Передача "юнкерсов" союзникам Германии началась еще в конце 1942 г. Тогда румыны получили 50 машин модификаций А и D. Но самолет был непрост в освоении и первые бои выявили слабую подготовку румынских экипажей. Боевые и небоевые потери значительно превышали немецкие. Все три эскадрильи 5-й группы вскоре пришлось вывести на переформирование. Более удачно сражались на Ju 88 финны. Весной 1943 г. они купили 23 машины (еще один самолет разбился при передаче). А в августе того же года 44-я эскадрилья подполковника Б.Габриельсона уже мешала советским войскам наступать в районе Финского залива.
В конце 1943 – начале 1944 гг. стало ясно, что очередного кризиса бомбардировочная авиация немцев уже не переживет. В июле-августе 1944 г. количество отмеченных самолето-пролетов Ju 88 было в 7 раз меньше, чем год назад.
1 нижняя турель на ранних вариантах серии 2 нижняя турель на поздних вариантах серии 3 люк на ранних вариантах серии 4 бомбодержатели ЕТС-500 5 дополнительная стрелковая точка 6 тормозная решетка 7 посадочная фара (только слева) 8 винт 9 триммер (только на левом элероне) 10 указатель "солдатик" положения тормозной решетки
Для ударов по наступающим советским войскам привлекались в основном истребители-бомбардировщики и штурмовики. а бомбардировочные эскадры выводили с фронта и перевооружали. На Ju 88 продолжала действовать только 14-я эскадрилья эскадры KG 3.
В 1944 г. приоритет выпуска германская авиапромышленность отдала истребителям. Среди них были и Ju 88С и G (дальнейшее развитие варианта ночного истребителя). Они использовались в основном в ПВО Рейха, но встречались и на Востоке. Летом 1944 г. группа I/NJG 200 в Прибалтике и I/NJG 100 на центральном участке имели несколько "юнкерсов'". Последняя серьезно потрепала советскую авиацию дальнего действия во время Белорусской операции. Особенностями действий ночных истребителей на Востоке были почти полная автономность и базирование вблизи железнодорожных узлов. Вскоре после высадки союзников во Франции, немецкая система ПВО рухнула. Ночные "юнкерсы" Перебрасывали на Восток, где из них формировали ночные штурмовые группы, учитывая хорошую подготовку и опыт экипажей. Остатки тяжелых истребителей Восточного фронта свели в эскадру ZG 1. Летом и осенью 1944 г. она действовала в Румынии, пытаясь защитить нефтеносные районы от ударов советских войск.
Лучше всего Ju 88 сохранились в разведывательных подразделениях. Кроме уже известной модели D, появилась и принципиально новая модификация Т. Конструкторы фирмы "Юнкерс" на этот раз сделали акцент на максимальное повышение скорости, считая, что это лучшая защита от советских истребителей. У новых машин появились более мощные и живучие двигатели, была облагорожена аэродинамика, сокращено оборонительное вооружение и облегчено бронирование. Аналогичная бомбардировочная модификация S нашла применение главным образом на Западном фронте. Ju 86 с моторами BMW 801G развивал максимальную скорость 568 км/ч на высоте 6200 м. При достижении 7900 м она уменьшалась до 551 км/ч. но использование закиси азота для форсирования мощности позволяло достичь скорости 595 км/ч при "чрезвычайном" режиме работы. Естественно, перехватить и сбить высотного разведчика было нелегко даже днем. Но это удалось 8 марта 1945 г. летчикам В.Рыбину и А.Федотову из 11-го и 102-го гв.иап. вооруженных "Спитфайрами" IX. имевшими отличные высотные характеристики.
Установка на Ju 88 еще более мощных моторов Jumo 213 повысила скорость разведчика до 640 км/ч на 8540 м. Изучение одного из таких сбитых самолетов показало, что у них не только высокие летные данные, но и совершенное навигационное оборудование.
Длинноволновая радиостанция имела приставку для самопеленгации, а коротковолновая – автоматическую настройку. В оборудование входил автоответчик "свой-чужой". Поскольку самолет предназначался для действий над морем, то он имел радиовысотомер и локатор для обнаружения кораблей противника. Эти машины совместно с торпедоносцами Ju 88А-17 до конца войны действовали в Арктике против союзных конвоев, но единственным их существенным успехом было потопление фрегата Генри Бэкон" 23 февраля 1945 г.
В конце войны Ju 88 нашли применение в составных самолетах ("мистелях"). Непилотируемые "юнкерсы" заправляли горючим и начиняли взрывчаткой; управлялись они с расположенного сверху истребителя (обычно Bf 109 или FW 190). Над целью "самолет-бомба" отделялся и устремлялся в последнее пике. На Восточном фронте отмечались многочисленные случаи применения "мистелей", особенно при бомбардировках мостов через Вислу и Одер в марте-апреле 1945 г., но без особых успехов