После принятия на вооружение МиГ-21Ф-13 самолеты семейства Е-6 еще долго проходили испытания в рамках различных программ, выступая в роли летающих лабораторий. В частности, на Е-6/2 и Е-6/3 шел поиск оптимального места размещения пусковых устройств ракет. При этом на Е-6/2 макеты ракет крепились на за-концовках крыла с увеличенной хордой. Работа велась в интересах, прежде всего, программы создания нового тяжелого перехватчика Е-152. К.К. Коккинаки до 31 июля 1961 г. выполнил на таком Е-6/2 около 30 полетов. Тщательный анализ их результатов позволил заключить, что новая подвеска имеет ряд преимуществ. Так, по сравнению с подкрыльевой она обеспечивает большую боковую устойчивость истребителя, лучшие разгонные характеристики, высший статический потолок. Тем не менее, испытатели пришли к заключению, что для каждого типа самолета эти выводы нужно уточнять.
Е-6Т/1 был облегчен и использован для побития рекордов скорости и высоты полета. На нем установили новый двигатель Р-11Ф2-300 с повышенной тягой. 31 октября 1959 г. ГК. Мосолов установил на нем рекорд скорости на базе 15-25 км – 2388 км/ч. а на отдельных участках – 2504 км/ч. Самолет был зарегистрирован в ФАИ под открытым обозначением Е-66. 16 сентября 1960 г. К.К. Коккинаки на этой же машине разогнался до 2148,66 км/ч на замкнутом 100-км маршруте (на отдельных участках скорость достигала 2499 км/ч).
В 1960 г. Е-6Т/1 вновь доработали с целью достижения наибольшей высоты полета. Под фюзеляжем закрепили ускоритель У-21, основу которого составлял ЖРД типа СЗ-20М5А, а за фонарем установили дополнительный топливный бак емкостью 170 л. 28 апреля 1961 г. ГК. Мосолову на этой машине удалось установить абсолютный мировой рекорд высоты – 34714 м. Динамический набор выполнялся с высоты 13800 м со скоростью, соответствующей числу М=2,18. Остановка основного двигателя произошла на высоте 22500 м, дальнейший набор высоты выполнялся с помощью ЖРД. При подходе к верхней точке траектории самолет начал медленно вращаться вокруг продольной оси. Возникла угроза сваливания в перевернутый штопор, но летчик сумел исправить положение. В ФАИ самолет был зарегистрирован под открытым обозначением Е-66А. 9 июля 1961 г. рекордная машина стала звездой авиационного парада в Тушино, где на глазах у многочисленных зрителей после включения ЖРД свечой устремилась за облака.
Опытный истребитель-перехватчик Е-7-1
Доработанный опытный самолет Е-7-3
Опытный Е-7-4 во время испытаний на грунте
Один из серийных МиГ-21 Ф, получивший название Е-6/9, был доработан в носитель тактической ядерной бомбы типа 244-Н. Она подвешивалась на замке БДЗ-55Т, установленном по оси симметрии самолета внизу фюзеляжа. Машину оборудовали прицелом ПБК-1, который позволял производить бомбометание с кабрирования. Бомбометание в горизонтальном полете и с пикирования выполнялось с помощью серийного прицела АСП-5НД. Опытный Е-6/9 проходил испытания в 1960-1961 гг.
Тогда же ОКБ-155 было поручено резко улучшить взлетно-посадочные характеристики МиГ-21Ф-13 – сократить разбег и пробег до 300-350 м. На опытном производстве завода № 155 прошли доработку два серийных МиГ-21Ф-13, получившие обозначения Е-6В/1 и Е-6В/2. На них нашли применение такие новшества, как стартовые пороховые ускорители СПРД-99, система сдува пограничного слоя (СПС) с закрылков, размещение тормозного парашюта в сигарообразном контейнере у основания киля. Сдув погранслоя осуществлялся отбираемым за последней ступенью компрессора двигателя воздухом, который по магистрали подавался в крыло и выдувался через щели на верхние поверхности закрылков, угол отклонения которых при этом составил 45°. Система включалась автоматически, как только угол отклонения закрылков достигал 30°. Питание системы сжатым воздухом обеспечивал новый вариант двигателя – Р-11Ф2С-300В, запущенный в серийное производство. В 1961 г. система СПС прошла Госиспытания на Е-6В/2, после чего ее решили устанавливать на новые модификации МиГ-21. В том году на параде в Тушино один из опытных Е-6В продемонстрировал укороченный взлет с двумя стартовыми ускорителями, после чего в НАТО машине присвоили кодовое обозначение Fishbed-E.
Для дальнейшего исследования вопросов управления пограничным слоем в 1961 г. на самолете Е-6В/1, помимо сдува погранслоя с закрылков, применили сдув его и с передней кромки крыла и стабилизатора, благодаря чему последний стало возможным отклонять на угол 30-35°. В 1963 г. на Е-6В/1 установили и испытали улучшенную систему СПС, которую затем также внедрили в серию. А самолет Е-6В/2 10 января 1962 г. потерпел аварию – во время укороченного взлета произошел взрыв левого ускорителя.