С 2001 г. авиабазу Манас используют страны НАТО, в том числе США, Испания и Франция. Через нее ежемесячно проходят около 15000 военнослужащих и 500 т грузов. В разное время здесь дислоцировались F-15E, F/A-18D, F-16, Mirage 2000. Начиная с 2009 г., власти Кыргызстана неоднократно заявляли о намерениях не продлевать срок аренды базы, через которую ведется снабжение воюющих в Афганистане западных войск. Однако в ходе различных переговоров американцы нашли убедительные аргументы в свою пользу, например, согласились поднять арендную плату почти в 3 раза (до 63 млн. USD в год) и модернизировать аэродром. В результате он продолжает действовать до сих пор, но уже в качестве Центра транзитных перевозок в международном аэропорту Манас, срок его аренды в очередной раз продлен, а если расформирование базы и состоится, то не раньше 2014 г.
На территории Таджикистана во времена СССР дислоцировался 23-й ОАП Погранвойск (Душанбе и Хорог, Ми-8, Ми-24, Ми-26 и Ан-26), а в Гиссаре (аэродром Айни) располагался АРЗ, ремонтировавший L-29, L-39, Ми-8 и Ми-24. После распада Союза Таджикистану практически ничего не досталось из военных летательных аппаратов, т.к. 23-й полк остался в российском подчинении и стал обеспечивать находившуюся в стране группу Погранвойск РФ (позднее ФПС РФ). Кроме того, на территории Таджикистана находилась российская 201-я мотострелковая дивизия, которой была придана 303-я ОВЭ, включавшая 12 Ми-8 и Ми-24.
1* Организация Договора о коллективной безопасности, в которую входят: Армения, Беларусь, Казахстан, Кыргызстан, Россия, Таджикистан и Узбекистан.
2* В его коллекции около 30 летающих МиГ-21, МиГ-29, L-39, L-59. Еще около десятка машин находится на реставрации.
Ми-8МТ Погранслужбы Туркменистана
Пара кыргызских Ми-8МТ на праздновании Дня Воздушного флота. Бишкек, 2011 г.
Тем временем в стране усиливалось вооруженное противостояние правительственных войск и формирований оппозиции. Не располагая собственной авиацией, правительству пришлось обращаться за помощью к соседнему Узбекистану. В начале 1993 г. резко обострилась обстановка и на таджикско-афганской границе. После того, как 13 июля в ходе неравного боя погибли 25 российских пограничников, на территорию Узбекистана (аэродром Какайды) перебросили российский 186-й ШАП, штурмовики которого совместно с вертолетами пограничной авиации уничтожили основные силы боевиков. Со временем «Грачей» перебазировали в Душанбе, где организовали 670-ю авиагруппу ВВС РФ (5 Су-25). В 1995 г. на аэродроме Московский сформировали вертолетную эскадрилью ФПС РФ. В 1997- 99 гг. в Таджикистане находились и российские миротворцы, в распоряжении которых были 19 вертолетов, 7 Су-27, 1 Ан-30 и 1 Ан-26.
Параллельно при содействии России Таджикистан создавал собственные ВВС. На начало 1994 г. они располагали десятью Ми-8 и пятью Ми-24. В последующие три года от огня боевиков таджики потеряли Ми-8 и Ми-24. Была сбита и российская «восьмерка».
После относительной стабилизации обстановки и подписания мирного соглашения с оппозицией Россия стала сокращать свое военное присутствие в Таджикистане. Так, в 1998 г. сократили эскадрилью в Московском, а в ноябре 2005 г. 23-й авиаполк перебазировали в Новосибирск.
В 2006-07 гг. Россия безвозмездно передала Таджикистану 2 Ми-24, 4 Ми-8 и 4 L-39. В дальнейшем были поставлены еще 6-7 Ми-8. В настоящее время эксплуатация самолетов прекращена, а сами L-39 поставлены на хранение в нелетном состоянии. Парк авиатехники объединенных ВВС и ПВО Таджикистана на начало 2012 г. приведен в таблице. В подразделениях этого вида Вооруженных сил проходят службу около 1000 человек. Подготовка летного состава осуществляется, в основном, в России .
| Силовая структура | ЛА | Аэродром | |
| тип | кол-во | ||
| ВВС и ПВО | Ми-24 | 4 | Душанбе, Худжанд |
| Ми-8 | 12 | ||
| МВД | Ми-24 | 2-5 | |
| Ми-8 | 2 | ||
| Погранвойска | Ми-24 | 2 | |
| Ми-8 | 2 | ||
| Нацгвардия | Ми-8 | 2-3 | |
Российские военные передают L-39 представителям МО Таджикистана. 25 июля 2007 г.
Один Ми-8 Национальной гвардии разбился в 2010 г. во время проведения операции по зачистке группы боевиков. В феврале 2012 г. в Афганистане таджикские ВВС и ПВО потеряли Ми-8, входивший в состав международных сил содействия безопасности.
В этом году на просторах интернета появилось интересное фото Ан-26 ВВС Таджикистана, сделанное в феврале 2012 г. на аэродроме Минск-1. Эту машину (сер. № 59-10) во времена СССР эксплуатировали в Туркменском УГА. Затем она до 2001 г. летала в авиакомпании Turkmenistan AI, после чего была отправлена на хранение, а с 2008 г. выставлена на продажу. Вероятно, недавно самолет купили таджикские военные. Правда, большое удивление вызывает камерунская регистрация этой машины.
Интерес представляет ситуация с аэродромом Айни. В его модернизацию Индия вложила около 20 млн. USD, рассчитывая арендовать эту базу и разместить там, в тылу у Пакистана, свои МиГ-29. Претендовали на авиабазу также США, Франция и Россия. Именно последней, также вложившей немалые средства в модернизацию аэродрома, пока он и достался. По одним данным, там до сих пор находится 303-я ОВЭ, в которой насчитывается 4 Ми-8 и 6 Ми-24. По другим, ее вывели в 2010 г.
В последний год существования СССР на территории Казахстана размещалась одна из самых крупных авиационных группировок в пока еще единой стране. Она включала 20 авиационных и вертолетных полков, в т.ч. два «стратегических» ТБАП (Семипалатинск-2 (Долон), Ту-95МС), отдельный авиаполк Погранвойск, два полка авиации Космических войск, три смешанных полка испытательных структур, два учебных центра, а также 15 отдельных авиационных и вертолетных эскадрилий. На его территории находилась и авиация, обеспечивающая деятельность четырех испытательных полигонов: Байконур, Сарышаган, Семипалатинск, Эмба.
Казахстан принял декларацию о независимости последним из всех союзных республик – 16 декабря 1991 г. В этой стране очень многие, включая политиков, долго верили, что СССР удастся сохранить в том или ином виде. По воспоминаниям авиаторов, они до последнего считали, что удастся сберечь и общие Вооруженные силы. Но случилось то, что случилось, и 7 мая 1992 г. был подписан указ о создании ВС Республики Казахстан.