные трофеи — книги кодов, списки, сигналы и оборудование».