Отношения между Суворовым и австрийскими полководцами стали столь напряженными, а присутствие русских войск в Северной Италии настолько мешало планам австрийцев, что последние были готовы на все, лишь бы убрать русских из Италии. Так возник план сосредоточения всех русских войск в Швейцарии с последующим наступлением с территории этой страны на Францию. В этот момент в Швейцарии появился русский корпус под командованием Римского-Корсакова (около 27 000 человек), здесь же сражались формально приписанные к русской армии войска принца Конде. Вместе с русскими полками, сражавшимися в Ломбардии и Пьемонте, общее соединение позволило бы сконцентрировать на территории Швейцарии значительные силы, которые вполне могли бы действовать самостоятельно под командованием Суворова.
Разумеется, подобная переброска сил не приводила в восторг старого фельдмаршала, тем не менее воевать совместно с австрийцами он уже больше не мог. Именно поэтом)' император Павел I и Суворов согласились с довольно экстравагантным планом австрийского командования, согласно которому армия Суворова должна была пересечь Швейцарские Альпы, чтобы соединиться с Римским-Корсаковым в районе Цюриха. При этом находившиеся поблизости от Римского-Корсакова австрийские соединения перебрасывались севернее, чтобы действовать против французов на Рейне. Ясно, что, по мысли Суворова, переброска австрийцев на север могла произойти только с подходом к Римскому-Корсакову русской армии из Италии. так как недалеко от Цюриха французы обладали немалыми силами. Здесь было более 30 тыс. республиканских солдат под командованием одного из способнейших французских генералов Массена. 21 сентября армия Суворова (21 тыс. человек) вступила в горы. Однако соединиться с Римским-Корсаковым ему не удалось. Австрийские войска под личным началом эрцгерцога Карла (36 тыс. человек), не дожидаясь подхода войск из Италии, ушли на средний Рейн, за ними последовали и другие австрийские части.
Римский-Корсаков, таким образом, остался один на один с предприимчивым французским полководцем. Более того, русский генерал не отличался большими стратегическими талантами и разбросал свои и без того слабые силы широким кордоном. 25 сентября 1799 г. Массена перешел в наступление, форсировал реку Лимат и в ожесточенном сражении 25—26 сентября нанес сокрушительное поражение войскам Римского-Корсакова (битва под Цюрихом). Одними только пленными русские потеряли 5 200 человек, было потеряно 26 пушек, 9 знамен и весь обоз. В плен попали также 3 генерала.
Суворов узнал о разгроме, когда до Цюриха оставалось уже всего 60 километров. В этой ситуации путь вперед был невозможен. 29 сентября Суворов созвал военный совет. «Корсаков, — начал свою речь полководец, — разбит и прогнан за Рейн! Готце пропал без вести, и корпус его рассеян! Елачич и Линкен ушли! Весь план наш расстроен. Теперь мы среди гор, окружены неприятелем, превосходным в силах. Что предпринять нам? Идти назад — постыдно; никогда еще не отступал я. Идти вперед к Швипу — невозможно: у Массена свыше 60 тысяч; у нас же нет и двадцати. К тому же мы без провианта, без патронов, без артиллерии... Помощи нам ждать не от кого... Мы на краю гибели... Теперь одна остается надежда... на храбрость и самоотвержение моих войск! Мы русские...»
То, что произошло дальше, описано с восторгом и пиететом в сотнях русских военноисторических книгах. И действительно, есть чему восторгаться. Преследуемые со всех сторон, полки Суворова, ведя ожесточенные арьергардные бои, преодолели все невообразимые препятствия и соединились в начале октября с остатками Римского-Корсакова и австрийцами. Однако это было слабым утешением и ничего не меняло в стратегических результатах похода. Значительная часть Швейцарии была утрачена для союзников, корпус Римского-Корсакова разбит, а от армии Суворова оставалось лишь 15 тыс. изнуренных солдат.