И все же причины неудачи этого варианта Як-3 крылись не только в моторе. Уже при 700 км/ч на его носовой части и центроплане, обдуваемых, кроме набегающего потока, еще воздушным винтом, возникали местные околозвуковые течения, что вело к образованию скачков уплотнения. Обтекание нарушалось, возникала тряска и ухудшалась управляемость. Эти явления еще не были изучены ни в СССР, ни на Западе. Эксплуатационные ограничения по прочности, устойчивости и управляемости в эксплуатационной документации не были четко прописаны, а сами летчики не были приучены к тому, что если «давать РУД до упора», то можно выйти на смертельно опасные режимы полета.
Весной 1944 г. масса разведданных о реактивных самолетах противников и союзников стала «критической», и 22 мая вышло Постановление ГКО № 946сс «О создании истребителей с дополнительными ракетными и воздушно-компрессорными двигателями для достижения скоростей порядка 800 км/ч». Яковлеву поручалось построить модификацию Як-9 с однокамерным жидкостным ракетным двигателем с нерегулируемой тягой РД-1, но тот рассудил по-своему и за основу взял Як-3.
Возле истребителя Як-3 летника Мирошниченко
Жидкостный ракетный двигатель проектировал B.Л. Глушко в КБ завода № 16 «под крышей» НКВД. Этот ЖРД работал на керосине и азотной кислоте и на высоте 2700 м и скорости 732 км/ч давал тягу 270 кгс В начале декабря 1944 г. на 115-й завод прибыл серийный Як-3 ВК-105ПФ-2 N° 18-20. На нем установили ракетный двигатель с его топливной системой, а емкость бензобаков уменьшили, на основной мотор посхавили привод насосов подачи компонентов топлива ЖРД под давлением в 40 атмосфер. Масляный радиатор перенесли под фюзеляж и поставили вместе с водяным, а входной патрубок нагнетателя сделали односторонним. Штатное вооружение заменили на одну мотор-пушку НС-23. Ведущим конструктором перехватчика Як-3РД стал Е.Г. Адлер.
Все эти доработки были сделаны очень быстро, и 22 декабря самолет уже передали на заводские испытания. Летать должен был В.Л. Расторгуев, а ведущим инженером назначили Б.С. Моторина.
Дело сразу пошло трудно. В своих мемуарах Адлер писал: «Жгучая азотная кислота появлялась там, где ее не ждали. Механики сбились с ног, устраняя течи, и сами не обходились без ожогов. В довершение всего, хорошо отлаженный ЖРД. прекрасно запускаемый на земле, никак не хотел запускаться в полете, а это было опасно: запаздывание запуска хотя бы на одну-две секунды могло привести к взрыву ЖРД от накопленной в его камере сгорания смеси компонентов, вовремя не воспламененной, а это могло взорвать весь самолет». Тогда в голову пришла простая мысль: в момент запуска надо создать в камере сгорания условия, близкие к земным, и сделано это было элементарно: сопло закрыли простой картонкой, примотав ее нитками. Разрежение в камере сгорания в полете уменьшилось, и удалось включить ракетный двигатель, разогнавшись на высоте 5000 м до скорости 782 км/ч. Но 12 мая на аналогичном самолете Ла-7Р при запуске РД-1 на земле произошел взрыв.
Хотя уже было ясно, что дальнейшее развитие истребительной авиации будет связано с турбореактивными двигателями, и на Як-3 уже «примеряли» немецкий ТРД JUMO 004, Яковлев настаивал на продолжении работ по ЖРД. Для повышения его надежности Глушко предложил вместо электрического запуска применить химический. Новый двигатель РД-1ХЗ быстро поставили на Як-3РД, но 14 мая в процессе его первого запуска на земле произошла вспышка скопившейся в камере топливной смеси, повредившая сопло. В тот же день поставили новый ЖРД (с электрозапуском). 15 мая Яковлев пригласил специалиста КБ-16 для консультации. Приехал сам Глушко, посмотрел запуск РД-1 на земле и разрешил полеты. Е.Г Адлер вспоминает: «На наш вопрос: «Что же произошло у Лавочкина?", он (Глушко. – Авт.) бодро ответил там у них был тощий факел, у вас – нормальный". Хотя Адлер не был удовлетворен таким ответом, полетный лист Расторгуеву он подписал. Но сам поехал к Яковлеву с намерением добиться прекращения испытаний ввиду их небезопасности и явной бесперспективности, ведь боевая ценность самолета, который мог выполнить всего одну атаку, была невысока. Пока он спорил с Главным конструктором, зазвенел телефон. Яковлев взял трубку Звонили с ЛИСа: в полете произошла авария топливной системы ЖРД, и при попытке его запуска в камере сгорания произошел взрыв. Расторгуев посадил самолет с оторванной левой половиной руля высоты. Всего на Як-3РД удалось выполнить 21 полет продолжительностью 7 ч 11 мини предпринять 8 попыток включения РД-1 в воздухе.