В кабине пилота использовалась световая сигнализация неисправностей, возникающих в полёте. В середине 1960-х годов она была дополнена речевой (одной из первых в мире) системой сигнализации женским голосом о двадцати аварийных ситуациях.
Для обеспечения выхода на цель и бомбометания на самолёте имелась навигационно-бомбардировочная система Сперри AN/ASQ-42, считавшаяся крупнейшим для своего времени достижением в развитии автоматического оборудования (но вскоре безнадёжно устаревшая из- за появления малогабаритных транзисторов и цифровых счётно-решающих устройств на их базе). Одно из основных требований к ней состояло в повышении точности навигации и бомбометания в связи с большой скоростью самолёта и сбросом бомбы на расстоянии в три раза большем, чем с самолётов В-47 и В-52. Необходимые параметры были достигнуты путём использования автономной инерциальной и астронавигационной подсистем в сочетании с допплеровской системой измерения скорости и сноса относительно земной поверхности AN/APN-113, радиовысотомером и аналоговой ЭВМ массой 545 кг. Оборудование обеспечивало рассчёт курса самолёта к цели по ортодромии («большой дуге») — кратчайшему пути с учётом кривизны земного шара. Навигация уверенно осуществлялась и в полярных районах.
Радиолокационная прицельная подсистема включала в себя поисковую доплеровскую РЛС фирмы Рейтеон в носовой части фюзеляжа, которая могла использоваться и для коррекции текущих координат самолёта. Обеспечивались девять режимов бомбометания, основным из которых являлся режим с использованием заранее заданной вынесенной точки прицеливания. Имелась на борту и аппаратура радионавигационной системы TACAN.
В состав связного оборудования фирмы Магнавокс входили коротковолновая радиостанция AN/ARC-58, две командные УКВ-радиостанции, аварийная радиостанция, а также запросчик и ответчик системы «Свой-чужой».
Оборонительный комплекс средств РЭБ составляли: станция AN/ALR 12 для предупреждения о радиолокационном облучении с четырьмя антеннами, обеспечивавшими круговой обзор, автоматически управлявшая выбросом дипольных отражателей, 10 пакетов которых располагались в верхних крыльевых обтекателях ниш основных стоек шасси; станция разведки и постановки помех; аппаратура противодействия ракетам с тепловыми системами наведения.
В-58А борт 59-2458, на котором был выигран Кубок Бендикса. В 1984 г. самолёт был тщательнейшим образом восстановлен и стал экспонатом Музее ВВС США (авиабаза Райт-Пэттерсон, г. Дэйтон, штат Огайо)
Активная защита В-58А от нападения спереди не рассматривалась в принципе, было решено ограничиться оборонительным вооружением в задней полусфере. В 1953–1954 гг. изучалось использование УР А-3 «Насти» с обратным стартом и поворотом на угол до 90° после пуска. Эта ракета исследовалась фирмой Норт Америкен в рамках проекта бомбардировщика МХ-1601. После отмены программы МХ-1601 было решено ограничиться на В-58А кормовой артиллерийской установкой (на ТВ-58А она не использовалась). Вначале предпочтение отдавалось пушке калибра 30 мм, затем для уменьшения массы и занимаемого объема выбрали 20-мм пушку Дженерал Электрик М61 «Вулкан» (установка Т-171ЕЗ), турель и систему управления огнём MD-7 для которой разработала фирма Эмерсон. Пушка устанавливалась в «жале» — обтекателе в хвостовой оконечности фюзеляжа, а управляющая РЛС — у основания киля. Турельная установка (полная масса 840 кг с боекомплектом 1200 снарядов) имела дистанционное управление и обеспечивала зону обстрела с углом конусности 60° и поражение целей на дальности до 1400 м. Это была первая система, обеспечивающая стрельбу назад при сверхзвуковой скорости носителя, то есть в условиях, когда выпущенный снаряд движется в обратном направлении относительно окружающего воздуха, поскольку начальная скорость снаряда меньше скорости самолёта.
