В 1943 г. начался количественный и качественный рост авиации флота. Но, несмотря на появление новой техники, «амбарчики» продолжали весьма интенсивно использоваться – полярные ночи полностью принадлежали им. В ночь с 24 на 25 января в норвежском порту Киркенес прозвучал сигнал воздушной тревоги. Это очередной «визит вежливости» нанесли МБР-2 из 118-го ОРАП. 12 летающих лодок совершили тогда 22 вылета, сбросив 40 ФАБ-100 и 200 осколочных АО-2,5. Прямых попаданий в суда не было, но одна бомба разорвалась вблизи стоявшего на рейде в ожидании разгрузки парохода «Rotenfels» (7854 брт). От близкого разрыва воспламенилось сено, которое вместе с другими грузами находилось на борту. Несмотря на принятые меры (а на «Rotenfels» срочно перебросили норвежскую пожарную команду и 200 советских военнопленных, которым приказали выбросить опасный груз в море), пожар потушить не удалось. Немцам, скрепя сердце, пришлось затопить судно. Хотя его вскоре подняли, было потеряно 4000 т грузов, а сам пароход надолго встал в ремонт. Этот успех скромных «амбарчиков» оказался самой крупной победой всей советской морской авиации в том году.
В 1943-44 гг. накал борьбы на полярных коммуникациях все усиливался. Немецкие подводные лодки стали активно применять знаменитую тактику «волчьих стай». «U-боты» получили на вооружение новейшие акустические и маневрирующие торпеды, по опыту действий в Атлантике усилилось их зенитное вооружение. Теперь «волки» Деница вполне могли отбиться от слабовооруженного МБР-2. Эффективным противолодочным самолетом МБР-2 так и не стал. Прежде всего, из-за отсутствия радиолокационной станции, которая в годы войны прочно вошла в набор средств самолетов ПЛО других стран. Тем не менее, они продолжали активно использоваться в противолодочных целях, например, в 1943 г. из 130 боевых вылетов в интересах ПЛО, выполненных самолетами БВФ, 73 – на счету «амбарчиков».
Учитывая сложившуюся обстановку, МБР-2 в арктических районах стали заменять лендлизовскими «Каталинами», а за «амбарчиками» оставили Белое море. Там они вели воздушную и ледовую разведки, проводили конвои, продолжали поиск подводных лодок, особенно в районах мысов Святой Нос и Канин Нос. К июню 1944 г. в составе БВФ числились 33 МБР-2, которые использовались достаточно интенсивно, за тот год они выполнили 905 боевых вылетов, а в 1945 г. – еще 259.
Одновременно начался закономерный процесс списания отработавших свое летающих лодок. Но имевшие солидный боевой опыт экипажи МБР-2, несмотря на все недостатки своих изрядно устаревших машин, при случае могли доставить неприятные сюрпризы немецким подводникам. Так, 22 октября 1944 г. два МБР-2 из 53-го смешанного полка ВВС БВФ вылетели на поиск подводной лодки, 15 часов назад обнаруженной радиоразведкой и после этого отметившейся безуспешной атакой траулера РТ-89. «Немка», а это была U-737, действительно находилась в указанном для поиска районе. Гидросамолеты обнаружили ее в надводном положении и немедленно атаковали. Сначала в ход пошли ПЛАБы (подводники называли их сверхтяжелыми парашютными бомбами), а затем погружающуюся лодку обстреляли из пулеметов. В результате субмарина получила легкие повреждения, три члена ее экипажа были ранены. Лодка прервала боевой поход и вернулась в норвежский порт Гаммерфест.
МБР-2-М-17 авиации КБФ
Отработка погрузки раненого в МБР-2-М-17
В строевых частях морской авиации МБР-2 заменили гидросамолеты старых типов
Кроме рутинной боевой работы, выпадали на долю МБР- 2 и необычные операции. Так, в сентябре 1944 г. МБР-2 пришлось вывозить экипаж английского «Ланкастера», участвовавшего в операции «Параван» (удар по линкору «Тирпиц»), При перелете из Великобритании экипаж флаинг-офицера Кили не дотянул до аэродрома Ягодник под Архангельском и после выработки топлива посадил свой самолет на «брюхо» прямо в болото в районе деревни Талаги. Чтобы вытащить англичан из этой глухомани, пришлось сбрасывать на парашюте проводника, который вывел их к ближайшему озеру, где ожидал МБР-2. 20 октября немецкий гидросамолет BV 138 из 1./SAG 130 по техническим причинам совершил вынужденную посадку в районе о. Моржовец. Экипаж «летающего башмака» стал запрашивать помощь по радио, но работа неизвестной радиостанции только привлекла внимание наших моряков. Вылетевший в тот район МБР-2 обнаружил своих незадачливых коллег и навел на BV 138 гидрографическое судно «Мгла», экипаж которого захватил самолет и пленил немцев.