По-прежнему "восемьдесят восьмые" действовали на острие главных ударов вермахта. Каждый Ju 88 обычно нес до 28 бомб по 50 кг и 2 4 бомбы по 250 кг и сбрасывал их с высокой точностью. Изредка применялись бомбы и более крупного калибра. Так. 28 июня шестерка "юнкерсов'' из эскадры KG 3 сбросила 1800 кг бомбы на непокоренную Брестскую.крепость. До этого Ju 87 безуспешно бросали там фугаски по 500 кг. но мощн ые крепостные стены держались.
В начале воины самое крупное соединение Ju 88 (270 машин) действовало в Прибалтике в составе 1-го воздушного флота. В него входила и группа береговой авиации Ku.FI.Gr.806. Она активно препятствовала эвакуации Балтийского флота из Либавы. Правда ни один боевой корабль не был потоплен пикировщиками, хотя потери судов на переходе были огромны в основном за счет мин. Это привело командование воздушного флота к мысли создать свою торпедоносную авиацию. 806 ю группу переименовали в отдельную бомбардировочную и вывели с Восточного фронта.
Еще одну часть – III группу эскадры KG 4 пришлось перевооружить на устаревшие Не 111 – процесс противоположный тому, что происходил ранее. Уже на "хейнкелях" ее летчики впервые бомбили Москву в ночь на 22 июля 1941 г. Среди самолетов, участвовавших в этом налете. Ju 88 было немного, но среди них появились машины модификации А- 6. имевшие устройства для уничтожения аэростатных заграждений.
Вскоре "люфтваффе" отказались от противоаэростатных самолетов, да и от самих массированных налетов – слишком сильной оказалась ПВО в столице. Кроме того, бомбардировщиков остро не хватало для поддержки "последнего решающего наступления" вермахта, начавшегося в начале октября. К этому времени потери в бомбардировочных группах превысили их первоначальную численность. Экипажи были крайне утомлены предыдущими непрерывными боями и частыми перебросками с одного участка фронта на другой. Это заставило немецкое командование временно вывести значительную часть авиации с Восточно го фронта. Среди убывших в Западную Европу и Италию значилось большинство авиагрупп, вооруженных Ju 88. Отсутствие у немцев оперативных резервов не позволило даже отчасти возместить эту убыль Активность действии авиации упала; прежде всего это относилось к бомбардировщикам.
Трудности эксплуатации привели к падению процента боеспособных "юнкерсов" – не более половины их теперь могло подняться в воздух. Зимой 1941-42 гг. соединения бомбардировщиков выполняли роль "пожарной команды", пытаясь задержать разворачивающееся советское контрнаступление. Так, эскадру KQ 51 перебрасывали то в Донбасс в помощь частям 1-ой танковой армии, то в Феодосию для противостояния высадке десанта, то под Севастополь…
Новый всплеск активности "люфтваффе" начался в конце весны 1942 г. Директива фашистского руководства определила на лето основным участком боев на Востоке юг, где действовал значительно усиленный 4-й воздушный флот. В частности, из Сицилии возвратили эскадру KG 77. Вместе с KG 51 и KG 76, целиком вооруженными "восемьдесят восьмыми", эта эскадра сражалась под Керчью, Харьковом, Севастополем. К этому времени произошло полное перевооружение на модификацию Ju 88А-4. Внешне она отличалась от А-5 лишь расширением задней части кабины. Это позволило вести огонь одновременно из обоих задних пулеметов. Кроме того расширился сектор обстрела, а новые пулеметы с ленточным питанием имели большую практическую скорострельность.
Многие внутренние изменения модели А-4 не бросались в глаза. Прежде всего упростилась работа пилота. Количество приборов сократили, а автоматика больше помогала в работе летчику. Усиленная конструкция и увеличенные размеры основных колес шасси позволили поднять грузоподъемность на 500 кг. Теперь максимальный взлетный вес ограничивался 14 т (ранее 12,5 т). Кроме того, пилоты научились пикировать без выпуска тормозных щитков и выходить в горизонтальный полет без сброса бомб, что ранее категорически запрещалось. На фронте этим часто пользовались, желая побыстрее проскочить зону сильного зенитного огня. Испытания показали, что плоскости Ju 88А- 4 лишь слегка деформировались, чем на фронте пренебрегали. Одной из важных особенностей самолета, повысившей его ценность как пикировщика, стало дополнение прицела BZA приставкой, автоматически учитывающей скорость, высоту и поправку на ветер.
