Опытный экземпляр разведчика был построен в Горьком путем переделки одного из МиГ-21 ПФ 8-й серии. На нем установили двигатель P-11Ф2С-300, систему СПС, парашютный контейнер в основании киля, доработали ряд систем для установки разведывательного и радиоэлектронного оборудования. На законцовках крыла появились небольшие сигарообразные обтекатели, а на вершине киля – новый радиопрозрачный элемент конструкции (из-за установки под ним другой антенны). В связи с тем, что на месте крепления подфюзеляжного ПТБ теперь подвешивался разведконтейнер, на самолете смонтировали четыре подкрыльевых пилона, из которых внешние предназначались для подвески ПТБ емкостью по 490 л, а внутренние – для вооружения.
В таком виде Е-7Р с красным бортовым номером «78» передали на заводские испытания, которые выявили существенный недостаток: радиус действия нового фронтового разведчика, несмотря на наличие крыльевых ПТБ, оказался меньше требуемого. Кроме того, обзору летчика сильно мешала расположенная над воздухозаборником по оси симметрии штанга ПВД. Поэтому ее пришлось сместить вправо. Для Е-7Р разработали 3 типа разведывательных контейнеров. Контейнер типа «Д» предназначался для ведения дневной фоторазведки и содержал 2 фотоаппарата АФА-39 для перспективной съемки, четыре АФА-39 для плановой съемки, щелевой фотоаппарат АФА-5 и магнитофон. Контейнер типа «Н» был создан специально для ночной фоторазведки. Он вмещал фотоаппарат УАФА-47 и 188 осветительных фотопатронов. После отстрела патрон создавал мощную световую вспышку, в момент которой автоматически производилась съемка на пленку высокой чувствительности. Контейнер типа «Р» обеспечивал радиотехническую разведку с помощью аппаратуры «Ромб-4А» и «Ромб-4Б», для контроля применялся фотоаппарат АФА-39. Кроме того, на самолете установили аппаратуру ретрансляции аудиоинформации в УКВ-диапазоне и, как опцион, средства для забора проб воздуха на радиоактивность.
Кроме перечисленных принятых на вооружение контейнеров, на разведчике прошли испытания и другие, в том числе: с аппаратурой телевизионной разведки ТАРК, аппаратурой круглосуточной разведки «Шпиль» с подсветом местности ночью лазерным лучом, аппаратурой инфракрасной разведки «Простор», а также с фотоаппаратами для съемки с предельно малых высот. Первые 2 из этих контейнеров содержали аппаратуру передачи информации на наземные пункты.
Вопрос с радиусом действия разведчика конструкторы решили довольно просто – увеличили размеры гаргрота за кабиной пилота и разместили в нем дополнительный бак на 340 л керосина. При этом мидель самолета практически не увеличился, состав оборудования не сократился, летные характеристики пострадали незначительно.
Реализованы эти изменения были на следующих опытных экземплярах фронтового разведчика, которые строились на базе серийных перехватчиков МиГ-21 ПФС (№ 940724 и № 940735). На эти машины установили также новый фонарь с открывающейся вбок крышкой и новую систему катапультирования с креслом КМ-1. Самолеты в новой конфигурации, в отличие от первого Е-7Р, имели киль увеличенной площади и бортовое оборудование, аналогичное устанавливаемому на МиГ-21 ПФМ. Взлетная масса машины возросла до 8100 кг, максимальная скорость снизилась до 1700 км/ч на высоте 13000 м, а практический потолок – до 15100 м. Дальность полета без крыльевых ПТБ составляла 1130 км, а с ПТБ – 1600 км. В таком виде фронтовой разведчик был рекомендован к серийному производству и принятию на вооружение советских ВВС.
Серийные разведчики получили обозначение МиГ-21Р и заводские шифры «изделие 94Р» и «изделие 03». Головной МиГ-21 Р №30101 покинул сборочный цех завода № 21 вначале 1966 г Разведчики выпускались до 1971 г. как для советских ВВС, так и на экспорт. Как и другие представители семейства «двадцать первых», они непрерывно совершенствовались. Постепенно на самолет поставили локатор РП-21, систему предупреждения об облучении СПО-3 («Сирена-3»), перископ для обзора задней полусферы, штангу ПВД сместили вправо (первые серийные разведчики отличались ПВД, расположенным симметрично). Вооружение разведчика в принципе соответствовало перехватчику, однако пилоны для его подвески часто вообще снимали, благодаря чему несколько увеличивалась продолжительность полета. В НАТО МиГ-21 Р получил обозначение Fishbed-H.