Свою лепту в победу на Севере внесли и «амбарчики» ГВФ. В первые дни войны в Архангельске создали Карело-финскую особую авиагруппу ГВФ, в ноябре 1942 г. преобразованную в 5-й отдельный полк ГВФ, действовавший на Карельском фронте. В состав ВВС Ленинградского фронта входил 4-й полк ГВФ. В обеих частях воевали более 10 гидросамолетов МП-1 и МП-1 бис. Их основной задачей стала поддержка связи с партизанами. Летающие лодки сотни раз вылетали во вражеский тыл, где садились на многочисленные озера, доставляя боеприпасы, оружие, продовольствие и медикаменты.
Над БалтикойК лету 1941 г. в ВВС КБФ насчитывался 151 МБР-2, входивший в состав 15-го морского разведывательного авиационного полка (МРАП) и 15-й, 41-й, 43-й, 44-й, 58-й, 81-й отдельных МРАЭ. Они были основными самолетами-разведчиками Балтфлота и практически единственными, оснащенными аэрофотоаппаратами. Большинство экипажей имело подготовку к полетам в сложных метеоусловиях и ночью, что делало МБР-2 «самолетом для плохой погоды» и позволяло за счет правильной тактики рассчитывать на его успешное боевое применение.
Балтийский флот с 19 июня 1941 г. находился в оперативной готовности №2. МБР-2 вели разведку районов, прилегавших к территориальным водам СССР, и первыми вступили в войну. 22 июня в 3 ч 30 мин летающие лодки ст. л-та Трунова и л-та Пучкова из 44-й ОМРАЭ, вылетев из Таллина, обнаружили в Финском заливе группу неизвестных кораблей. Снизившись до 600 м, самолеты взяли курс на них и были встречены зенитным огнем. Это оказался отряд немецких минных заградителей, возвращавшихся на базу.
С первых дней войны «амбарчики» использовались для поддержки сухопутных войск. 22 и 23 июня самолеты 43-й эскадрильи, базировавшейся на озере Дурбе в 40 км от Либавы, помимо обеспечения развертывания подводных лодок из Либавы в Балтику и прикрытия минных постановок, совершили более 100 вылетов на поддержку войск, оборонявших город. Сил 43-й эскадрильи оказалось явно недостаточно, но больше флот выделить не мог. К исходу 23 июня немцы замкнули кольцо вокруг Либавы, их танки вышли к Дурбе, и 43-й эскадрилье пришлось срочно перебазироваться на озеро Киш вблизи Риги. Оттуда экипажи этой части и 41-й ОМРАЭ продолжали наносить удары по наступавшим войскам противника вплоть до сдачи Риги 30 июня.
Оперативная обстановка на Ленинградском направлении продолжала ухудшаться, и для того, чтобы задержать немцев, на поддержку сухопутных частей бросили не только разведывательную, но также большую часть бомбардировочной и минно-торпедной авиации Балтфлота. Господство в воздухе принадлежало противнику, поэтому почти каждый дневной вылет МБР-2 сопровождался потерями. 1 июля финские «Фоккеры» D.XXI сбили пару МБР в районе о. Гогланд. 6 июля пара МБР- 2 из 15-й эскадрильи (ведущий – экипаж командира звена л-та Куликова, ведомый – экипаж л-та Бондаренко) при возвращении из разведки на подходе к Ирбенскому проливу была перехвачена четверкой истребителей. Самолет ведущего сбили сразу, и он упал в море. Машина Бондаренко загорелась от попадания в бензобак, но раненый летчик все же сумел посадить ее на воду. В конце пробега МБР-2 взорвался, пилота и штурмана выбросило из кабин, что спасло их, а стрелок-радист погиб. 8 июля «Мессершмитты» сбили над Ирбенами еще пару МБР. Впрочем, иногда доставалось и немцам. Так, 27 июня в воздушном бою с МБР-2 получил ранение пилот Ju 88 из l./KGr 80б, а 4 июля Аг 196 из 2./SAGr.l25 вообще был сбит у Либавы. Поскольку применение тихоходных МБР-2 днем без прикрытия привело к большим потерям, то с 20 июля их наконец-то стали использовать как ночные бомбардировщики.
МБР-2-М-17 (№9) из учебного отряда Военно-морского авиационного училища им. И.В. Сталина, г. Ейск. 1936-37 гг.
Взлетает МБР-2-М-34
Обслуживание двигателя М-17 на серийном МБР-2
С начала июля летающие лодки 15-го МРАП наносили удары по частям 4-й танковой группы вермахта. МБР-2 бомбили танки у озера Долгое, колонны вражеской мотопехоты в районах Поречье и Осьми- но. После прорыва немецкого 41-го моторизованного корпуса МБР-2 поддерживали советские части у озера Самро. Ночи становились длиннее, цели находились на небольшом удалении от аэродромов базирования, и экипажи успевали сделать до рассвета по 2-3 вылета. Всего в июле-августе 15-й МРАП совершил более 300 вылетов на поддержку сухопутных войск.