19 сентября появился последний приказ, подписанный Барановым как вр.и.о. инспектора гетманской авиации. А вскоре в приказе по Воздушному флоту № 72 было объявлено следующее: «Т.в.о. Інспектора Авіації Української Держави, Інспектор Авіації Київського района Військовий Льотник, Полковник БАРАНОВ, в виду його хвороби і прохання, усовується зовсім з занимаемої посади з 22-го сього вересня [сентября, – В.М.]. Підстава: Рапорт Полковника Баранова від 22 вересня 1918 р. під ч. 2516». «Болезнь» оказалась необходимым поводом – Баранов навсегда покинул службу в украинской армии и незамедлительно выехал на Дон, где его уже давно ждали с распростертыми объятиями. 9 октября бывший главком украинской авиации принял командование двухотрядным Донским самолетным дивизионом с управлением в Новочеркасске. К слову, «заболевшие» среди офицеров гетманского Воздушного флота стали появляться уже с конца лета (Виктор Федоров, Анатолий Вальницкий, Гранковский, Гинейко и др.). То ли погода разладилась, то ли эпидемии начались… Как правило, эти «болезные» господа вскоре вполне здоровыми появлялись на службе в белогвардейских вооруженных формированиях.
По словам Билона, уже в августе бросалось в глаза, что «мільйо- нове авіяційне майно тане «як віск на вогні». Ми відчували, що щось робиться недобре, і пізніше довідались, що наші начальники з наказу гетьмана відправляють наші літаки і літунів на Дон до Денікіна. Все менше і менше бачимо літунів, зменшується рух у штабі, зменшується в штабі склад старшин…». Современный украинский историк Андрей Харук в книге «Крила України: Військово-повітряні сили України 1917-1920 pp.» (К.: Темпора, 2009) написал без обиняков: Баранов и К' встали на путь прямого предательства.
Сам Баранов впоследствии утверждал, что бежал на Дон вместе с отправкой второго состава (2 августа), якобы спасаясь от ареста украинскими властями, раскрывшими его тайную деятельность. Как видим, документы полностью опровергают эту версию.
Какие же причины побудили Баранова выехать на Дон? Их могло быть несколько. Во-первых, принадлежность к казачьему сословию и естественное желание помочь землякам в нелегкий час. Тем более, что на командных должностях в артиллерии Донской армии (так назывались вооруженные силы ВВД) уже служил его брат Дмитрий, да и родная станица Барановых Луганская после определения украинско-донской границы закрепилась за ВВД. Во-вторых, на Дону была возможность воевать с большевиками, которых Баранов искренне ненавидел. Гетманская же Украина официально находилась в состоянии перемирия с РСФСР В-третьих, Баранова, как и многих бывших офицеров российской армии, могло угнетать слишком зависимое положение тогдашней Украины от вчерашних врагов – немцев.
На Дону карьера Баранова пусть и не молниеносно, но пошла в гору. 7 января 1919 г. он получил звание полковника, в марте стал временно исполняющим обязанности инспектора авиации Донской армии, которая к тому времени вошла в состав белогвардейских Вооруженных Сил на Юге России под командованием генерала Антона Деникина. 10 мая Баранов был утвержден в должности начальника донской авиации. Таким образом, он успел побывать главкомом авиации трех государственных образований – Украинской Народной Республики, Украинской Державы и Всевеликого Войска Донского, что само по себе является довольно необычным фактом.
Благодаря усилиям Баранова на Дону начала действовать школа авиационных мотористов, была улучшена работа Донского авиапарка, авиация ВВД сведена в два самолетных дивизиона по три отряда в каждом. Казачья авиация стала действенным средством в воине с большевиками. Только в течение первых трех месяцев 1919 г донские летчики, несмотря на отвратительную погоду, совершили 186 вылетов на разведку общей продолжительностью 324 час. Следует отметить важную роль Баранова в организации воздушного моста» с антибольшевистскими повстанцами на Веркне на Дону в апреле-мае 1919 г. Не в последнюю очередь благодаря этой помощи они смогли успешно бороться с противником и продержались до широкомасштабного наступления белых на Юге России 18-21 мая донские авиаторы совместно с кубанскими коллегами - участвовали в операции под станицей Великокняжеская на р. Маин (сейчас г. Пролетарск Ростовской области). Они удачно отбомбились по коннице Бориса Думенко и Семена Буденного, артиллерийским батареям, обозам, бронепоезду и штабу, что привело дальнейшему разгрому 10-й армии большевиков и открыло для белогвардейцев путь к Царицыну (ныне Волгоград).