Хотя поход завершился успешно, однако он показал, что у «Кузнецова» имеется ряд серьезных проблем, и в начале апреля 1996 г. корабль встал на длительный ремонт. Летчикам 279-го полка оставалось заниматься летной подготовкой с наземных баз, прежде всего, родного аэродрома Североморск-3. Вскоре во время тренировочных полетов в части произошла первая катастрофа на Су-33. 17 июня 1996 г. из-за потери пространственной ориентировки в сложных метеоусловиях столкнулся с сопкой Виталий Кузьменко на самолете с бортовым №65.
Тренировки летчиков-палубников продолжались, однако характерные доя постсоветского периода проблемы привели к значительному снижению их интенсивности. И все же, несмотря на все трудности, пилотам Су-33 удавалось не только поддерживать неплохую профессиональную форму, но и осваивать новые виды боевой подготовки. Весной 1997 г. в 279-м КИАП началось освоение дозаправки в воздухе. Допуск к ее проведению получили п-ки И.Кожин (днем и ночью), П.Кретов, подп-ки В.Дубовой, М.Савицкий, С.Рассказов, А.Абрамов, Ю.Анищенко и П.Подгузов. Летом в Баренцевом море состоялись учения Северного флота, в ходе которых Су-33 выполняли задачи ПВО кораблей, в т.ч. перехват ударной группы авиации «противника». Во время этих учений 12 летчиков полка впервые провели пуски с Су-33 ракет ближнего боя Р-73 по мишеням.
Большое внимание уделялось и отработке новых способов ведения воздушного боя, основанных на исключительных маневренных возможностях Су-33. В1997 г п-ки Кожин и Кретов, подп-ки Дубовой и Рассказов вслед за своим командиром генералом Апакидзе освоили наиболее сложные элементы нестандартного маневрирования – «колокол» и «кобру Пугачева», которые и ныне выполняют лишь некоторые военные летчики. За освоение новых способов ведения воздушного боя на истребителе Су-33 П.П.Кретов был удостоен звания Героя России. В том же году на «Нитке» прошел очередной этап тренировок летчиков полка, который, помимо традиционного восстановления навыков, включал освоение взлетов с трамплина и посадок на аэрофйнишер в ночных условиях.
Су-33, пилотируемый Т.А.Акакидзе, в роковом полете 17 июля 2001 г.
Истребитель 279-го ОКИАП уходит в очередной полет с трамплина крейсера
Кабина Су-33
Тем временем в Вооруженных Силах России развернулось очередное сокращение, и в мае 1998 г., несмотря на все аргументы командования авиации ВМФ, было принято решение о расформировании единственного в стране соединения корабельной авиации – 57-й СКАД. К счастью, удалось сохранить оба входивших в состав дивизии полка, которые были преобразованы в отдельные. Командиром 279-го ОКИАП стал п-к П.П.Кретов. Оставшийся без своей дивизии ТААпакидзе поступил в Академию Генерального штаба и переехал в Москву.
В июне 1998 г наконец закончился длительный ремонт TABKI^ и корабль снова вышел в море. Особенностью сезона стало то, что не удалось договориться с правительством Украины об очередном этапе аренды комплекса «Нитка». В результате впервые новых строевых летчиков пришлось готовить для полетов с палубы без тренировок в Крыму. Эта задача была успешно решена, и 23 июля свои первые посадки на корабль выполнили подп-ки Ю.Корнеев и С.Рассказов, 7 августа – подп-к Н.Прядко, 13 августа – подп-ки С.Корнев и И.Матковский, 17 августа – подп-к Ю.Кононов. Не обошлось и без острых ситуаций. В очередном тренировочном полете один из первопроходцев российской корабельной истребительной авиации подп-к Подгузов при уходе на второй круг после пробежки по угловой палубе слишком резко взял ручку управления самолетом на себя, в результате чего тот, оторвавшись от палубы, вышел на опасно большие углы атаки. Наблюдавшие за полетом застыли в оцепенении: Су-33, словно кленовый лист, покачивался в воздухе перед кораблем, готовый в любое мгновение свалиться. Однако летчик успел вывести двигатель на особый режим, самолет постепенно набрал скорость и стал уверенно слушаться рулей.