В авиации Космических войск также произошли значительные сокращения. От «союзных» трех полков и 9 отдельных эскадрилий остались всего 4 эскадрильи. С 2010 г. их передали в подчинение ВВС. Аналогичная судьба постигла авиацию Ракетных войск стратегического назначения. После серии сокращений в ней осталось 18 отдельных эскадрилий, в т.ч. 10 вертолетных, которые в апреле 2011 г. переподчинили ВВС.
Кроме Минобороны, в России авиацией располагают и другие силовые ведомства: ФСБ, МВД, МЧС, Федеральная таможенная служба.
Через два года после распада СССР российские Погранвойска преобразовали в Федеральную погранслужбу (ФПС). В ее авиации также происходили структурные изменения, включая ликвидацию одних подразделений и создание других. Например, в Геленджике, Каспийске, Моздоке сформировали новые ОАЭ, а в Йошкар-Оле на базе эскадрильи развернули 1 -й отдельный тяжелый транспортный полк (ОТТАП).
С 2004 г. авиацию ФПС передали в подчинение ФСБ, которая уже имела собственную эскадрилью, созданную в 1999 г. во Внуково (Ту-154, Ми-8, Ан-72). С 2005 г. в авиацию ФПС начались поставки вертолетов Ка-226 (пока известно о четырех машинах), а с 2007 г. – легких самолетов СМ-92Т. Для ФПС разработана и специальная модификация Ка-32 – Ка-32А7.
По состоянию на начало 2012 г. в распоряжении ФСБ находилось около 130 ЛА, входивших в состав 11 объединенных авиаотрядов, одного ОТТАП и двух авиагрупп (Калининград и Кызыл).
Солидным авиапарком располагает и МВД России. По состоянию на начало 2012 г. в состав авиации Внутренних войск входили 4 отдельных смешанных полка особого назначения (ОСАП ОН) и 10 отдельных эскадрилий, в которых насчитывалось около 150 ЛА.
Кроме того, МВД располагает двадцатью отдельными авиаотрядами спецназначения (ОАОСН), которые замыкаются по территориальному признаку на МВД субъектов федерации и областные ГУВД.Первый из них создан в ноябре 1996г. Предусматривается формирование еще 5 подобных отрядов, втом числе вХабаровске, Магадане, Архангельске. В их составе, кроме 50-60 самолетов и вертолетов, также используются дирижабли, аэростаты и БПЛА. Специально для МВД разработана патрульная версия Ка-32 – Ка-32А2. В 2011 г. был создан Центр специального назначения сил оперативного реагирования и авиации МВД России.
Всего в составе «малых авиаций» имеется около 340 ЛА: 2 Ан-12, 37 Ан-26, 1 Ан-30, 22 Ан-72, 1 Ан-74, 12 Ил-76, 7 Ту-134, 5 Ту-154, 2 Як-40, 4 СМ-92Т, 2 L-410, а также 7 Ка-27ПС, 3 Ка-32, 14 Ка-226, 1 Ми-2, 11 Ми-24, 3 Ми-34, 178 Ми-8, 19 Ми-26, 2 «Ансата», 2 AS.355 и 4 R-44.
В 2002 г., после выхода соответствующего постановления Правительства РФ, официально приступила к выполнению своих обязанностей авиация Федеральной таможенной службы России, хотя ее формирование было начато еще в 1992 г. По состоянию на начало 2012 г. в ее составе находилось 11 вертолетов Ми-8 и 2 Ка-32, которые используются в семи региональных таможенных управлениях и двух таможнях.
В 1994 г. в составе МЧС России сформировали государственное унитарное предприятие, в состав которого первоначально вошли 5 Ил-76ТД, 2 Ан-74, по одному Як-42 и Ил-62. По состоянию на начало 2012 г. в авиации МЧС находилось уже более 60 ЛА: 20 самолетов (1 Ил-62, 2 Як-42, 6 Ил-76, 2 Ан-74, 3 Ан-ЗТ, 6 Бе-200ЧС) и более 40 вертолетов (25 Ми-8, 7 Ми-26, 5 Ка-32, 3 Во.105, 1 ВК-117). Для МЧС в 1994 г. разработали пожарную модификацию Ка-32 – Ка-32А1. В ближайшее время планируется закупить еще 7 Бе-200ЧС, а также 2 Ан-148. Эта техника, прежде всего, используется при ликвидациях последствий стихийных бедствий и техногенных катастроф, а также для эвакуации граждан РФ из зон вооруженных конфликтов.
