Заводские испытания Х-08 начались в октябре 1972 г. и включали 45 полетов, в т.ч. 30 с мишенью. Затем -восьмерка- использовалась для изучения поведения самолета на малых скоростях полета, а также отработки противообледенительной системы, оснащенной радиоизотопным датчиком обледенения RIO-3 В июле-сентябре 1973 г. проводились войсковые испытания Х-08 и КТ-04 Очевидно, они не принесли желаемых результатов, потому что через год такие испытания пришлось повторить. К тому времени лебедку дополнил гидравлический отсекатель троса Небольшую серию из восьми L-39V -Аэро-Водоходы- выпустили в 1976 г. Все они были приняты ВВС ЧССР, но позднее два передали в ГДР.
В 1973 г. по заказу ВВС Ливии началась разработка учебно-боевого L-39ZO (Zagranicny Obchod – вооруженный, зарубежный заказ), который можно было использовать и для подготовки летчиков, и в качестве легкого штурмовика. Машину оснастили четырьмя подкрыльевыми узлами подвески вооружения Каждый внутренний был рассчитан на 500 кг боевой нагрузки, внешний – на 250 кг, но в сумме самолет мог поднять не более 1100 кг Новый -Альбатрос- получил усиленные крыло и шасси. Летные испытания прототипа Х-09 (№ 3909 и ОК-186) летчик Ю. Шоуц начал 25 июня 1975 г. В первую очередь уделялось внимание изучению поведения в воздухе машины при пуске НАР, влияния действия выхлопных газов ракет на работу двигателя, а также работе шасси при повышенных нагрузках. В целом, испытания дали очень хорошие результаты, хотя из-за возросшей взлетной массы -Альбатроса- его ЛТХ несколько ухудшились. Наиболее серьезные проблемы во время испытаний Х-09 возникли при отработке сброса 150-л и 350-л ПТБ, которые подвешивались под крылом. Оказалось, что после отделения они пол воздействием набегающего потока начинали вращаться вокруг поперечной оси. Скорость и направление вращения зависели от действующих аэродинамических сил и моментов. Бывали весьма неприятные ситуации, когда бак словно прилипал к крылу, отказываясь падать, а однажды он остался висеть на пилоне вплоть до посадки и отвалился лишь при рулении. Проблему решили. оснастив ПТБ небольшим горизонтальным оперением, создававшим пикирующий момент Испытания L-39ZO завершились в июне 1976 г В общей сложности построили 347 таких машин.
Серийный самолет L-39ZO из состава ВВС ГДР
Буксировщик мишеней L-39V и мишень КТ-04
Зона размещения воздушной турбины на L-39V и установленная в его задней кабине лебедка
Прототип Х-09 продолжали использовать в качестве летающей лаборатории, в частности, на нем отрабатывали новые катапультное кресло VS-2 и БРЭО. Этот самолет оказался самым невезучим из опытных -Альбатросов- и. как магнит, притягивал неприятности. Например, однажды произошел отказ двигателя, после чего машину с трудом удалось посадить на аэродроме Прага-Кбелы Последний раз этот самолет поднялся в воздух 8 апреля 1986 г. Инженеру-пилоту Иржи Поспишилу предстояло провести очередное испытание катапультного кресла. Согласно заданию, отстрел произошел на высоте 300 м при скорости 350 км/ч. После этого двигатель внезапно перестал работать. Летчик попытался совершить посадку на аэродроме Сазена, но она оказалась очень неудачной: самолет был полностью разбит, а летчик тяжело ранен.
В 1974 г. по заданию MHO начались работы над еще одним учебно-боевым вариантом -Альбатроса-. получившим обозначение L-39ZA (расшифровка аббревиатуры в источниках не дается). В отличие от предшественника, этот самолет оснастили 23-мм пушкой ГШ-2-23. которую установили в носовой части фюзеляжа под кабиной и закрыли обтекателем При этом пришлось внести необходимые изменения в конструкцию фюзеляжа и расположение нескольких антенн, выполнить обшивку створок ниши передней опоры шасси из легированной стали для защиты от горячих пороховых газов, в очередной раз усилить шасси и оснастить его более широкими пневматиками.
Отработка пушечной установки производилась на снятых с летной эксплуатации машинах Х-03 и Х-05. при этом -пятерка- использовалась/утя опытных стрельб в наземном тире Для проведения летных испытаний были построены прототипы Х-10 и Х-11 Первый полет -десятки- (борт ОК-188), которую пилотировал Шоуц, состоялся 29 марта 1976 г. Испытания проходили без проблем, пока не начались стрельбы. Оказалось, что при ведении огня на больших углах атаки пороховые газы попадают в двигатель, что приводит к его перегреву и даже помпажу. Конструкторы пытались найти решение, совершенствуя дульный тормоз таким образом, чтобы все газы уходили под фюзеляж, однако это имело лишь частичный успех. С проблемой так и не удалось полностью справиться. В конечном итоге пришлось ограничить углы атаки, допустимые при стрельбе, а самолет оснастить системой, не допускавшей открытия огня на критических режимах.