Однако к концу XVIII столетия накопленные научные знания по-прежнему ограничивались только поверхностью моря. Глубинные слои Мирового океана оставались неисследованными. Долгое время человек имел лишь смутное представление о толще моря. Многочисленные промеры глубины лотом производились только местами, в мелких прибрежных водах. В 1773 г. в северной Атлантике англичанину Фиппсу удался первый промер лотом на глубине свыше 1200 м. С середины XIX столетия, после того как были разработаны надлежащие лоты, можно говорить о глубинных промерах в прямом смысле этого слова. С помощью этих лотов с больших глубин могли также поднимать на поверхность пробы морского грунта. При ранее применявшихся лотах было очень трудно зафиксировать касание дна, так что иногда измерялась глубина в 15 тыс. м при фактической глубине лишь около 5 000 м. В 1840 г. в южной Атлантике Джемсу Кларку Россу удалось провести первые глубоководные промеры лотом, которые дали глубину в 4480 м. В 1968 г. была произведена проверка этих данных с помощью современной измерительной аппаратуры, и оказалось, что данные Росса были завышены на 450 м.
С изобретением термометра начались измерения температуры воды в море. В 1707 г. в Средиземном море граф Марсилли выполнил измерения температуры до глубины 195 м, а в 1749 г. эти измерения проводились уже до глубины 1630 м. Разумеется, только с разработкой глубоководного опрокидывающегося термометра в конце XIX столетия стали возможны достаточно точные измерения температуры на различных глубинах. Марсилли отбирал также пробы грунта и живых организмов, обитающих на морском дне. Для этого он сконструировал драгу, имеющую важное значение для морской биологии и геологии. Таким образом был создан первый прибор, специально предназначенный для океанографических исследований.
Глубинный лот Брука (1854 г.), сделавший возможным более точное определение глубины. При касании морского дна из держателя освобождалось просверленное пушечное ядро, благодаря чему поднимался облегченный лотлинь
Многочисленные экспедиции того времени позволили получить новые крупные результаты, что предопределило развитие более ясных представлений о явлениях в море, хотя о процессах, происходящих в глубоких слоях, по-прежнему было известно очень мало.
В 1786 г. появилась первая карта Гольфстрима, составленная Бенджамином Франклином, которая в поразительном соответствии с современными представлениями уподобляет течение реке в море и содержит даже ряд данных о его скорости. Эта карта основана на наблюдениях американских китобоев. Их опыт Франклин пытался также применить на курсирующих между Англией и Северной Америкой почтовых судах. С предложения Франклина определять течение Гольфстрим по систематическим измерениям температуры воды и начинаются первые шаги в установлении связи между океанографическими научными выводами и практикой мореплавания.
В XIX столетии различные страны направляли экспедиции в море. Вновь возобновились исследования полярных районов. Эти исследования часто сопровождались океанографическими наблюдениями. В это же время предпринимались многочисленные кругосветные плавания, которые наряду с научно-исследовательскими задачами преследовали также военные или торгово-политические цели.
О систематическом развитии океанографии можно, однако, говорить только с середины XIX столетия. Промышленная революция, которая сначала в Англии, а в последующие десятилетия XIX века и в прочих европейских государствах, а также в США, привела к крупномасштабному механизированному производству, способствовала резкой интенсификации торговли и в первую очередь мореплавания. Все более развивающееся мореплавание нуждалось в достоверных сведениях о системах ветров и течений в Мировом океане, о приливах и отливах, ледовых условиях, частоте повторяемости туманов и о многом и многом другом. С помощью метеорологических, гидрографических и океанологических исследований было необходимо заложить основы рациональной и безопасной навигации.
Хотя в некоторых странах в это время уже были созданы гидрографические службы (так, например, в 1720 г. во Франции, в 1784 г. в Дании, в 1795 г. в Англии, в 1827 г. в России и в 1861 г. в тогдашней Пруссии), однако в международных рамках различные наблюдения систематически не обобщались и не обрабатывались. Особенно высокой оценки в связи с этим заслуживает деятельность американского морского офицера М.Ф. Мори, который в 1847 г. на основе судовых журналов составил первые карты ветров и течении и впоследствии дополнил их данными из лоций. Эти работы позволили лучше использовать природные условия для целей мореплавания, которое в то время ежегодно приносило, например, британскому торговому флоту, доход в два миллиона фунтов стерлингов.