По точности бомбометания с пикирования двухмоторные Ju 88 практически не уступали одномоторным Ju 87. Особенность операций "юнкерсов" летом 1942 г.: широкий аэродромный маневр с массированным применением на ' узких участках фронта. В июне советские посты ВНОС зарегистрировали рекордное количество самолето-пролетов вражеской авиации – 63949. Немецкие самолеты работали все светлое время суток. Ненадолго на аэродромных узлах компактно собиралась вся эскадра, но советские летчики препятствовали этой тактике, нанося чувствительные удары по аэродромам, особенно ночью. Тогда немцы придумали тактическую новинку. Самолеты взлетали с разных аэродромов одновременно и летали на малой высоте, собираясь в большие группы.
При формировании таких групп, медленно летящие бомбардировщики были очень уязвимы, но, к сожалению, советские истребители еще не вели в это время охоту во вражеском тылу.
Фашисты в летних боях большое внимание уделили воздействию на упорно обороняющуюся советскую пехоту. Для этой цели использовали и новые модификации Ju 88. Так, в эскадре KG 51, наряду с заводской моделью А-13 с двумя подкрыльевыми батареями из 16 пулеметных стволов каждая и контейнерами с осколочными "лягушками" (2-кг противопехотные бомбы), применяли импровизированные переделки А-4 с установкой дополнительных пулеметов в окнах кабины.
Активны были в середине 1942 г. и "юнкерсы разведчики". Иногда им поручали выполнение стратегических задач. Так, в мае они демонстративно фотографировали оборонительные рубежи под Москвой, чтобы создать у советского командования представление, что именно на этом участке немцы готовятся к наступлению. Но чаще Ju 88 вели разведку прифронтовой зоны. Выполнять свою работу им стало значительно труднее, так как новые советские истребители уже имели необходимый запас скорости, и мощное пулеметно-пушечное вооружение. От перехвата разведчиков могла спасти хорошая летно-тактическая подготовка. И действительно, экипажи "юнкерсов" умели использовать солнце и облачность, вовремя переходили на бреющий полет.
Летом 1942 г. становилось все заметнее, что взоры германского командования привлекал Сталинград. Оно перебрасывало на это направление дополнительные силы; им противодействовала наша 8-я воздушная армия. В мае-июне советские истребители отгоняли от города только "юнкерсов" – разведчиков, месяц спустя – небольшие группы бомбардировщиков, а вечером 23 августа Ju 88 вместе с Не 111 участвовали в невероятном по силе и жестокости налете на Сталинград. Уцелевшие посты ВНОС зафиксировали тогда более 2000 самолето-пролетов. По свидетельству секретаря обкома ВКП(б) А.С.Чуянова, "зажигательные бомбы сыпались на город в неисчислимом количестве. За считанные секунды возникли сотни пожаров…".
Ju 88 действовали не только над сушей, но и над морем. На Крайнем Севере немецкая авиация должна была обеспечить защиту жизненно важных для Германии никелевых рудников и препятствовать прохождению арктических конвоев в СССР. Ударной силой "люфтваффе" там стала эскадра KG 30. Именно в ней, в сентябре 1939 г., Ju 88 проходил войсковые испытания.
Экипажи прекрасно овладели машиной, а сами "юнкерсы" были тщательно подготовлены для действий в Арктике. В частности защищались от обледенения носки крыла, стабилизатор, лопасти винтов, остекление кабины. В то же время имеющиеся у экипажей спасательные средства давали сбитым летчикам мало шансов выжить в ледяной воде. Конвой PQ-16 был первым, подвергшимся мощному удару авиации. Только 27 мая 1942 г. были потоплены 6 и серьезно повреждены еще 3 транспорта и один эсминец. Атаки осуществлялись на предельной дальности, вне зоны действия советских истребителей. Следующий конвой, PQ-17, был вообще разгромлен совместными ударами пикировщиков, торпедоносцев и подводных лодок.
И лишь PQ-18, прикрытие которого резко усилили, в частности за счет авианосца, сумел "постоять за себя", хотя против него действовало крупнейшее из сосредоточенных на Севере за время войны соединений. Из 337 самолетов Ju 88 составляли не менее 200. Они применялись не только как разведчики и пикировщики, но и как торпедоносцы. III группа эскадры KG 26 имела 24 машины, среди которых были и переоборудованные для подвески торпед А-4, и специальные А-17. Последние внешне отличались отсутствием подфюзеляжной гондолы.