Большим числом Р-1 для проведения различных экспериментов располагал НИИ ВВС. К отрядам специального назначения, применявшим Р-1, также относились: летная часть полигона зенитной артиллерии в Евпатории, где самолет использовался для буксировки мишеней, и 36-й химический авиаотряд в Причернав-ской. Три Р-1 участвовали в первых в СССР экспериментах по парашютному десантированию, проходивших в июле 1930 г. под Воронежем. Парашютистов нес бомбардировщик Farman F.62, а их снаряжение и оружие на специальных парашютах сбрасывалось с Р-1 с высоты 150 м. Кроме того, 6 машин (с/н 2943, 3135, 2827, 2986, 3135, 2986) в 1929-31 гг. использовались в авиаотряде Центральной военно-индустриальной радиолаборатории.
В 1927 г. первые морские МР-1 получил 55-й авиаотряд в Николаеве. В 1928-29 гг. такие самолеты поступили на вооружение 66-го авиаотряда и 62-й авиаэскадрильи в Ленинграде (эскадрилья базировалась на Васильевском острове и располагала также «Юнкерсами» JuG-1), 64-го авиаотряда в Севастополе и 67-го речного авиаотряда в Киеве. С 1928 г. МР-1 применялись для обучения в Школе морских летчиков (до 1931 г. размещалась в севастопольской бухте Голландия, затем школу перевели в Ейск). В октябре 1928 г. был сформирован 68-й авиаотряд под командованием Э.М.Лухта как подразделение Амурской военно-морской флотилии. МР-1 также поступали в другие военно-морские части, в т.ч. 87-й и 88-й тренировочные авиаотряды.
Освоение МР-1 в строевых частях порою сталкивалось с непредвиденными трудностями. Так, в 1929 г. летчик НИИ ВВС А.Б.Юмашев получил направление на Балтику для проведения показательных полетов. У балтийских пилотов использование МР-1 осложнилось авариями, вызванными невыходом из штопора. Предоставим слово самому Юмашеву: «Получив предписание, я направился в Ленинград, где представился командующему ВВС Балтморя Авсюкевичу. Он предложил мне сразу следовать на аэродром. Там меня ожидал один из наиболее «неблагополучных» МР-1. Во время его осмотра я обнаружил в задней кабине привязанный груз и попросил снять его. Но инженер заявил: груз установлен на всех самолетах по приказу Авсюкевича, и снять его нельзя. Это подтвердил и старший инженер.
Не вызывало сомнения, что груз перемещает центр тяжести к хвосту, и в этом причина ухудшения штопорных свойств самолета. Летать на нем не имело смысла, и я послал телеграмму Алкснису. Ответ пришел немедленно. Начальнику ВВС Балтморя Авсюкевичу предлагалось выполнять мои указания по подготовке самолета к полету. Только тогда груз сняли, правда, с предупреждением о моей полной ответственности за последствия. Мое положение было не из приятных. Среди летчиков и штурманов не нашлось желающих занять место во второй кабине… Согласился лететь моторист.
Сопровождаемый десятками недоверчивых взглядов, я взял старт. Самолет вел себя в воздухе нормально и под действием увеличенного вертикального оперения делал все эволюции еще лучше, чем Р-1. Я выполнил виражи, перевороты, правый и левый штопор, скольжение и парашютирование, а в заключение приземлился у посадочного «Т» на три точки (Юмашев летал на МР-1, переставленном на колесное шасси. – М.М.). Обстановка сразу изменилась. Летчики удивлялись, как на самолете МР-1 можно совершать такое, просили обучить их этому в воздухе. Изменило свое отношение и командование».
В июле 1930 г. на вооружении состояли 67 самолетов МР-1, из них 19 – в Прибалтийском военном округе, 21 – на Черноморском флоте, 8 приходилось на ОКДВА и 19 – на школу морских летчиков в Ейске. По состоянию на 1 января 1931 г. в составе военно-морской авиации числился 71 МР-1. В это время общее количество Р-1 в Красной Армии достигло максимума и составило 1687 экземпляров (включая Р-2), из них собственно Р-1 было 1510. Из общей численности самолетов в 5224 ед. это составляло почти треть.
С 1931 г. в разведывательных, легкобомбардировочных и легких штурмовых частях началась массовая замена Р-1 на новый поликарповский самолет Р-5. В конце 1934 г. на вооружении боевых подразделений оставалось только 32 Р-1, зато их число в учебных частях превышало 1000 единиц. К январю 1932 г. в боевых частях флотов оставалось семнадцать МР-1 и еще 29 использовались в Ейской школе. В течение 1932 г. части морской разведки расстались с МР-1, заменив его на самолет Savoia S.62bis. В январе 1933 г. в Ейской школе еще числилось 56 самолетов МР-1, но и они (кроме двух) к ноябрю были списаны.