В апреле 1918 года Дыбенко оказывается в Самаре. Почему именно там? Самарский губернский исполком тогда возглавляли левые эсеры, разругавшиеся с большевиками из-за Брестского мира. Они были рады принять и спасти оппозиционера. В Самаре были особенно сильны позиции левых эсеров, максималистов, анархистов. Туда эвакуировались анархисты и максималисты с захваченной немцами Украины. Там же оказалась часть матросов Черноморского флота после потери Севастополя и Одессы. Это были недовольные властью и потоплением флота анархиствующие "братишки". Силы самарской фронды объединялись вокруг неприятия мира с немцами, диктатуры и террора большевиков.
На общем митинге "левых" партий, к которым присоединились и "левые" коммунисты, было вынесено решение о неподсудности Дыбенко. Было заявлено, что самарская власть не выдаст его карательным органам.
На некоторое время Дыбенко становится лидером "Самарской республики" и самарской оппозиции к власти большевиков. В Самару вскоре перебирается и Коллонтай. Два бывших члена правительства выступают против Ленина и мира с немцами. Об этих событиях в анналах истории сохранилась только небольшая статья Г. Лелевича в журнале "Пролетарская революция" за 1922 год. Статья называется "Анархо-максималистская революция в Самаре".
В ЦГАВМФ хранятся телеграммы, которые рассылал Дыбенко на все военные флоты и эскадры Советской России, в них он сообщал, что его арест был вызван боязнью правительства перед разоблачениями, которые должен был сделать отстраненный от дел нарком на Четвертом Съезде Советов. Эти разоблачения касались истории "немецких денег" и злоупотреблений новой власти в расходовании средств, доставшихся ей от Временного правительства. Дыбенко стал первым разоблачителем коррупции большевиков и первым обладателем "чемодана с компроматом".
Дыбенко призывал потребовать у Ленина денежного и делового отчета СНК. Возможно, у него была информация о передаче Лениным Германии 90 тонн золота в марте 1918 года.
Газета анархистов "Анархия" (орг. Московской федерации анархистских групп) 22 мая 1918 года публикует письмо Дыбенко "К левым товарищам рабочим", в котором он открыто обвиняет Ленина в соглашательстве, в "сделке" с немцами, в неспособности справиться с хаосом и разрухой в стране. Он выступает против "правительственных большевиков-соглашателей… сдающих день за днем октябрьские завоевания", клеймит "новый курс" ленинского правительства. Призывая рабочих "самим решать свою судьбу", опальный нарком подталкивал их к восстанию.
Вскоре в печати появилось новое совместное письмо Дыбенко и Коллонтай (газ. "Путь к анархии". Сарапул, 3 июля 1918), которое разошлось по всей России. В нем бывшие поклонники революционного террора выступали против "красного террора" и восстановления смертной казни, которые инициировал Ленин. Они называли "мартовских правительственных коммунистов… могильщиками революции".
Советские историки обычно утверждали, что "красный террор" начался в сентябре 1918 года и был навязан советской власти покушением на жизнь Ленина и убийством Урицкого. Но о терроре можно говорить уже с января 1918 года, когда, расправившись с "учредиловкой", власть сбросила все демократические одежды. Да и сам Дыбенко без подсказки большевистских лидеров начал проводить массовый классовый террор, оставляя трупы безвинных на улицах Питера и Хельсинки.
Однако, оказавшись гонимым весной 1918 года, Дыбенко стал возмущаться расстрелом капитана Щасного – любимца балтийских моряков. Уж Павел Ефимович зимой 1917-1918 годов попускал кровь офицерскую! А тут его возмутил расстрел по приговору революционного суда. Дыбенко тогда очень опасался, что судьба Щасного ждет и его.
Немного об Александре Михайловиче Щасиом. В январе 1918 года капитан первого ранга Щасный спас остатки Балтийского флота (около 200 судов) от выдачи судов немцам. Он вывел корабли из осажденных немцами финляндских портов и привел их в Кронштадт. Причем ему не помешали ни противодействие "ленинцев", намеревавшихся отдать флот немцам, ни замерзший Финский залив, ни преследование и обстрел немецкой эскадры.
На Всероссийском съезде моряков Щасный был произведен в "народные адмиралы", а 5 апреля 1918 года назначен начальником морских сил на Балтике. Через 12 дней после этого назначения Щасного арестовывают, судят и вскоре расстреливают. Троцкий на первом революционном суде обвинил Щасного в том, что он взорвал военную крепость Ино, которую должны были захватить немцы, и не установил демаркационную линию с немцами на море. Но главное преступление Щасного заключалось в том, что он знал о решении Ленина уничтожить Балтийский флот (того требовали немецкие покровители вождя) и "распространял об этом слухи".