На Всероссийском съезде моряков Щасный был произведен в "народные адмиралы", а 5 апреля 1918 года назначен начальником морских сил на Балтике. Через 12 дней после этого назначения Щасного арестовывают, судят и вскоре расстреливают. Троцкий на первом революционном суде обвинил Щасного в том, что он взорвал военную крепость Ино, которую должны были захватить немцы, и не установил демаркационную линию с немцами на море. Но главное преступление Щасного заключалось в том, что он знал о решении Ленина уничтожить Балтийский флот (того требовали немецкие покровители вождя) и "распространял об этом слухи".
Левые эсеры – члены президиума ВЦИК Советов потребовали отменить приговор о расстреле Щасного, но это требование было отклонено. Щасного обвинили еще и в "популярности" (!), которая может быть использована для выступлений против власти. Дыбенко, в ответ на приговор матросскому адмиралу, заявил, что большевики становятся "нашими гильотинщиками и палачами". Он писал: "Неужели нет ни одного честного большевика, который бы публично заявил протест против восстановления смертной казни? Жалкие трусы! Они боятся открыто подать свой голос – голос протеста. Но если есть хоть один честный социалист, он обязан заявить протест перед мировым пролетариатом… Мы не повинны в этом позорном акте и в знак протеста выходим из рядов правительственных партий! Пусть правительственные коммунисты после нашего заявления протеста ведут нас на эшафот…"
Но на плаху Дыбенко не пошел, да и не собирался он гибнуть "за идеи"… Из Москвы сообщили, что его могут оправдать и пообещали неприкосновенность в обмен на молчание и "отдых" от политической жизни. Ленин лично пообещал Коллонтай, что ей и Дыбенко нечего ареста бояться, а Дыбенко, вместо сурового военно-революционного трибунала, будет судить обыкновенный "народный суд".
"Отважный" оппозиционер покидает Самару как раз в тот момент, когда "каша уже была заварена", когда матросы вместе с анархистами, максималистами, левыми эсерами подготовили восстание. Отъезд Дыбенко лишил их авторитетного лидера. Фактически ценой легализации Дыбенко было предательство. 18 мая 1918 года начавшееся восстание "левых" Самары против ленинского диктата и Брестского мира было потоплено большевиками в крови. Несколько недель после этих событий чекисты еще расстреливали оппозиционеров, которые выступали за власть свободных Советов и верили Дыбенко…
За неделю до восстания в Самаре Дыбенко прибыл в Москву и явился в Кремль на суд партийных "богов". Он пообещал хранить молчание относительно "немецких денег" и прочих тайн Кремля, дал слово не заниматься политикой и никогда более не стремиться в народные трибуны. В обмен на это Дыбенко даровалась жизнь: народный суд, проходивший в провинциальной Гатчине оправдал его, но в партии он так и не был восстановлен.
Речь Дыбенко на суде отличалась революционным пафосом и самолюбованием. Призрак Великой Французской революции витал под сводами гатчинского дворца, где проходил суд. Речь своему "орлу" писало лучшее перо партии – перо литератора Александры Коллонтай: "Я не боюсь приговора надо мной, я боюсь приговора над Октябрьской революцией, над теми завоеваниями, которые добыты дорогой ценой пролетарской крови. Помните, робеспьеровский террор не спас революцию во Франции и не защитил самого Робеспьера, нельзя допустить сведения личных счетов и устранения должностного лица, не согласного с политикой большинства в правительстве… Нарком должен быть избавлен от сведения счетов с ним путем доносов и наветов… Во время революции нет установленных норм. Все мы что-то нарушали… Матросы шли умирать, когда в Смольном царила паника и растерянность…" Эти пассажи из выступления подсудимого проливают свет на склоки в первом советском правительстве и на его неуверенность в завтрашнем дне.
Матросы вынесли Дыбенко из зала суда на руках, и снова начались для Павла дни беспробудных кутежей. Ленин тогда шутил: мол, расстрел для Дыбенко и Коллонтай будет недостаточным наказанием, и предлагал "приговорить их к верности друг другу в течение пяти лет". Как в воду глядел лукавый вождь. Менее пяти лет, с большими перерывами и с изменами продержался их странный "первый советский брак".
Хотя Коллонтай многое сделала для оправдания своего любимого, Дыбенко прятался в то время от формальной жены, которая искала его по всем притонам Москвы. Павел просто убегал, когда ему говорили, что жена где-то близко. Наконец, он и вовсе сбежал из Москвы со своим отрядом "братишек" и уехал в Орел к своему брату Федору, что был в этом городе одним из руководителей местного Совета.