Знаменитая Чапаевская дивизия, во главе с бывшим анархистом Василием Чапаевым (в 1917-м Василий Иванович состоял в саратовской организации анархистов-коммунистов), несколько раз бунтовала и проявляла неподчинение приказам центра. Политкомиссар дивизии Фурманов до весны 1918 года также был анархистом, поэтому и был принят в дивизию непокорным Чапаем. Ядро этой дивизии составляло повстанческое ополчение крестьянской самообороны, которое по своим взглядам мало чем отличалось от восставших против «коммунии» частей Григорьева или Вакулина. Но главную опасность представляли не они, а авторитетный командир — типичный атаман гражданской войны. Этим, возможно, и объясняются странности смерти Чапая «без свидетелей». Даже осторожный Фурманов дает подсказку: «На берегу остался один Чапай. Больше Чапая никто не видел».
При загадочных обстоятельствах погибли и другие герои гражданской войны, что интересно, все из атаманов — комдив Н. Щорс, комбриги В. Боженко, Т. Черняк... Летом 1919 года командование Красной армии решило отстранить «ненадежных и самостоятельных» украинских повстанческих командиров, которые еще оставались на стороне большевиков. Эти командиры были опасны тем, что пользовались авторитетом и поддержкой среди бойцов и еще мечтали о вольных советах. Большевики старались положить конец таким мечтам.
В конце июня 1919 года был отравлен комдив Владимир Боженко, которого его бойцы звали «батько». Василий Назарович Боженко, родившийся в 1869 году, был простым рабочим, который в 1917-м стал членом Киевского совета рабочих депутатов. Во время январских 1918 года боев против Центральной Рады он стал командиром отряда, а летом того же года возглавил повстанческий отряд крестьян Киевщины. В начале 1919 года Боженко назначен командиром советского Таращанского полка 1-й Украинской советской дивизии, которая выбила из Киева Петлюру.
Незадолго до смерти Боженко его жена была замучена в застенках киевской ЧК, и «батько» грозился «пойти на Киев и разгромить местную чеку». Политкомиссары докладывали о «самодурстве», «самостоятельности» и «безответственности» Боженко, советуя немедленно отстранить его от командования, «...чтобы сохранить дивизию и не повторить «григоривщины»». Его и отстранили, при помощи яда.
При невыясненных обстоятельствах был застрелен командир «Чертовой» Новгород-Северской бригады Тимофей Викторович Черняк (1891–1919) — красный атаман, организатор партизанского движения на Черниговщине. Бывший грузчик, прапорщик времен Первой мировой, Черняк стал командиром повстанческого соединения в лесах у Новгород-Северского. В начале 1919-го он уже командует полком Украинской советской армии, а с апреля того же года — комбриг Красной армии. Черняк был застрелен в штабе 8-го красного полка, но дело о его убийстве не расследовали, обвинив в происшедшем агентов Петлюры.
30 августа 1919 года был убит командир 1-й Украинской советской дивизии Николай Александрович Щорс (1895– 1919). Летом 1918-го бывший подпоручик царской армии Щорс организовал повстанческий отряд на юге Киевщины, осенью он переходит на сторону красных и становится командиром Богунского повстанческого полка, а в 1919-м — командиром 1-й Украинской советской дивизии. Троцкий боялся популярности Щорса, как «...самостийника, противника регулярных начал, ярого партизана», «...карьериста и врага Советской власти». Щорса называли «неукротимым партизаном». Он угрожал своей отставкой за придирки, недоверие и «искажение политики». Троцкий боялся, что за ним, против власти, пойдет и вся дивизия...
По распространенной версии, Николай Щорс был убит политинспектором 12-й армии Танхиль-Тахилевичем по приказу центра. Большевики этим убийством хотели избежать восстания в дивизии Щорса. В войсках тогда поговаривали, что Николая Александровича «убили свои» выстрелом в затылок. Бойцов дивизии не оповестили о гибели их командира, мертвому Щорсу не было отдано последних почестей. Тело комдива второпях вывезли из Украины товарным вагоном в Самару и там, на городском кладбище, похоронили. Армию унифицировали, а все, кто имел свое мнение и пользовался любовью бойцов и поддержкой населения, подлежали уничтожению.