Экипаж защищен бронеспинками и бронезаголовниками из стали, а кормовой стрелок – плитами из твердого алюминиевого сплава АПБ-А и бронестеклами. Самолет имеет защиту, предназначенную для снижения во> действия теплового и светового поражающих факторов атомного взрыва, электромагнитного импульса (ЭМИ) и радиоактивного заражения. Все осте – ление, в т.ч. выпуклые блистеры, закрывается специальными шторами им жалюзи, часть трубопроводов топливной, масляной и гидравлической chi- тем, а также часть электропроводки имеет теплоизоляцию, в бортовых радио- и электроустройствах имеются системы, снижающие влияния скачков напряжения, возникающих в момент прохождения ЭМИ при взрыве. Самолетная., система кондиционирования воздуха на момент прохождения зараженного участка может изолироваться от атмосферы. Нижняя часть фюзеляжа, рули и часть панелей крыла покрыты белой светоотражающей краской. Все члены экипажа снабжались светозащитными очками и карманными дозиметрами, а также медицинскими препаратами, снижающими вредное воздействие проникающей радиации и радиоактивного заражения. Для предупреждения экипажа об облучении бомбардировщика РЛС зенитных ракетных комплексов и истребителей ПВО служит станция СПО-2 «Сирена-2». Самолет оснащен средствами радиоэлектронного противодействия. К пассивным средствам относятся устройства выброса дипольных отражателей (нарезанной фольги или игольчатых). Для активного подавления РЛС обнаружения и наведения ЗРК используется самолетная помеховая станция СПС-2.