Существует несколько иная версия террористического акта. По ней именно Блюмкин бросил бомбу и, выпрыгнув после взрыва из окна, повредил ногу, а перелезая через железную ограду, зацепился и повис на ней. К тому же получил пулю в ягодицу. А сопровождавший его сообщник "не спеша" убил Мирбаха и снял Блюмкина с решётки. После чего оба благополучно скрылись на автомобиле.
Прятаться они планировали в отряде Дмитрия Попова. Это был отряд особого назначения Московской ЧК, командные должности в котором занимали левые эсеры. Отряд состоял преимущественно из военных матросов, осуждавших Брестский мир и фактическое уничтожение флота.
В машине обнаружили, что Блюмкин ранен и не в состоянии самостоятельно передвигаться. Его перенесли в штаб, сбрили бороду и остригли пышную шевелюру, обрядили, сняв френч, в военную гимнастёрку. После этих манипуляций, решив, что Блюмкин практически неузнаваем, его поместили в лазарет, который располагался напротив штаба Попова.
Но уже через несколько часов преступление и место пребывания преступников было раскрыто. Председатель ЧК Ф. Дзержинский примчался в штаб отряда Попова и потребовал немедленной выдачи террористов. Ему было не только в этом отказано, но и его самого – "Железного Феликса" – арестовали его же подчиненные из отряда Попова.
Отряд особого назначения ЧК, руководимый Дмитрием Поповым (будущим махновским командиром), стал центром восстания левых эсеров. Именно сюда был перебазирован ЦК левых эсеров, именно здесь они сосредоточили свои главные силы, а это около двух тысяч штыков и сабель, сорок восемь пулемётов, четыре броневика и восемь орудий. Большинство бойцов отряда составляли анархистски настроенные черноморские матросы.
Отряд левых эсеров захватывает телеграф, для того чтобы сообщить всей России, что все депеши за подписью Ленина "вредны" для советской власти и "правящей в настоящее время партии левых социал-революционеров". Левые эсеры заявили, что не хотят крови, но будут вынуждены обороняться, если войска, верные большевикам, нападут на них. Кроме Дзержинского, левые эсеры арестовали чекиста М. Лациса и председателя Моссовета большевика П. Смидовича.
В 6 часов утра 7 июля по особняку, в котором располагались отряд Попова и основные силы левых эсеров, открыла огонь артиллерия. Большевиков уже гораздо в меньшей степени интересовал захват Блюмкина, а вот все происходящее им было очень даже на руку. Они получили возможность одним махом разделаться со своими союзниками левыми эсерами и с террористами. В зале Большого театра во время V Всероссийского съезда Советов была арестована левоэсеровская фракция во главе с "вождем партии" Марией Спиридоновой. Попов тогда грозился: "За Марусю снесу артиллерией пол-Кремля, пол-Лубянки, пол-Театра!". Но большевики оказались сильнее.
Москва превратилась в кровавую арену гражданской войны. Прямой наводкой из пятнадцати орудий большевики расстреляли квартал, где засели левые эсеры, превратив его в руины. Левые эсеры не выдержали и стали отходить, оставляя городские позиции. Их небольшие отряды большевики быстро уничтожали или разоружали. К 5 часам дня 7 июля выступление левых эсеров было подавлено. Они понесли значительные потери: 300 человек погибло в боях или было расстреляно на месте, около 600 человек арестовано. Был издан ленинский указ об аресте всех боевиков левых эсеров и членов их ЦК.
События в Москве было тесно связано с выступлением командующего Восточным фронтом левого эсера Муравьева. Вскоре некоторые лидеры восстания будут расстреляны (тринадцать человек), Попов, заочно приговоренный к расстрелу, найдет спасение у Махно, десять политических лидеров – членов ЦК партии окажутся за решеткой. Спиридонова и Саблин "получили" год тюрьмы, но были амнистированы 29 ноября 1918 года, уже после развала Германской империи.
Таким образом, 7 июля 1918 года партия левых эсеров была полностью разгромлена, ей уже не суждено было ни возродиться, ни полностью легализоваться. "Каинова печать" заговорщиков и мятежников легла на бывших союзников большевиков. Левых эсеров изгоняли из Советов и профсоюзов. Вот пример печальной для них статистики: если до мятежа в губернских Советах было 20-23 % левых эсеров, то к концу 1918 года лишь 1%.
Мятеж левых эсеров и убийство Мирбаха, как и большинство деяний Блюмкина, окутаны тайной. Был ли мятеж? Или это разыгралось воображение Ленина и его приверженцев? Есть версия, что мятежа как раз и не было, а была провокация, была оборона левых эсеров от нападения большевиков и попытка освободить своих лидеров, незаконно арестованных большевиками.