На следствии по "своему делу", которое началось после сдачи Блюмкина в ЧК, он не раскаивался в убийстве Мирбаха и не вымаливал прощение. Он, скорее, пытался не только по-новому трактовать события, но и обосновать свою "особую роль" в революции и заслуженное место в истории. Он не отказывался от своего преступления, а возводил его в ранг героического действа.
"Я, отдавши себя социальной революции, лихорадочно служивший ей в пору ее мирового наступательного движения, вынужден был оставаться в стороне, в подполье. Такое состояние для меня не могло не явиться глубоко ненормальным, принимая во внимание мое горячее желание реально работать в пользу революции…"
В своем заявлении в ЧК он утверждает, что никакого мятежа левых эсеров не было, а была "самооборона революционеров после отказа ЦК выдать меня". Блюмкин настаивал на том, что он продолжает быть членом партии эсеров и поклонником терроризма, однако хочет своей явкой в ЧК прекратить лживые нападки на левых эсеров, а также свое пребывание в подполье.
Особая следственная комиссия, по согласованию с Президиумом ВЦИК Советов и, конечно с одобрения Ф. Дзержинского, приняла решение об амнистии Блюмкина. После своей амнистии, в середине мая 1919 года, Блюмкин выказал страстное желание работать в ЧК.
Этот период его жизни окутан таинственностью. То его видят на лихом скакуне в кавказской бурке во главе какого-то чекистского отряда. То он глубоко законспирированный агент по борьбе со шпионажем, то, по сообщению официальной печати, он занимается подрывной работой в тылу петлюровских войск.
Возможно, в мае – июне 1919 года Блюмкин влез в кипящий страстями котел межпартийной, межфракционной борьбы в Украине, который часто выплескивал антисоветские восстания. Он работал где-то там, на острие ножа, перескакивая из одной партии в другую, стремясь стать координатором объединенного центра социалистов Украины, стоящих на платформе советской власти – большевиков, левых эсеров, максималистов, борьбистов, боротьбистов, анархистов. Деятельность Блюмкина часто приводила к арестам его знакомых и сопартийцев. Он начинал с успехом осваиваться с ролью провокатора.
Так, киевская ЧК арестовала левоэсеровскую группу Ирины Каховской, известную своим террористическим актом против генерала Эйхгорна. Подпольщики-боевики с легкостью выдавались Блюмкиным и пополняли советские тюрьмы и "политизоляторы".
Догадываясь о роли в этих арестах Блюмкина, левые эсеры и революционные коммунисты решили убить его как провокатора. 6 июня 1919 года Блюмкин был приглашен левыми эсерами за город на сходку, во время которой ему зачитали обвинительное заключение. Не дождавшись собственной казни, Блюмкин решил спастись бегством, и ноги спасли его. Восемь пуль были пущены вслед и все мимо. На этот раз пули, выпущенные его бывшим другом, эсером Арабаджи, не стали его судьбой. Через неделю его снова решают убить …
Летним вечером, когда Блюмкин сидел в уютном кафе на Крещатике, за столиком, установленном на тротуаре под зонтом, к нему подошли двое и несколько раз выстрелили в упор. Шум музыки заглушил выстрелы и покушавшиеся благополучно скрылись. Раненого Блюмкина в тяжелом состоянии доставили в больницу. Однако и там его пытались убить… 17 июня в палату Георгиевской больницы, где находился на излечении Блюмкин, была брошена бомба, однако от ее взрыва никто из больных не пострадал
Три неудавшиеся покушения заставили Блюмкина покинуть Киев. Где он прятался от своих преследователей – доподлинно не известно. Есть данные, что в июне 1919 года он получает задание от ВЦИКа РСФСР – набрать группу террористов в Украине для отправки в Сибирь с целью убийства адмирала Колчака. Но этот план не был осуществлен.
Центральное Бюро максималистов направляет Блюмкина на Южный фронт. В сентябре 1919 года он становится уполномоченным по борьбе со шпионажем Особого отдела 13-й армии и инструктором по разведывательно-террористической деятельности в тылу деникинских войск. Теперь он готовит террористический акт против генерала Деникина.
В то время Блюмкин известен как организатор партизанских отрядов в тылу белогвардейцев. В конце 1919-го он становится временно исполняющим обязанности командира 79-й бригады 27-й дивизии Южного фронта, начальником штаба этой бригады. Тогда же он вступает в члены коммунистической партии.