В середине 1966 г. начался выпуск рабочей документации для оснащения самолета РЛС "Коршун", САУ-58, РСБН-5С «Искра», новой радиостанцией и лыжным шасси. Но в воздухе уже витал аромат перемен. чувствовалось, что решение о выборе РЛС не окончательное. Мина, заложенная совместными усилиями ВВС и промышленности еще в 1965 г.. сработала. Военные спохватились и вспомнили, что эта РЛС просто не сможет обеспечить за данных характеристик комплекса. А локаторщики подыграли им, напомнив о Существовании проверенного. но незаслуженно забытого «Смерча». В результате к Октябрю 1967 г., когда в ОКБ практически завершили выпуск документации по установкам БРЭО, подоспело совместное решение ряда министерств о прекращении работ по «Коршуну-58» и установке на самолет станции "Тайфун", разработанной на базе «Смерча».
Официально замена РЛС была утверждена решением ВПК от 22 марта 1968 г.
"Спарка" Су-15УМ №01-01 во время Госиспытаний. Владимировка, 1976 г.
Работы по модернизации разбивались на 2 этапа: на первом комплекс предстояло предъявить на ГСИ в ноябре 1968 г. с серийной ракетой Р-98, а на втором – в III квартале 1969 г. с модернизированной К-98М. В дальнейшем эти самолеты получили обозначения Су- 15T и Су- 15ТМ соответственно. Со стороны военных такое решение было уступкой "промышленному лобби", т. к. давало очередную отсрочку для отработки оборудования самолета. Оно привело к созданию промежуточного перехватчика Су-15Т. который выпускался ограниченной серией, не имел существенных преимуществ перед Су-15 и использовался лишь в учебных целях.
ОКБ пришлось вновь серьезно переделывать выпущенную документацию. Эскизный проект Су-15Т был подготовлен к началу сентября, его защита и макетная комиссия (по кабине) состоялись в октябре 1968 г. На самолете предусматривалась установка двигателей Р-13-300, а также доработка электро- и гидросистем. По требованию военных на обоих этапах предусматривалось вооружение для фронтового применения: до 2 бомб калибром 500 кг, до 4 – калибром 100 или 250 кг. до 2 блоков УБ-16-57 с НАР типа С-5 или дне НАР большого калибра типа С-24. а также две пушечные гондолы. Интересно, что подвеска гондол предусматривалась под крылом Не отказались и от варианта со встроенной пушкой.
Дорабатывалась на Су-15 II этапа и система управления, что было связано с включением в ее состав исполнительных механизмов САУ-58, создание которой и ОКБ Сухого, наконец, близилось к завершению. Кроме стандартных для любой САУ режимов (стабилизация скорости, высоты. угловых параметров, приведение к горизонту и т. д. ). эта система должна была решать траекторные задачи, т. е. обеспечивать автоматизированный полет по некоторым заранее заданным профилям и перехват на всех его основных этапах. С помощью САУ-58 планировали реализовать и принципиально новый режим – автоматический маловысотный полет. Его необходимость объяснялась новым жестким требованием военных обеспечить на модернизированном Су-15 перехват маловысотных целей (с высотой полета от 500 м). Т. к. моноимпульсная РЛС "Тайфун" все еще не могла "видеть" цели на фоне земли, то их необходимо было "подсвечивать" снизу. Значит, перехватчику на скорости около 1000 км/ч следовало лететь в опасной близости от земли, причем летчику приходилось не только пилотировать самолет, но еще и работать с РЛС. Наверное, не стоит объяснять, сколько "удовольствий" доставлял такой полет. Полноценной системы огибания рельефа местности, подобной той, что создавалась для Су 24. установить на Су-15. конечно же. не удалось бы. Поэтому решили сделать упрощенный ее вариант, взяв в качестве источника информации не локатор, а радиовысотомер, что позволило обеспечить стабилизацию истинной высоты полета. Однако пользоваться этой системой было возможно только над равнинной или слабо пересеченной местностью.
Су-15 II этапа следовало также оснастить новой радиостанцией Р-832М («Эвкалипт-СМУ»), АФС «Пион»[8*], аппаратурой системы встроенного контроля (АСК) и т. д. На борт устанавливалась и радиотехническая система ближней навигации и посадки РСБН-5С. которая обеспечивала полуавтоматический заход на посадку до высоты 50-60 м, что значительно повышало допустимый метеоминимум[9*].
В первую опытную машину был переоборудован серийный Су-15 №05-48, которому в ОКБ присвоили свой условный индекс 0006. По согласованию с военными, самолет предъявили на испытания с «урезанным» составом оборудования, в частности, без АСК и РСБН. На нем также не устанавливали двигатели Р-13-300, лыжное шасси и вооружение для фронтового применения. Машину оснастили опытным образцом РЛС «Тайфун». САУ-58. крылом с "наплывом" и новой передней опорой шасси со спаркой колес.