Для улучшения положения комиссия сделала следующие предложения. Во-первых, в связи с возросшими требованиями к новой авиационной технике запуск в производство опытных, малосерийных и модифицированных самолетов производить в сроки, обеспечивающие соответствующую подготовку производства, особенно в части технологии и оснастки. Во-вторых, возложить на начальников Главных управлений ответственность за установленные Министерством сроки выполнения задания наравне с директорами заводов. В-третьих, начальникам 1-го, 3-го и 12-го Главных управлений совместно с директорами заводов №381, №26 и №466 установить реальные календарные сроки поставки агрегатов, материалов и выпуска самолетов в соответствии с приказом №268 от 4 мая 1946 г. и возложить на всех персональную ответственность. Контроль за выполнением сроков поручить заместителям министра П.В.Дементьеву и В.П.Баландину. В-четвертых, внести на всех самолетах изменения, намеченные главным конструктором, с 11 -й машины, а также учесть предложения, указанные Главной инспекцией по качеству в марте 1946 г.
Однако с такими выводами М.В.Хруничев не согласился и отклонил их, обвинив В.К.Коккинаки в необъективности, а также в том, что он не разобрался, не понял сущности и хотел затушевать истинное положение дел на заводе. По мнению министра, только недобросовестное отношение В.И.Журавлева привело к провалу. В решении коллегии МАП записали: "Считать необходимым передать следственным органам для расследования и предания суду как руководства завода, так и всех лиц, имеющих отношение к заводу №381". И это не удивительно, потому что еще 23 мая, то есть за день до заседания, министр Государственного контроля СССР Л.З.Мехлис в своем приказе №28 уже все определил. По результатам проверки, проведенной Госконтролем 25 апреля, всю вину за срыв задания по выпуску И-250 свалили на руководство завода №381. В итоге директора завода В.И.Журавлева и начальника ОТК В.Ф.Алтухова отстранили от занимаемой должности и привлекли к судебной ответственности, главного технолога Б.А.Иванова отстранили от занимаемой должности, главному инженеру П.Д.Грушину, заместителю начальника ОТК А.И.Шапошникову объявили строгие выговоры, а заместителю главного технолога А.А.Бабичеву и начальнику СКО С.С.Солодовникову -выговоры. 3 июня 1946 г. приказом МАП №343 были доведены выводы и решения Госконтроля, а всем директорам заводов предписывалось взять под личный контроль вопросы внедрения и освоения новой авиационной техники, повышения качества выпускаемой продукции и еженедельно представлять в свои Главные управления донесения по этим вопросам. А временно исполняющим обязанности директора завода №381 назначался главный инженер П.Д.Грушин.
Во второй половине года завод №381, в основном, исправлял допущенные при запуске И-250 в серию ошибки, то есть разрабатывал более совершенный техпроцесс, проектировал, изготавливал и внедрял новую оснастку. Были приняты меры по улучшению контроля за качеством и повышению квалификации рабочих и ИТР. За это время завод изготовил фундаментальную оснастку на крыло, фюзеляж, капоты, маслобаки, фонарь, отработал и оформил всю техдокументацию по изменениям конструкции И-250, начиная с 11 -й машины. Кроме того, в это время параллельно с И-250 и Ла-150 на заводе делали фюзеляжи двух опытных УТИ МиГ-9 для ОКБ-155, детали двигателей ТР-1 для завода №45, а в конце года -агрегаты учебного бомбардировщика УТБ. Это не считая гражданской продукции и изделий ширпотреба.
В соответствии с Постановлением Совета Министров СССР №1258-515 от 17 июня 1946 г. и приказом МАП №395 от 22 июня первый И-250 из числа самолетов опытной серии требовалось закончить к 5 июля и передать в ОКБ-155 для подготовки к Госиспытаниям, которые должны были начаться 10 августа в ГК НИИ ВВС. Но по описанным выше причинам его изготовление затягивалось. Поэтому по указанию Хруничева исполняющий обязанности директора Грушин установил круглосуточный режим работы. Но и при таком режиме сдвинутый с 5 на 15 июля срок постройки не был выполнен, так как завод №466 своевременно не подал мотор ВК-107Р, а 3-е ГУ МАП не установило срок его поставки, мотивируя тем, что силовая установка еще не прошла Госиспытаний.
