Остатки французских войск и несколько тысяч неаполитанских республиканцев заперлись в нескольких мощных фортах: Кастель-Нуово, Кастель-дель-Ово и Сант-Эльмо. Однако помощи было ждать неоткуда и после нескольких дней обороны, положившись на слово русского офицера, гарнизоны фортов капитулировали на условии эвакуации их в Геную, занятую еще республиканскими войсками. Однако в этот момент в Неаполь прибыла эскадра адмирала Нельсона и неаполитанская королевская чета. Растоптав условия капитуляции, англичане и роялисты повесили республиканцев на реях кораблей. Более того, не удовольствовавшись этими казнями, скоро суды, учрежденные в Неаполе, приговорили к смерти еще 40 тыс. человек!
Юг Италии, как и большая часть севера, был потерян для республиканцев. В скором времени отряды коалиции вступили также и в Рим. В руках французов оставался только клочок побережья в районе Генуи. Здесь собрались все остатки республиканских войск. Сюда Директория прислала нового командующего. Это был молодой, талантливый и отважный генерал Жубер. Он отличился в Итальянском походе Бонапарта и слыл одним из лучших его помощников. Перед отправлением в Италию он женился на молодой красавице и, выезжая в поход, пообещал своей жене вернуться с победой. Едва прибыв к армии, Жубер, горя нетерпением превзойти подвиги Бонапарта, сконцентрировал войска и сразу двинул их в наступление. Жуберу удалось собрать примерно 35 тыс. солдат. Перед ним было 52 тыс. русских и австрийцев, но молодой полководец не раздумывал. И 15 августа 1799 г. у местечка Нови он принял неравный бой. Едва только загремели первые выстрелы, как он оказался в первых рядах, и пуля тирольского стрелка сразила его, попав в самое сердце. Командование принял Моро. Несмотря на гибель своего полководца и численное превосходство союзников, французы дрались с бешеной отвагой. Но с противоположной стороны было не меньше упорства и ярости. В конечном итоге численное превосходство сыграло свою роль. Французская армия была разгромлена и вынуждена откатиться в Генуэзскую ривьеру.
Таким образом, в то время как на Рейне эрцгерцог Карл, несмотря на серьезный численный перевес своих войск, не сумел воспользоваться плодами своих первых успехов, в Италии всего лишь за 5 месяцев были разгромлены все французские армии, и коалиция господствовала отныне на всем полуострове. Нужно сказать, что в успехах русско-австрийских войск под командованием Суворова немалую роль сыграл и политический фактор. Разделяя идеи императора Павла в этом вопросе. Суворов вел войну не во имя достижения материальных выгод, а прежде всего войну идеологическую. Главной задачей он видел восстановление попранных тронов и алтарей и борьбу с влиянием идей Великой французской революции. Это можно было сделать только при условии, что союзники будут вести войну бескорыстную, отличную от той кровавой бойни, которую устроили роялисты в Неаполе. Суворов стремился поддерживать в своих войсках строгую дисциплину и привлечь на свою сторону население итальянских государств не диким террором, а наоборот — демонстративным уважением к правам и обычаям местного населения. При въезде в Милан в воскресенье 29 апреля 1799 г., в день, который совпал с праздником Пасхи, русский полководец, подойдя к архиепископу, поцеловав руку священника, сказал: «Я прислан восстановить древний престол папский и привести народ в послушание монарху его. Помогите мне в святом деле».
«Вооружитесь, народы италийские! Стремитесь к соединению под знамена, несомые на брань за бога и веру, — писал Суворов в обращении к итальянскому народу. — Не обременили ли вас правители Франции безмерными налогами? Не довершают ли они вашего разорения жестокостию военных поборов? Все горести, все бедствия изливаются на вас под именем свободы и равенства, которые повергают семейства в плачевную бедность, похищают у них сынов... Смотрите на героев, от севера для спасения вашего пришедших. Все зримые вами храбрые воины стремятся освободить Италию... Возобновлены будут законы, вера и всеобщее спокойствие, коих вы тщетно желали в томлении под игом трехлетнего рабства. При власти грядущей и служители божьих алтарей примут на себя священный сан свой и обретут возвращенную им собственность»22.