18 сентября 1964 г. главком ВВС[* Дело в том, что за техническое оснащение авиации ПВО отвечают ВВС.] маршал К.А.Вершинин подписал Акт совместных государственных испытаний комплекса с положительной оценкой. Постановлением ЦК КПСС и Совета Министров СССР №361-132 от 30 апреля 1965 г. и приказом Министра обороны №0040 от 8 июня этого же года комплекс Ту-128С-4 был принят на вооружение.
Приборная доска летчика
Левый борт кабины летчика
Приборная доска штурмана-оператора
Левый борт кабины штурмана-оператора
Работы по совершенствованию Ту-128 не прекращались в течение всего его серийного производства. Были проработаны несколько вариантов модернизации самолета и комплекса. Часть работ не вышла из стадии эскизных проектов или технических предложений, но некоторые идеи удалось внедрить в серию или использовать при модернизации самолета в строю.
Для переучивания летного состава на новый перехватчик командование авиации ПВО предложило ОКБ-156 разработать его учебно-тренировочный вариант. Необходимость в таком самолете определялась рядом причин. Летчики пересаживались на Ту-128 со значительно более легких истребителей типа МиГ-17, МиГ-19 (за редким исключением - с Су-9) и не имели навыка управления тяжелой машиной. К тому же, надо было осваивать новый комплекс оборудования, а штурману-оператору - еще и дополнительные функции. Для этой цели в частях использовались специализированные самолеты обучения штурманов бомбардировочной авиации Ту-124Ш.
Совместные решения ВВС-ПВО-МАП №128-14-67 и ВПК №229 по созданию учебно-тренировочного самолета Ту-128УТ были приняты 14 сентября 1966 г. Эскизный проект машины был разработан воронежским филиалом ОКБ-156 под руководством А.И.Путилова.
Основное отличие учебных Ту-128УТ от Ту-128 заключалось в наличии кабины инструктора на месте РЛС, имевшей верхнее наклонное остекление. Место штурмана-оператора сохранялось, но часть оборудования сняли. В связи с отсутствием РЛС функции обучаемого штурмана ограничились. В остальном Ту-128УТ соответствовал базовому варианту. Под крылом можно было подвешивать весовые макеты или учебные варианты ракет Р-4. За свой необычный вид самолет в частях был прозван "пеликаном".
После того, как проектирование Ту-128УТ закончили, совместным решением ВВС-ПВО-МАП от 4 августа 1970 г. было выделено четыре серийных Ту-128 для переоборудования в учебно-тренировочные самолеты со сроком предъявления на испытания двух первых машин в I квартале 1971 г. и двух других - во II квартале. После переделки самолеты прошли испытания, и приказом Министра обороны №0160 от 14 сентября 1971 г. Ту-128УТ был принят на вооружение. В том году авиазавод № 64 построил и десять серийных Ту-128УТ (изделие "И-УТ"). От первых учебных машин серийные "спарки" отличались новой законцовкой киля,параллельной строительной горизонтали самолета, в связи с установкой новой связной радиостанции Р-846 "Призма-М". Это были последние, 45-я и 46-я серии выпуска самолета, после чего серийное производство Ту-128 завершилось. Таким образом, всего с 1962 по 1970 г. было выпущено 188 перехватчиков (включая первый опытный) и 10 "спарок". Наибольший темп производства имел место в 1966 г., когда заказчику было сдано 37 машин.
Важными направлениями развития Ту-128 считались совершенствование системы вооружения и силовой установки. В качестве альтернативных рассматривали двигатели АЛ-7Ф-4 ОКБ А.М.Люльки с форсажной тягой 11100 кгс, Р-15Б-300 разработки ОКБ-ЗОО С.К.Туманского с тягой 15000 кгс, РД-15стягой 13000 кгс и РД-19Р-2 разработки рыбинского ОКБ-36 (В.А.Добрынина, затем П.А. Колесова) с тягой 14200 кгс, а позднее и другого двигателя этого ОКБ - РД36-41, который разрабатывался для дальнего ударного и разведывательного комплекса Т-4 ОКБ П.О.Сухого. Предусматривалась также установка ракетных ускорителей, применяемых на Ту-22 и дальнем беспилотном разведчике "Ястреб".
В начале 1963 г. на первую серийную машину установили опытные ТРД АЛ-7Ф-4. Новый двигатель имел на тонну большую форсажную тягу, но был на 80 кг тяжелее исходного (его масса составляла 2180 кг). Одновременно для улучшения поперечного управления на сверхзвуковой скорости для этой цели стали применять интерцепторы. В феврале в Жуковском начались полеты по программе испытаний нового ТРД, позднее в воздухе была проверена работа новыхорганов управления. В III квартале 1967 г. на самолет поставили двигатели АЛ-7Ф-4Г. С новой силовой установкой перехватчик с полной подвеской достиг скорости, соответствующей М=1,6. Однако эти ТРД довести не удалось, и в серию они запущены не были.