В результате принятых мер к началу 1870-х гг. общая численность оренбургского войскового казачьего сословия составила 252.928 душ обоего пола, и войско стало крупнейшим по численности казачьего населения. В него почти полностью вошли Верхнеуральский и Троицкий уезды, а также часть Оренбургского, Орского и Челябинского уездов Оренбургской губернии. К началу ХХ в. управление войском регулировалось Положением об управлении военными отделами Оренбургского казачьего войска, Высочайше утверждённым 24 января 1884 г., и Положением об общественном управлении станиц казачьих войск 1891 г.
Как уже говорилось, делами по военному и гражданскому устройству всех казачьих войск ведало Главное управление казачьих войск. Казачьи офицеры из-за постоянной бюрократической волокиты в шутку называли этот орган «Главное затруднение казачьих войск»[84]. В 1910 г. функции управления были переданы Казачьему отделу Главного штаба. В военном отношении войско подчинялось командующему войсками Казанского военного округа. Непосредственно во главе войскового управления стоял Наказный атаман, должность которого совмещалась с должностью оренбургского губернатора. Атаман управлял войском по гражданской (административно-хозяйственной) части на правах губернатора через Войсковое хозяйственное правление, по военной части — на правах начальника дивизии через Войсковой штаб. В полицейском отношении население находилось в ведении общей губернской полиции. Войсковое хозяйственное правление включало общее присутствие и пять отделений: хозяйственное, поземельно-строительное, особое, межевое и лесное. В ведении Войскового хозяйственного правления находились все отрасли войскового хозяйства, а также непосредственное управление общими войсковыми капиталами. Особое отделение отвечало за общественное управление станиц. Не менее важным административным органом был Войсковой штаб, во главе которого стоял начальник в чине полковника или генерал-майора.
Следующим звеном войсковой административной системы являлись управления военных отделов и сами отделы: 1-й с центром в Оренбурге, 2-й с центром в Верхнеуральске и 3-й с центром в Троицке. Во главе каждого отдела стоял атаман в чине полковника или генерал-майора, непосредственно подчинявшийся Наказному атаману. Первый отдел был крупнейшим по числу станиц и численности казачьего населения, второй отдел превосходил остальные по территории, третий отдел — по общей численности как войскового, так и невойскового населения и по количеству населённых пунктов.
Атаман отдела должен был осуществлять военное управление, наблюдать за общественным управлением в станицах, в его ведении также было руководство станичными школами и общее управление станичными конно-плодовыми табунами. По военной части атаман отдела наблюдал за исправностью отбывания казаками воинской повинности, должен был следить за тем, чтобы все чины льготных частей, а также запасные состояли в установленной положением готовности к службе по всем предметам воинского снаряжения, а казаки старшего возраста приготовительного разряда приобретали бы необходимое для службы снаряжение в срок. Кроме того, атаман отдела заведовал всем не находившимся на действительной службе служилым составом казаков отдела и наблюдал за тем, чтобы они не уклонялись от службы во время лагерных сборов. Атаман также руководил учебными занятиями казаков, занимался формированием сменных команд первоочередных частей, инспектировал льготные команды тех же частей по возвращении их в войско.
В военное время атаман отдела формировал при мобилизации льготные части, выставляемые отделом, инспектировал мобилизованные части по возвращении их в войско. Атаманы отделов осуществляли надзор за общественным управлением в станицах и имели полномочия увольнять станичных и поселковых должностных лиц, за исключением станичных атаманов и почётных судей, за проступки. За маловажные проступки атаманы отделов имели право подвергать виновных выговорам, замечаниям или денежному взысканию до 5 руб. и аресту до семи дней. Несмотря на наличие штата помощников, атаманы отделов не справлялись с возложенными на них обязанностями.