Ан-72П из состава авиации ФПС России
| Название | Аэродром | Тип ЛА |
| ОАО СН | Шереметьево,Внуково | Ту-154/134, Ан-72/74, Ми-8, СМ-92Т Ка-226 |
| 1 ОТТАП | Йошкар-Ола | Ил-76, Ан-72/26, Ми-26/8, «Ансат», Ка-226 |
| 1 ОАО | Петрозаводск | Ан-26, Ка-27ПС, Ка-32ПС, Ми-8 |
| 2 ОАО | Ставрополь, Геленджик, Сочи, Каспийск, Махачкала | Ан-26/72, Ка-27ПС, Ка-32ПС, Ми-8/24 |
| 3 ОАО | Новосибирск | Ан-26, Ми-8 |
| 4 ОАО | Челябинск | Ан-26, Ми-8 |
| 5 ОАО | Елизово, Магадан, Бухта Провидения | Ан-26, Ан-72, Ми-26, Ка-27ПС, Ми-8 |
| 6 ОАО | Южно-Сахалинск,Южно-Курильск | Ан-26, Ан-72, Ми-8 |
| 7 ОАО | Владивосток | Ан-26, Ка-27ПС, Ка-32ПС, Ми-8 |
| 8 ОАО | Хабаровск | Ан-26, Ми-8 |
| 9 ОАО | Чита | Ан-26, Ми-8 |
| ОААО | Воркута, Тикси, Мурманск, Черский, Хатанга | Ан-26, Ми-26, Ми-8 |
| АГ | Калининград | Ан-26, Ми-8 |
| АГ | Кызыл | Ан-26, Ми-8 |
| Название | Аэродоом | Тип ЛА |
| 675 ОСАПОН | Нижний Новгород | Ил-76, Ми-8 |
| 70 ОСАПОН | Ермолино | Ил-76, Ан-12, Ан-26, Ми-8, Ан-30 |
| 685 ОСАП | Ростов-на-Дону | Ан-26, Ми-26, Ми-8, Ми-24 |
| 142 ОСАП | Моздок | Ми-26, Ми-8, Ми-24 |
| 1 ОАЭ | Хабаровск | Ан-26, Ми-8 |
| 3 ОАЭ | Новая Деревня | Ми-8 |
| 6 ОАЭ | Коаснодар | Ми-8 |
| 7 ОАЭ | Горелово | Ми-8 |
| 8 ОАЭ | Энгельс | Ми-8 |
| 9 ОАЭ | Екатеринбург | Ми-26, Ми-8 |
| 10 ОАЭ | Новосибирск | Ми-26, Ми-8, Ан-26 |
| 11 ОАЭ | Воронеж | Ми-8 |
| 12 ОАЭ | Иркутск | Ми-8 |
| 859? АО СН | Чкаловский | Ан-72, Ту-134, Ту-154, Як-40, Ми-8 |
ОСАПОН — отдельный смешанный авиационный полк особого назначения, Авиационный отряд специального назначения
| Название | Аэродром | Тип ЛА |
| АОСН | Москва | Як-40, Ка-226, AS.355, Ми-34/8, дирижабли, аэростаты |
| АОСН | Санкт-Петербург | Ка-226 |
| АОСН | Казань | Ка-226, R-44, Ми-8, L-410 |
| АО СН | Краснодар | Ка-226 |
| АО СН | Волгоград | Ка-226 |
| АОСН | Воронеж | Ка-226 |
| АОСН | Уфа | Ка-226 |
| АО СН | Нальчик | Ка-226, Ми-8 |
| АО СН | Новосибирск | Ми-8 |
| АО СН | Якутск | Ми-8 |
| АО СН | Кемерово | Ми-8, L-410 |
| АОСН | Омск | Ми-8 |
| АОСН | Самара | Ми-8 |
| АОСН | Петропавловск-Камчатский | Ми-8, Ми-2 |
| АОСН | Пермь | Ми-8 |
| АОСН | Ростов-на-Дону | Ми-8 |
| АОСН | Барнаул | Ми-8 |
| АОСН | Красноярск | Ми-8, Ка-226 |
| АОСН | Ленинск | R-44 |