Система катапультирования включает кресло КМ-1М, позволяющее спасать летчика на высотах до 20000 м и при приборных скоростях до 1200 км/ч, а также на взлете и посадке при скорости не менее 130 км/ч. Катапультируемое кресло оснащено парашютным кислородным прибором КП-27М, обеспечивающим питание летчика кислородом вплоть до приземления, а нем также размещается носимый аварийный запас: автоматически надуваемая резиновая лодка, аварийный радиомаяк «Комар», средства сигнализации и жизнеобеспечения.
Вооружение и разведывательное оборудование. Вооружение перехватчиков МиГ-25П состоит из четырех ракет средней дальности Р-40: двух с радиолокационной (Р-40Р) и двух с тепловой (Р-40Т) головками самонаведения. Ракеты подвешены на крыльевых пилонах на пусковых устройствах АПУ-84-46 и предназначены для поражения неманеврирующих и маневрирующих (с перегрузкой до 4д) целей. Модернизированные перехватчики МиГ-25ПД и МиГ-25ПДС вооружены усовершенствованными ракетами Р-40РД, Р-40РД1 и Р-40ТД. Эти перехватчики могут нести на внешних пилонах вместо Р-40 по две ракеты ближнего боя Р-60 или Р-60М на спаренных пусковых устройствах АПУ-60-ИМ.
Спецоборудование разведчиков-бомбардировщиков: аэрофотоаппараты А-70М, А-Е/10, А-72, с45-АРЭ, ночной НА-75; станции общей радиотехнической разведки СРС-4А или СРС-4Б, или СРС-4В (на МиГ-25РБ) либо СРС-9 «Вираж» (на МиГ-25РБВ), либо «Тангаж» (на МиГ-25РБТ); станцию радиоэлектронной разведки «Куб-ЗМ» (на МиГ-25РБК); РЛС бокового обзора «Сабля» (на МиГ-25РБС) либо «Шомпол» (на МиГ-25РБШ); станцию детальной радиотехнической разведки «Шар-25» (на МиГ-25РБФ).
Бомбовая нагрузка разведчиков-бомбардировщиков – 4000 кг, самолетов поздних серий выпуска (с № 02022077) – 5000 кг. Бомбы подвешиваются на четырех балочных держателях: двух МБДЗ-У2 под крылом (по осям внутренних пилонов перехватчика) и двух МБДЗ-У2Т под фюзеляжем (тандемом по оси симметрии самолета). Эти варианты МиГ-25 могут нести на специальных держателях ядерные бомбы. На МиГ-25БМ вместо бомб могут подвешиваться на подкрыльевых пусковых устройствах АКУ-58 четыре управляемые противорадиолокационные ракеты Х-58У с дальностью пуска более 40 км.