Наиболее важные атомные работы дублировались разными институтами. Принцип здоровой конкуренции сразу закладывался Спецкомитетом как основополагающий в организации всех работ.
Наиболее ответственные дела оставались за секретной лабораторией № 2, руководимой Курчатовым. Она должна была освоить лабораторные и опытно-промышленные методы разделения изотопов урана и получения плутония в уран-графитовой сборке. Кикоин и Курчатов отвечали за подготовку Технических Заданий (ТЗ) на проектирование промышленных комбинатов № 813 и № 817.
За Харитоном оставалась разработка конструкции бомбы, за Алихановым — тяжеловодный реактор. Несмотря на явную приоритетность Лаборатории № 2 во всех научных вопросах атомного проекта, вопрос о Главном научном руководителе оставался открытым. Капица или Курчатов?
И тот, и другой входили в состав Специального комитета и его Технического совета. Формально их должностной статус был равнозначен. Коллизия разрешилась сама собой.
25 ноября 1945 года Капица послал Сталину второе «отставное» письмо, которое было составлено в категоричной, почти ультимативной форме, похожей на сжигание мостов.
Резкой критике в письме была подвергнута вся складывающаяся организация работ по созданию атомной бомбы (АБ).
«…Можно отметить, что среди ученых, инженеров, начиная с самых хороших и кончая жуликами, с учетом всех градаций, заключенных между ними, сейчас большой энтузиазм к АБ…
…Никакого строгого отбора тематики по определенному плану сейчас нет, и вокруг АБ начинается свистопляска. Пляшут и жулики, и авантюристы, и честные люди. Конечно, что-нибудь под конец и вытанцуется, но явно это не тот короткий и дешевый путь, по которому мы можем перешагнуть Америку…
Но все же мы не должны складывать оружие… Хоть и тяжеловато будет, но, во всяком случае, попробовать надо скоро и дешево создать АБ. Но не таким путем, как мы идем сейчас, — он совсем безалаберен и без плана…».
Капица открыто выразил в письме свое мнение о полной некомпетентности партийных руководителей, которые часто со скептицизмом выслушивают мнение ученых и за их спинами делают все по-своему.
«… Товарищи Берия, Маленков, Вознесенский ведут себя в Особом комитете как сверхчеловеки. В особенности тов. Берия. Правда, у него дирижерская палочка в руках… У тов. Берия основная слабость в том, что дирижер должен не только махать палочкой, но и понимать партитуру. С этим у Берия слабо…
Стоит только послушать рассуждения о науке некоторых товарищей на заседаниях Техсовета! Их приходится часто слушать из вежливости и сдерживать улыбку — так они бывают наивны, воображая, что познав, что дважды два — четыре, они уже постигли все глубины математики и могут делать авторитетные суждения…
Я лично думаю, что тов. Берия справился бы со своей задачей, если отдал бы больше сил и времени.
…У него, безусловно, есть вкус к научным вопросам, он их хорошо схватывает, точно формулирует свои решения.
Но у него один недостаток — чрезмерная самоуверенность, и причина её, по-видимому, в незнании партитуры. Я ему прямо говорю: «Вы не понимаете физику, дайте нам, ученым, судить об этих вопросах». Вообще наши диалоги не особо любезны. Я ему предлагал учить его физике, приезжать ко мне в институт…
Например, ему следовало бы познакомиться по первоисточникам (а не в популярном изложении), как прокладывался трансокеанский кабель, как развивалась паровая турбина и пр.
Он увидал бы общую закономерность этих процессов и использовал бы этот опыт для того, чтобы понять, что важно и нужно в развитии работ по АБ…
Берия, если бы не был так ленив, то, поработав, с его способностями и «знанием людей», несомненно, мог бы… стать первоклассным дирижером оркестра АБ… Но для этого нужно работать, а чиркая карандашом по проектам постановлений в председательском кресле — это ещё не значит руководить проблемой. У меня с Берия совсем ничего не получается…»
Петр Леонидович попытался предложить в письме выход из создавшегося положения за счет принятия специального регламента, согласно которому подпись ученого должна была бы скреплять «всякий протокол Особого комитета и приказы разных начальников. Наподобие политических комиссаров надо создать научных комиссаров. На данном этапе это может помочь…».
В заключении письма — повторная просьба об отставке:
«При создавшихся условиях работы я никакой пользы от своего присутствия в Особом комитете и Техническом совете не вижу.
Товарищи Алиханов, Иоффе, Курчатов так же и даже более компетентны, чем я, и меня прекрасно заменят, по всем вопросам, связанным с АБ.