Согласно первоначальным планам, первый полет экспериментальной машины должен был состояться в начале 1988 г. Однако «Пратт Уитни» встретилась при разработке новых сопел с рядом проблем, что несколько задержало начало летных испытаний. F-15S/MTD без системы УВТ поднялся в воздух 7 сентября 1988 г., а в штатной конфигурации – 10 мая 1989 г. Испытания на авиабазе Эдварде проходили до августа 1991 г. и включали 138 полетов, в целом подтвердивших работоспособность технических новшеств. Так, скорость захода на посадку F-15S/MTD по сравнению с F- 15D уменьшилась с 260 до 222 км/ч, а дальность полета возросла на 13%. За счет использования плоских сопел и ПГО угловая скорость крена возросла на 24%, а тангажа – на 27%. Была продемонстрирована возможность посадки на сухую полосу длиной 425 м и мокрую длиной 985 м (для серийного истребителя F-15C требуется 2300 м мокрой полосы). В ходе последнего испытательного полета 12 августа 1991 г. самолет выполнил посадку ночью без использования наземного оборудования, лишь за счет бортовых средств. Технологии, отработанные на F-15S/MTD, нашли широкое применение при создании истребителя пятого поколения F/A-22A «Рэптор», а также в ряде других программ.
Сброс с F-15E бомбы с лазерным наведением GBU-28
Отработка применения бомб GBU-27
F-15Е наносит удар боеприпасами JDAM по заранее выбранным целям
В дальнейшем F-15S/MTD был передан NASA где ему присвоили регистрационный номер NASA 837/71-0290. В конце 1990-х гг. после соответствующего переоборудования самолет был задействован в рамках программы ACTIVE (Adanced Control Technology for Integrated Vehicles), в которой, помимо NASA участвовали лаборатория имени Райта ВВС США а также фирмы «Боинг» и «Пратт Уитни». Двигатели получили новую, нереверсивную систему УВТ. Сопла могли отклоняться в любом направлении, обеспечивая управление самолетом как по тангажу, так и по рысканию. УВТ предназначалось как для повышения взлетно-посадочных характеристик машины, так и для улучшения ее маневренности в диапазоне скоростей от предельно малых до соответствующих М=2,0. Кроме того, самолет оснастили новой «высокоинтеллектуальной» интегрированной системой управления. В 1999 г. в рамках программы ACTIVE экспериментальный F-15 выполнил 15 полетов, после чего вновь был поставлен на консервацию. В настоящее время NASA располагает еще одной летающей лабораторией F-15B (NASA836/74-0141), которая периодически используется в различных исследовательских программах.
20 февраля 1992 г. состоялся первый полет модернизированного истребителя F-15B, на котором фирма «Макдоннелл Дуглас» испытывала оборудование системы ICAAS (Integrated Control and Avionics for Air Superioriti), позволяющей координировать действия звена (четыре самолета) в бою против нескольких воздушных целей. Система должна осуществлять в полете сбор информации о наблюдаемых целях от всех истребителей группы, обрабатывать ее и отображать рекомендуемые тактические схемы действий, а также обеспечивать автоматическое целераспределение самолетам звена. В передней кабине этого F-15B была установлена новая система индикации, включавшая многоцветные электронно-лучевые индикаторы с сенсорным управлением. Самолет оснастили двумя БЦВМ фирмы «Лир Астроникс». Следует заметить, что подобная, также координирующая действия звена, но более простая по исполнению система реализована на серийных истребителях Су-27. Однако из-за сокращения бюджета МО США финансирование этой программы вскоре было прекращено, и летные испытания остановлены после четырех полетов. «Макдоннелл Дуглас» по собственной инициативе некоторое время продолжала стендовые исследования по моделированию групповых действий двух F- 15, оснащенных системой ICAAS. В дальнейшем результаты этих работ были частично востребованы в других истребительных программах, однако F-15 способности действовать в режиме автоматизированного группового управления так и не приобрел.
В 1993 г. на базе Эдвардс состоялись летные испытания лаборатории F-15 HIDEC (Highly Integrated Digital Electronic Control), переоборудованной из восьмого прототипа F-15A (сер. №71-0208). Самолет был оснащен очень необычной системой управления силовой установкой: она могла изменять тягу двигателей таким образом, что самолет получал возможность разворачиваться, переходить в набор высоты или снижение без использования аэродинамических управляющих поверхностей. Все это позволяло пилоту осуществить безопасную посадку даже в случае выхода из строя элеронов, рулей направления и дифференциального стабилизатора, что и было отработано в ходе программы.