Для самолета разработали бустерную систему управления, а также новое шасси Планер Альбатроса- претерпел меньшие изменения. Наиболее существенные коснулись кабины Для улучшения обзора увеличили превышение места инструктора над обучаемым, а вместо двух крышек фонаря теперь применили одну сплошную. Открываться она стала назад-вверх, что упрощало ее аварийный сброс в воздухе за счет воздействия набегающего потока. Повышению безопасности летчиков при аварийном покидании машины способствовали и новые катапультные кресла VS-2. разработанные в -Аэро-Водоходах-. Они позволяли спасти экипаж в нештатной ситуации при нулевых значениях скорости и высоты полета, в диапазоне перегрузок от -2д до 14д. Были усилены некоторые элементы конструкции планера, что позволило увеличить назначенный ресурс до 4500 ч с перспективой его дальнейшего продления до 6000 ч. Обьем крыльевых баков увеличили почти в 2.5 раза (до 230 л каждый) Крыло оснастили модернизированными закрылками, отклонявшимися в посадочном положении на 55 От L-39ZA самолет унаследовал пушку ГШ-2-23 и четыре пилона, на которых теперь можно было подвесить до 1500 кг боевой нагрузки
Все это неизбежно привело к увеличению взлетной массы, что требовало установки более мощного двигателя Таковым стал ДВ-2 (DV-2) с тягой до 2150 кгс. разработанный в ЗМКБ -Прогресс- под руководством В.А. Лотарева. Лицензия на его серийный выпуск была предоставлена предприятию ZVL (г. Поважска Быстрина) Доводку двигателя партнеры вели в тесной кооперации: из почти 10000 доработок 3000 выполнила чехословацкая сторона. Первые 16 экземпляров ДВ-2 были выпущены в Запорожье, но половину узлов к ним изготовили в ЧССР.
Взлетает румынский L-39ZA (сер. № 533218). Аэродром Ианка, 14 сентября 2004 г.
Болгарский L-39ZA (сер. № 035137). Учения Cooperativ Key 2005. авиабаза Граф Игнатьев, 1 сентября 2005 г.
Таиландский L-39ZA/ART с подвешенной мишенью «Дарт«. Авиабаза Утапао, лето 1994 г.
Самолет L-39 Х-22 с подвешенными 50-кг бомбами
Новый самолет получил обозначение L-39MS. Его первый прототип Х-21 (борт ОК-002) взлетел в 1983 г. и был еще оснащен двигателем АИ-25Т/1 Он оказался последней машиной, созданной при жизни Яна Влчека. 2 января 1984 г. конструктор, с именем которого был связан большой этап в истории всего чехословацкого самолетостроения, скончался. Дальнейшее совершенствование -Альбатроса- проходило под руководством главного конструктора Властимила Гавелки Ведущих конструкторов по самолету стало несколько, в том числе Алоиз Бенетка и Эмилиан Постл.
30 сентября 1986 г. поднялся в воздух прототип Х-22 (ОК-184). на котором уже стоял DV-2 В 1987 г. в полет отправились еще две опытные машины: 26 июня Х-24 (ОК-182) и 6 октября Х-25 (ОК-186). Для проведения прочностных испытаний был построен Х-23. Испытания самолетов проходили успешно, и в 1989 г. начался выпуск установочной партии из трех экземпляров (серийные №№ 001. 0101 и 0102). 1 октября первый серийный L-39MS уже поднялся в воздух. Однако будущее самолета становилось все более туманным. Главный заказчик не проявлял особого интереса к машине. ВВС СССР располагали огромным парком L-39C. которые пока удовлетворяли училища. Кроме того, ОВД трещала по всем швам, и в Советском Союзе крепло мнение, что пора отказаться от услуг -оборонки- неверных союзников. Вскоре московские ОКБ приступили к разработке собственных УТС нового поколения.
Затем политическая ситуация и вовсе изменилась коренным образом. Рухнула ОВД, а за ней перестал существовать СССР. Главный заказчик -Альбатроса- исчез, что вообще поставило под вопрос производство реактивных УТС в Чехословакии, Тем не менее, водоходовцы не опустили рук и предприняли воистину титанические усилия для продолжения совершенствования L-39 и поиска новых рынков его сбыта. Поначалу помощь оказало правительство страны, закупившее в 1991-92 гг. пять L-39MS: все летные прототипы и предсерийную -единичку-. Две машины остались в распоряжении -Водоходов-. Там их стали использовать в качестве летающих лабораторий. Так. одна из машин в настоящее время участвует в программе испытаний новой модификации катапультного кресла VS-2.
На внешнем рынке самолет стали рекламировать под обозначением L-59 (интересно, что этот индекс носил нереализованный проект легкого штурмовика, разработанный Влчеком в начале 1960-х гг.). Активный маркетинг вскоре принес первые результаты: новинкой заинтересовался старый клиент чехословацкой -оборонки- Египет. Каир подписал с -Аэро-Водоходами- контракт на закупку 48 самолетов, получивших обозначение L-59E. По требованию заказчика эту версию -Альбатроса- оснастили БРЭО западного производства, а подкрыльевые пилоны приспособили для подвески как западных. так и советских образцов вооружения Прототипом стал переоборудованный самолет 0101, который облет али после доработок 22 апреля 1992 г. Поставки начались 29 января 1993 г. и завершились в начале 1994 г. К тому времени Чехо-Словакия уже распалась, и при разделе имущества два L-39MS достались Братиславе.