И все же в сентябре 1946 г. был подготовлен проект Постановления Совмина, удовлетворявший ВВС и предусматривавший продление срока службы Як-3 до трех лет и изготовление ремкомплектов крыльев. При этом Министерство Вооруженных сил обязывалось «выделять ВВС ежемесячно для питания рабочих в частях ВВС на работах по восстановлению прочности деревянных самолетов истребителей 2500 продпайков по норме № 2, из них 1000 для оккупационных армий», а ВВС разрешалось досрочно списывать самолеты, на которых были выявлены дефекты.
Тем не менее, в послевоенные годы Як-3 оставался важной частью советской истребительной авиации ВВС и нарождающихся Войск Противовоздушной Обороны. Ситуация не изменилась даже с освоением в серии новых цельнометаллических истребителей с увеличенной дальностью, более мощным вооружением и лучшим навигационным оборудованием: Як-9П, Ла-9 и Ла-11 Например, истребители Як-3 эксплуатировала вплоть до перевооружения на МиГ-15 охранявшая дальневосточные рубежи 149-я ИАД
Скоростные качества Як-3 хотели использовать при испытаниях самолетов-снарядов «10Х». При опытных пусках эти не отличавшиеся точностью аналоги немецких ФАУ-1 нуждались в сопровождении, так как часто падали за пределами «паспортного» кругового вероятного отклонения в 10 км. Як-3 в принципе могли лететь на той же высоте и скорости, что и «10Х» первого варианта, но слабое навигационное оборудование затрудняло их использование на полигоне «Харабалинская» у Астрахани. А когда испытания перенесли в Голодную Степь на Балхаше, где в случае «блудежки» вполне можно было погибнуть, от дальнейшего использования не оборудованных радиокомпасами самолетов со слабой рацией и недостаточным запасом бензина отказались – их заменили на Як-9М, а затем на Ла-11.
Самолеты Як-3 сыграли важную роль и в подготовке послевоенного поколения летчиков-истребителей. В то время произошли существенные изменения в системе обучения курсантов: в летных училищах осваивали только пилотирование и азы навигации, а боевое применение, воздушный бой и стрельбу давали в специально созданных учебных центрах. Там был нужен простой, надежный, безопасный и в то же время недорогой в эксплуатации истребитель. Во многих центрах такой машиной стал Як-3. С него вчерашние курсанты уверенно пересаживались в кабины Ла-9, Ла-11, а затем и «потомков» Як-3 – самолетов Як-17 и реактивных «МиГов». По требованию летчиков-фронтовиков, направленных учиться перед поступлением на командные должности, в Монино была также сформирована специальная эскадрилья для поддержания летных навыков слушателей Военно-воздушной академии, и первыми самолетами в ней также были Як-3. на которых летали такие асы, как Кожедуб. Покрышкин, Лавриненков и другие.
Наконец, согласно приказу по МАП № 597 от 02.09.1946 г. несколько десятков Як-3 переоборудовали в буксировщики воздушных мишеней для тренировки летчиков-истребителей и зенитчиков.
В 1950 г. резко усилилась напряженность на границе с Ираном Хотя Советский Союз еще в 1946 г заявил, что бс -=jje не имеет никаких территориальных претензий к этой стране и не поддерживает движение сепаратистов в ее северных районах, шах Ирана согласился на размещение у себя иностранных военных баз. в том числе и боевой авиации. Американские самолеты теперь дислоцировались еще у одной советской границы, и было решено сформировать на территории Туркестанского военного округа 38-ю ИАД ПВО. Два ее полка, 156-й и 188-й, при формировании получили самолеты МиГ-15бис, однако новой техники не хватало (в Европе, в Турции и Японии появились американские стратегические бомбардировщики, шла война в Корее), и третий полк. 152-й ИАП ПВО, пришлось укомплектовать Як-3. Приказ о создании полка вышел 23 декабря 1950 г., 13 января 1951-го началось его формирование в Самарканде, а к 29 июля 1952 г. все самолеты Як-3 полка перелетели на аэродром Ак-Тепе (Ашхабадская область Туркменской ССР).
Вскоре и этот полк распрощался с «реликвией военного времени». У южных границ появились реактивные истребители, разведчики. а затем и стратегические бомбардировщики ВВС НАТО, на которые пилоты поршневых «Яков» даже посмотреть успевали не всегда. Среднеазиатское направление приобрело стратегическое значение, и вскоре 152-й ИАП получил реактивные истребители – 38-я дивизия, в которую он входил, в числе первых осваивала МиГ-17, а военная служба Як-3 заканчивалась.