Наступательное вооружение «Хаслера» размещалось на внешней подвеске, в большом обтекаемом контейнере. Самолёт изначально предназначался для доставки ядерного оружия с большой высоты и не имел внутреннего отсека вооружения. Эволюция программы привела к тому, что в конце 1953 г. предполагалось использование боевых подвесных систем двух типов: так называемых баков-контейнеров МА-1 и МВ-1, каждый из которых содержал одновременно ядерную БЧ и топливо для самолёта-носителя. В конфигурации разведчика самолёт вместо боевых МА-1 и МВ-2 должен был нести баки-контейнеры МС-1 и MD-1 с разведывательной аппаратурой. Однако намеченные планы не были полностью реализованы ни в отношении разведывательных контейнеров, ни в отношении боевых подвесок.
Наиболее сложным в техническом отношении оказался «управляемый бомбовый контейнер» МА-1С, представлявший собой крылатую ракету схемы «утка» массой 12295 кг с расчётной дальностью пуска около 260 км и высотой полёта после пуска до 32900 м. Она была снабжена ЖРД Белл LR81-BA-1 (6800 кгс), инерциальной системой наведения, складывающимся нижним и выдвижным верхним вертикальным оперением и передним горизонтальным оперением. Ракета несла ядерную боеголовку, а также запас топлива для двигателей самолёта-носителя. После пуска на высоте от 10700 до 18300 м она должна была резко набирать высоту под углом 20°, затем планировать с углом наклона траектории 7°, а на финальном участке пути пикировать на цель под углом 70°. Работы по МА-1С начались в 1953 г., но в мае 1957 г. были прекращены (после израсходования $66 000 000), главным образом из-за существенного уменьшения скорости (до дозвуковой) и дальности В-58 с подвешенной ракетой. Проекты модернизированных самолётов В-58В и В-58С, которые должны были сочетать ракетное оружие с высокой дальностью, также не получили поддержки.
Единственная серьезная попытка использовать на В-58 баллистическую УР была связана с проектом создания на его основе первого противоспутникового комплекса — то есть с задачей, не требовавшей большой дальности полёта. Этот проект явился следствием запуска в СССР в 1957 г. первого искусственного спутника Земли. Потенциальное военное значение спутников было очевидно. Уже в 1958–1959 гг. в США по программе «Хай Вирго» прорабатывался противоспутниковый комплекс, включающий носитель В-58 и баллистическую ракету фирмы Локхид. Выполнили четыре экспериментальных пуска противоспутниковых ракет, из которых два оказались полностью неудачными. Дальнейшие работы по этой тематике продолжались до 1980-х годов.
Таким образом, управляемые ракеты на В-58 не прижились и бомбардировщик оснащался только свободнопадающим наступательным оружием. Первым на вооружение поступил так называемый «однокомпонентный» бак-контейнер МВ-1С, испытания по сбросу которого с В-58 состоялись в 1957 г. МВ-1С представлял собой оперенное осесимметричное тело длиной 17,4 м и диаметром около 1,5 м. Крестообразный хвостовой стабилизатор придавал контейнеру некоторое вращение в падении. Контейнер имел два топливных отсека, между которыми располагалась термоядерная БЧ W39Y1-1 регулируемой мощности. Масса пустого контейнера без боеприпаса составляла 1135 кг, с ним — 3880 кг; масса контейнера, полностью заправленного топливом и снаряженного БЧ была 16370 кг.
Контейнер МВ-1 оставался на вооружении до вывода В-58 из состава ВВС США, имея ряд недостатков, которые ограничили его использование в основном первыми годами эксплуатации серийных самолётов. В частности, не удалось решить до конца проблему протечки топлива в отсек боевой нагрузки, в результате чего было повреждено несколько БЧ. Но главное — после выработки топлива контейнер, на три четверти пустой, был «балластом» для самолёта, создавая вредное аэродинамическое сопротивление и представляя собой лишний груз, «съедающий» дальность полёта.
Вынужденной, но эффективной мерой стало дальнейшее усложнение подвески за счёт применения двухкомпонентного контейнера TCP, имевшего большой отдельный топливный бак, сверху которого, в предусмотренной нише, конформно размещался меньший по размерам компонент, содержащий ядерную бомбу W-53 и снабженный трёхкилевым хвостовым оперением (нижний киль — убирающийся). Помимо БЧ, в верхнем компоненте имелись два небольших топливных отсека. Большой бак мог отделяться после выработки топлива в обоих компонентах, что облегчало самолёт и уменьшало его лобовое сопротивление. Оставшаяся подвеска сбрасывалась при атаке и, в свою очередь, разделялась пополам в непосредственной близости от цели, которая поражалась только носовой частью с БЧ.