Конструктивную отработку нововведений, внедряемых с 11-й машины, проводили на самолете №3810108, который и планировали передать ОКБ-155. Однако только к 24 июля долгожданная машина покинула сборочный цех, да и то с силовой установкой, имеющей всего 10-часовой ресурс. А 19 июня для проведения статических испытаний в МАИ отправили самолет №3810107. 1 августа в ЦИАМ был передан И-250 №3810101 для использования в качестве стенда по отработке ВМГ. На нем также установили силовую установку с 10-часовым ресурсом, а из оборудования оставили только приборы контроля за работой ВМГ, а также пневматическое управление створками сопла, шасси с тормозной системой. Консоли крыла на этом самолете обрезали по 6-ю нервюру. Таким образом, из десяти истребителей опытной серии только восемь должны были поступить в ВВС.
Однако передача И-250 на Госиспытания вновь задержалась по причине отсутствия силовой установки с требуемым ресурсом. 28 июля с завода №466 поступили два мотора ВК-107Р с 25-часовым ресурсом, которые планировали установить на самолеты №3810108 и №3810109, после чего передать первый на ЛИС завода №155 для подготовки к участию в воздушном параде 18 августа. Но только 8 августа, после устранения выявленных дефектов представители ОТК завода №155 приняли эту машину у завода №381. Таким образом, сроки были вновь сорваны. Лишь 11 августа летчик-испытатель И.Т.Иващенко впервые поднял И-250 №3810108 в воздух, но в полете из-за пробоя прокладки выхлопных коллекторов прогорели провода зажигания. В результате три дня самолет простоял в ремонте. А вскоре машину пришлось вернуть на завод №381 для установки нового мотора и усиленного маслорадиатора. В связи с этим вопрос об участии в воздушном параде по случаю Дня авиации отпал сам собой. Работы планировали завершить к 15 сентября, и после контрольных полетов все же передать машину в ГК НИИ ВВС. Приказом МАП №606 от 5 сентября для проведения летных испытаний первого самолета И-250 из числа опытной серии был утвержден экипаж в составе летчика-испытателя И.Т.Иващенко, ведущего инженера В.Н.Сорокина, механика В.М.Белякова и моториста М.М.Анисимова.
Между тем, завершалась сборка И-250 №3810109, который после облета тоже собрались передать на Госиспытания с целью сокращения сроков их проведения, а также машины №3810105. Но если последней с силовой установкой повезло – на земле с включением ВРДК она работала удовлетворительно, и самолет передали в окраску, то у №3810109 возникла проблема. 21 сентября при гонке на земле не работал весь левый блок цилиндров ВК-107Р. При осмотре фильтров карбюратора обнаружили их сильное загрязнение ржавчиной, окалиной и песком. Причем, после проверки других машин в таком состоянии оказались моторы еще на двух самолетах, находившихся в сборочном цехе. В связи с этим с завода №466 пришлось вызвать бригаду для проверки и отладки моторов.
А тем временем приказом МАП №576/к от 20 августа 1946 г. директором завода №381 назначили Л.П.Соколова, который с 20 сентября приступил к выполнению новых обязанностей. К началу октября на самолетах №3810105 и №3810109 летчики-испытатели завода №381 Н.К.Федоров и С.Г.Петухов выполнили по три полета. Поскольку матчасть работала удовлетворительно, было решено отправить самолеты в ЛИИ для подготовки летного состава ВВС к ноябрьскому воздушному параду. 2 октября Федоров перегнал борт №3810105 на аэродром ЛИИ. Однако при посадке из-за плохой видимости и сильного бокового ветра самолет в конце пробега задел крылом за поверхность ВПП, получив при этом незначительные повреждения. В связи с этим перелет №3810109 отложили на следующий день, а в ЛИИ направили ремонтную бригаду. Плохая погода помешала и началу летных испытаний машины №3810108, у которой 30 сентября завершили отработку ВМГ. Кроме того, к 1 октября на заводскую ЛИС поступила машина №3810106, а остальные находились в процессе окончательной сборки.