Вывод Б.Н. Ельцина из состава Политбюро в январе 1988 года ещё более накалил обстановку. Правда, на ноябрьском (1987 года) Пленуме ЦК и Яковлев, и Шеварднадзе дружно громили Ельцина, о чем они потом старались по возможности не вспоминать. Но борьба между Горбачевым и Ельциным (борьба, скажем прямо, зачастую без всяких правил и приличий) становится с тех пор постоянным фактором жизни наших партийных и государственных верхов.
Однако это было только прелюдией второго периода работы Политбюро, когда напряженность стала повседневным спутником его жизни. Весной 1989 года, когда Горбачев был в зарубежной поездке, с разрешения Лигачева «Советской Россией» была опубликована статья Нины Андреевой «Не могу поступиться принципами». Воспользовавшись этим, Яковлев, Медведев и Шеварднадзе наносят по Лигачеву давно задуманный удар, обвиняя его в поддержке консервативных сил, выступающих против перестройки. Проводится целое партийное расследование, за кулисами которого, несомненно, витала тень самого Генерального секретаря. Главным же режиссером этого политического спектакля был, несомненно, Яковлев. Яростное выяснение отношений состоялось на закрытом заседании Политбюро. Сохранившиеся у меня с того времени записи полны вопросов, как две капли воды похожих на идеологические экзекуции пятидесятых годов. За этим последовало отстранение Лигачева от руководства заседаниями секретариата ЦК КПСС. Теперь их стал вести послушный и тишайший Медведев, а иногда и сам Яковлев.
Время было сложнейшее. Экономика трещала по швам. Шла подготовка к выборам народных депутатов СССР, которые должны были проводиться как по территориальным округам, так и от общественных организаций. Требовалась максимальная концентрация сил. А ближайшие помощники и соратники все дальше оттаскивали Генерального секретаря ЦК в сторону от повседневных забот, связанных с укреплением социалистических устоев жизни общества. Недаром именно к концу 1989 года относятся откровения Горбачева одному из своих помощников: «Не думай, — говорил он, — что меня может что-то остановить, что есть порог, через который я не могу переступить. Все, что потребуется для самых глубоких преобразовании системы, меня не смущает. Я пойду так далеко, как это будет нужно. А если говорить о конечной цели, насколько она может сегодня быть определена, то это — интеграция в мировое сообщество мирным способом. По убеждению я близок к социал-демократии». Теперь-то мы знаем, насколько далеко зашли эти устремлении и к чему они привели. Но факт остается фактом. Уже тогда за кулисами Горбачев вел речь о переходе от одного общественного строя к другому, а на публике все еще звучали его клятвы о «приверженности социалистическому выбору» и «гуманному, демократическому социализму».
Естественно, такое сползание с социалистических позиций не могло получить поддержку у партии. Не было ее в полной мере и в Политбюро. Оно собирается реже и реже. Избранный Председателем Президиума Верховного Сонета, а затем Председателем Верховного Совета СССР, Горбачев нее меньше нуждается в советах своих товарищей по партии.
Отсутствие устойчивых позиций в политике, эклектика в мировоззрении бросали Горбачева из одной крайности в другую. Стремясь примирить непримиримое, он мечется, принимает под воздействием то одной, то другой стороны противоречивые, поспешные решения, все дальше отступает от установок Программы партии, принятой XXVII съездом КПСС.
Важнейшие вопросы жизни страны стали все чаще решаться не коллективно, а в узком кругу ближайших советников Горбачева. Его выступления, многократно воспроизводимые по радио и телевидению, становятся вязким повторением одних и тех же прописных истин о «судьбоносности перестройки», о «начавшемся процессе», о «новом мышлении». Под влиянием Яковлева в речах появляются округлые слова о приверженности социалистическому выбору при общем движении к свободному рынку, все более размывается классовый подход к событиям, катастрофически нарастают межнациональные конфликты. Авторитет Горбачева быстро ползет вниз. Он уже, в общем-то, не очень скрывает свои социал-демократические, а порой откровенно либеральные позиции. Неумение удержать в руках ход политической реформы делало свое дело. Все глубже становилось непонимание между лидером партии и ее Центральным Комитетом.