Выпуск «МиГов» постоянно рос. На середину июня НКАП должен был поставлять в войска ежесуточно 48 самолетов всех типов, в том числе: 15 МиГ-3, 10 ЛаГГ-3 и 4 Як-1. Такая расстановка приоритетов отвечала пожеланиям заказчика. Предполагалось, что ход будущей воздушной войне зададут бомбардировщики, которые будут действовать с больших высот, и там МиГ-3 покажет свои лучшие качества. Испытания в НИИ ВВС немецких самолетов Не 111Н, Do 215 и Ju 88А показали, что МиГ-3 способен их настичь и атаковать на любой высоте не только при заблаговременном оповещении и перехвате на встречных курсах, но и взлетая уже по видимой с аэродрома цели, когда ему приходилось ее догонять.
А вот огневая мощь для борьбы с бомбардировщиками была явно недостаточной. Командование ВВС требовало усилить вооружение МиГ-3 и обеспечить применение в ночное время. 5 марта 1941 г. на Госиспытания был представлен МиГ-3 с двумя облегченными пулеметами УБ-12,7. Но испытаний он не выдержал, и Микояну было поручено продолжать работу по установке на истребитель пушек. Не соответствовало требованиям времени и оборудование МиГ-3. Несмотря на многочисленные решения, они выпускались без радиополукомпасов, многие вовсе не имели радио. В некоторых полках экипажи самовольно снимали радиостанции, мотивируя плохой слышимостью, хотя они их даже не-проверяли.
Завод № 1 наращивал темп производства. Так, если в марте 1941 г. сдали 481 машину, то в июне 1289, почти втрое перекрыв план. В основном «МиГи» поступали на вооружение истребительных авиаполков западных военных округов. Однако и некоторые авиачасти, дислоцированные на востоке СССР, тоже получили их. Например, в Забайкальском ВО переучивание на новую технику начал 34-й ИАП, базировавшийся в Чите.
Освоение самолета строевыми летчиками шло непросто. В «предвоенном поколении» МиГ-3 оказался самым строгим в пилотировании и самым ненадежным. Это тормозило освоение машины, которая была куда сложнее своих предшественников и в наземной эксплуатации. К тому же «наученные» недавними репрессиями многие строевые начальники перестраховывались, стараясь избежать лишних проблем. Так, в апреле 1941 г. первые «МиГи» поступили в 20-ю САД, но более месяца обучение летчиков дивизии на них не проводилось. Командир соединения Осипенко мотивировал это аварийностью, и только когда к нему направили летчика-испытателя НИИ ВВС П.М. Стефановского, начал переучивание своих пилотов.
Но и поспешность при освоении МиГ-3 ни к чему хорошему не вела. Например, в 31-м ИАП Прибалтийского ОВО на 22 июня 1941 г. из 52-х полученных МиГ-3 в ремонте находились 24 и большинство – из-за аварий и поломок. Особенно трудно давался МиГ-3 тем, кто ранее летал только на идеально устойчивом И-153.
Промышленность оперативно реагировала на замечания военных. Буквально каждый день какие-то доработки внедрялись в серию без снижения темпов выпуска. Но такие изменения, как установка предкрылка и вооружения в крыле, изменение площадей стабилизатора и руля высоты, требовали большого времени на переделку оснастки и других технологических приспособлений. А времени уже не оставалось – близился роковой рассвет 22 июня 1941 года…
Летом 1941 г. в приграничных округах новых боевых самолетов было немногим более 20%. Самым массовым из них стал истребитель Микояна и Гуревича, что видно из приведенной таблицы.
| Дивизия, полк | Аэродром базирования | Типы с-тов | Кол-во с-тов |
| Одесский ВО на 01.06.41 г. | |||
| 4 ИАП | Кишинев Григориополь | МиГ-3/И-16, И-153 | 60/71 |
| 55 ИАП | Бельцы Маяки Семеновка | МиГ-3/И-16, И-153 | 62/54 |
| 69 ИАП | Одесса | МиГ-3/И-16 | 5/70 |
| 131 ИАП | Кривой Рог Новополтавка | МиГ-3/И-16 | 5/67 |
| 146 отд. ИАП | Теплица Тарутино | МиГ-3/И-16 | 57/20 |
| Всего с-тов в ВВС ОдВО | Всех типов | 962 | |
| Новых типов | 245 (25,5%) | ||
| МиГ-3 | 189(19,6%) | ||
| Киевский особый ВО на 22.06.41 г. | |||
| 15 САД | Львов | МиГ-3 (в упр. див.) | 1 |
| 23 ИАП | Львов Адамы | МиГ-3/И-16, И-153, И-15бис | 48/18 |
| 28 ИАП | Львов Чунев | МиГ-3/И-16 | 48/12 |
| 87 ИАП | Тарнополь Бухач | МиГ-3/И-16 | 4/60 |
| 149 ИАП | Черновцы | МиГ-3/И-16 | 56/13 |
| 247 ИАП | (запад УССР) | МиГ-3/И-153 | 1/48 |
| Всего с-тов в ВВС КОВО | Всех типов | 1884 | |
| Новых типов | 455 (24,1%) | ||
| МиГ-3 | 158 (8,4%) | ||
| Западный особый ВО | |||
| 9 САД | Белосток | МиГ-3 (в упр. див.) | 1 |
| 41 ИАП | Белосток Себурчин | МиГ-1, МиГ-3/И-16, И-15бис | 56/22 |
| 124 ИАП | Белосток Высоке-Мазовецк | МиГ-3/И-16 | 70/29 |
| 126 ИАП | Бельск Долубово | МиГ-3/И-16 | 50/23 |
| 129 ИАП | Заблудово Тарново | МиГ-3/И-153 | 61/57 |
| Всего с-тов в ВВС ЗапОВО | Всех типов | 1658 | |
| Новых типов | 470 (28,3%) | ||
| МиГ-3 | 238 (14,4%) | ||
| Прибалтийский особый ВО на 01.06.41 г. | |||
| 10 ИАП | Шавли | МиГ-3/И-16 | 23/36 |
| 15 ИАП | Ковно | МиГ-3/И-15, И-15бис | 62/62 |
| 31 ИАП | Ковно Алитус | МиГ-1, МиГ-3/И-16, И-15бис/СБ | 54/32/1 |
| Всего с-тов в ВВС ПрибОВО | Всех типов | 1124 | |
| Новых типов | 156(13,9%) | ||
| МиГ-3 | 139(12,4%) | ||
| Ленинградский ВО и 7 ИАК ПВО | |||
| 2 САД (полков на МиГ-3 нет) | Старая Русса | МиГ-3 (в упр. див.) | 1 |
| 159 ИАП | Гривочки | МиГ-3/И-16 | 58/15 |
| 153 ИАП | Петрозаводск Кексгольм | МиГ-3/И-153 | 45/66 |
| Всего с-тов в ВВС ЛенВО | Всех типов | 1288 | |
| Новых типов | 143 (11,1%) | ||
| МиГ-3 | 104 (8,1%) | ||