По точности бомбометания с пикирования двухмоторные Ju 88 практически не уступали одномоторным Ju 87. Особенность операций "юнкерсов" летом 1942 г.: широкий аэродромный маневр с массированным применением на ' узких участках фронта. В июне советские посты ВНОС зарегистрировали рекордное количество самолето-пролетов вражеской авиации – 63949. Немецкие самолеты работали все светлое время суток. Ненадолго на аэродромных узлах компактно собиралась вся эскадра, но советские летчики препятствовали этой тактике, нанося чувствительные удары по аэродромам, особенно ночью. Тогда немцы придумали тактическую новинку. Самолеты взлетали с разных аэродромов одновременно и летали на малой высоте, собираясь в большие группы.
При формировании таких групп, медленно летящие бомбардировщики были очень уязвимы, но, к сожалению, советские истребители еще не вели в это время охоту во вражеском тылу.
Фашисты в летних боях большое внимание уделили воздействию на упорно обороняющуюся советскую пехоту. Для этой цели использовали и новые модификации Ju 88. Так, в эскадре KG 51, наряду с заводской моделью А-13 с двумя подкрыльевыми батареями из 16 пулеметных стволов каждая и контейнерами с осколочными "лягушками" (2-кг противопехотные бомбы), применяли импровизированные переделки А-4 с установкой дополнительных пулеметов в окнах кабины.
Активны были в середине 1942 г. и "юнкерсы разведчики". Иногда им поручали выполнение стратегических задач. Так, в мае они демонстративно фотографировали оборонительные рубежи под Москвой, чтобы создать у советского командования представление, что именно на этом участке немцы готовятся к наступлению. Но чаще Ju 88 вели разведку прифронтовой зоны. Выполнять свою работу им стало значительно труднее, так как новые советские истребители уже имели необходимый запас скорости, и мощное пулеметно-пушечное вооружение. От перехвата разведчиков могла спасти хорошая летно-тактическая подготовка. И действительно, экипажи "юнкерсов" умели использовать солнце и облачность, вовремя переходили на бреющий полет.
Летом 1942 г. становилось все заметнее, что взоры германского командования привлекал Сталинград. Оно перебрасывало на это направление дополнительные силы; им противодействовала наша 8-я воздушная армия. В мае-июне советские истребители отгоняли от города только "юнкерсов" – разведчиков, месяц спустя – небольшие группы бомбардировщиков, а вечером 23 августа Ju 88 вместе с Не 111 участвовали в невероятном по силе и жестокости налете на Сталинград. Уцелевшие посты ВНОС зафиксировали тогда более 2000 самолето-пролетов. По свидетельству секретаря обкома ВКП(б) А.С.Чуянова, "зажигательные бомбы сыпались на город в неисчислимом количестве. За считанные секунды возникли сотни пожаров…".
Ju 88 действовали не только над сушей, но и над морем. На Крайнем Севере немецкая авиация должна была обеспечить защиту жизненно важных для Германии никелевых рудников и препятствовать прохождению арктических конвоев в СССР. Ударной силой "люфтваффе" там стала эскадра KG 30. Именно в ней, в сентябре 1939 г., Ju 88 проходил войсковые испытания.
Экипажи прекрасно овладели машиной, а сами "юнкерсы" были тщательно подготовлены для действий в Арктике. В частности защищались от обледенения носки крыла, стабилизатор, лопасти винтов, остекление кабины. В то же время имеющиеся у экипажей спасательные средства давали сбитым летчикам мало шансов выжить в ледяной воде. Конвой PQ-16 был первым, подвергшимся мощному удару авиации. Только 27 мая 1942 г. были потоплены 6 и серьезно повреждены еще 3 транспорта и один эсминец. Атаки осуществлялись на предельной дальности, вне зоны действия советских истребителей. Следующий конвой, PQ-17, был вообще разгромлен совместными ударами пикировщиков, торпедоносцев и подводных лодок.
И лишь PQ-18, прикрытие которого резко усилили, в частности за счет авианосца, сумел "постоять за себя", хотя против него действовало крупнейшее из сосредоточенных на Севере за время войны соединений. Из 337 самолетов Ju 88 составляли не менее 200. Они применялись не только как разведчики и пикировщики, но и как торпедоносцы. III группа эскадры KG 26 имела 24 машины, среди которых были и переоборудованные для подвески торпед А-4, и специальные А-17. Последние внешне отличались отсутствием подфюзеляжной гондолы.