Оборвалась жизнь А.А. Кованько 27 сентября 1926 г. Российские историки авиации, основываясь на имеющихся у них данных, считают, что летчик погиб в катастрофе «во время испытания самолета собственной конструкции». Однако югославские публикации того времени свидетельствуют о другом. Так. газета «Политика» от 28 сентября 1926 г сообщала, что пилот подполковник А.А. Кованько и рядовой Мухарем Ахмед Саилович погибли во время полета на польском аппарате типа «Бранденбург» с двигателем Даймлера мощностью 180 л.с. Самолет упал с высоты приблизительно в 150 м через несколько минут после взлета.
До сих пор неизвестно, что именно случилось с самолетом. Опубликовав некролог и биографию летчика, авторы «Русского военного вестника» (№ 62, 10 октября 1926 г.) подчеркивали, что полет проходил при хороших погодных условиях. По одной из версий, пилот-инструктор А.А. Кованько передал управление самолетом курсанту Саиловичу, который резко направил аппарат к земле. Инструктор, по предположению сторонников этой версии, не смог вернуть машину в нормальное положение. Другие исследователи считают, что А.А. Кованько этого сделать не удалось, т.к. выполнявший свой первый полет Саилович то ли потерял сознание, то ли испугался и навалился на органы управления, не позволив инструктору выправить аппарат. Согласно третьей точке зрения, высказанной в газете «Време», сам А.А. Кованько внезапно мог почувствовать себя плохо, что и привело к трагедии. Есть еще одна версия, которой придерживаются родные летчика и некоторые исследователи. Они считают, что гибель А.А. Кованько, не скрывавшего желания вернуться на родину, стала результатом деятельности «Русского общевойскового союза» (РОВС) под руководством П.Н. Врангеля. Подтвердить или категорически отвергнуть любую из этих гипотез за недостатком документальных оснований пока не представляется возможным.
«Русский военный вестник» (№ 61, сентябрь 1926 г. ) поместил сообщение о гибели «известного пилота и конструктора, военного летчика, подполковника А.А. Кованько … [который] входил в состав общества, имевшего своей целью расширение связей с российскими и иностранными авиационными организациями, … издание журналов, организацию лекций… Гибель подполковника Кованько является огромной утратой для российской и сербской авиации». Газеты «Време» и «Русский военный вестник» писали 29 сентября, что во время похорон, отдавая дань заслугам и вкладу А.А. Кованько в развитие авиационного дела в Югославии, в небе летали три самолета типа «Бранденбург». На похороны в Нови Сад прибыли комендант Сербской армии генерал Тура Докич, начальники отделов воздухоплавания Военного и Морского министерств генералы Павлович и Станойлович, представители эмиграции и многие другие.
Журнал Центрального Совета Объединенных Офицерских Обществ Королевства в г. Белграде, напечатав (10 октября 1926 г.), статью об А.А. Кованько, сообщил, что у него осталось двое детей. Дочь Ирина от первого брака находилась вместе с матерью Е. Гарут в Полтаве, а родившийся уже в эмиграции в 1923 г. сын Георгий (Юрий) жил с Еленой Кованько в Югославии.
По ходатайству вдовы и знакомых А.А. Кованько семье была назначена пенсия. Георгий получил право учиться за счет королевской стипендии в Сараево, а позже-в 1-м кадетском корпусе, которым командовал генерал Попов.
Во время Второй мировой войны мать Георгия стала сестрой милосердия в военном госпитале и погибла в 1944 г. в перестрелке с партизанами. После войны Георгий мыкался по разным странам, сидел в лагерях для интернированных, уже инвалидом перебрался в Германию, а потом – в США. Там он закончил университет, получив диплом инженера. Скончался в 2003 г. Его сын, внук А.А. Кованько, стал врачом. Он знает свою родословную и чтит память предков.
Варвара Александровна Мороко бережно хранит фотографии могилы брата и памятника на ней. В начале 1990-х гг. она показывала нам эти снимки и стихи, когда-то написанные ее отцом A.M. Кованько. В них есть такие строки:
…Чтоб летчиком быть, Нужно дело любить. Авиация – дело святое!..Именно так всю свою жизнь относился к авиации его сын – летчик и авиаконструктор Александр Александрович Кованько. Война, революция и ранняя гибель не позволили раскрыться его таланту полностью, и все же можно утверждать, что он внес существенный вклад в становление и организацию авиационного дела на родине и б Югославии, оставив заметный след в истории авиации.