Интенсивная боевая работа I/KG 40 сопровождалась не только громкими успехами, но и чувствительными потерями. 20 августа 1940 г. зенитки одного из торговых судов подбили «Кондор», совершавший полет на метеоразведку над Ирландским морем. Поврежденная машина разбилась при вынужденной посадке у Клогейна на территории Ирландии, а ее экипаж был интернирован.
Даже при возвращении авиаторов подстерегали опасности. Так, 31 августа FW 20 °C-2 разбился при посадке из-за отказа тормозов, а 21 сентября в аналогичной ситуации получила серьезные повреждения другая машина. 8 октября «Кондор» был сбит собственными зенитчиками у Бреста.
Не дремал и противник. Еще в мае 1940 г. британцам удалось сломать радиокод люфтваффе, что позволило им (пусть и с некоторым опозданием) расшифровывать радиообмен между «Кондорами» и наземными базами. Первой реакцией на информацию о появлении западнее Англии новых самолетов-разведчиков стала переброска на аэродромы Северной Ирландии четырех эскадрилий тяжелых истребителей. Кроме того, было принято решение о возможно более быстрой установке зениток на все торговые суда и о преодолении ими опасных районов на подходах к Ирландскому морю исключительно в темное время суток.
Оборонительными мероприятиями дело не ограничивалось: в ночь с 22 на 23 ноября 1940 г. 32 бомбардировщика Королевских ВВС нанесли удар по Мериньяку, в результате которого были уничтожены два «Кондора» (в т. ч. один из первых полученных I/KG 40 самолетов модификации FW20 °C-3). В дальнейшем такие налеты повторялись с большими перерывами и с минимальными успехами. В начале 1941 г. даже рассматривалась возможность организации рейда коммандос на аэродром Мериньяк с использованием в качестве «троянского коня» бывшего датского FW 200А. Однако реализации этот рискованный и по сути самоубийственный план так и не дождался.
Опираясь на опыт применения судов- ловушек против немецких субмарин, британцы попытались применить подобный прием и против «Кондоров». Пароход «Криспин» переоборудовали в замаскированное судно ПВО, снабдив его десятком зениток и отправив патрулировать наиболее угрожаемые акватории. Предполагалось, что «Кондор», соблазнившись легкой добычей, попытается атаковать судно и попадет под массированный зенитный огонь. Однако «Криспин» так и не успел уничтожить хотя бы один самолет до того, как 3 февраля 1941 г. был потоплен подлодкой U107.
Британские истребители достаточно долго не представляли серьезной угрозы для «Кондоров», совершавших полеты в режиме радиомолчания и вне зоны действия британских радаров. Лишь 30 ноября 1940 г. пара Blenheim IVF из 236-й эскадрильи перехватила FW 20 °C. Но не успели британцы выйти на дистанцию открытия огня (а «Бленхеймы» вооружались лишь пулеметами винтовочного калибра), как «Кондор» скрылся в облаках.
Еще одной попыткой противодействия немецкой авиации дальнего действия стало направление в декабре 1940 г. в опасные районы бывшей плавбазы гидросамолетов «Пегасус», снабженной катапультой и тремя истребителями Fulmar. 11 января 1941 г. с нее подняли один истребитель для перехвата FW 20 °C, но тот благополучно ушел, успев отправить на дно пароход «Бичи» (1600 брт) из состава конвоя HG 49.
Таким образом, отсутствие у британцев эффективных средств борьбы с самолетами дальнего действия позволяло группе I/KG 40 методично увеличивать свой боевой счет: за период с 15 ноября до 31 декабря 1940 г. ее экипажи потопили 6 гражданских судов общим тоннажем 30477 брт и один военный транспорт, а также повредили еще 6 судов (25708 брт). При этом следует учитывать, что группа I/KG 40 в среднем ежедневно располагала лишь двумя боеготовыми FW20 °C.
Техническое обслуживание двигателей «Кондора» группы I/KG 40. Лето 1941 г.
«Кондор», сожженный собственным экипажем после вынужденной посадки на территории Португалии. 9 февраля 1941 г.
6 января 1941 г. командование немецких ВМС добилось долгожданного успеха, убедив Гитлера подчинить в оперативном отношении группу I/KG 40 командующему подводными лодками адмиралу Карлу Деницу (Karl Donitz). Но на способах боевого применения FW 20 °C это поначалу не отобразилось — самолеты продолжали атаковать конвои. 16 января крупного успеха добился обер-лейтенант Йопе: в ходе налета на конвой ОВ 274 около 13.00 он потопил сразу два судна — греческий пароход «Меандрос» (4851 брт) и голландский танкер «Оноба» (6256 брт). В общей сложности за первый месяц 1941 г. самолеты I/KG 40 потопили 15 судов (63175 брт), повредив еще три (11593 брт). Собственные потери свелись к двум машинам: 10 января пулеметным огнем с морского буксира «Симен» был сбит самолет обер- лейтенанта Бурмейстера (Burmeister), а 29-го — не вернулась из боевого вылета машина обер-лейтенанта Винтера (Winter). Если во втором случае все авиаторы погибли, то из шести членов экипажа первой машины трем удалось спастись. Они оказались первыми членами экипажей «Кондоров», попавшими в английский плен. Их допросы, а также захваченные в сбитом самолете документы (в т. ч. летные книжки) дали британцам бесценную информацию о группе I/KG 40 и тактике применения FW200.
Пока экипажи «Кондоров» занимались обычной боевой работой, в среде высшего военного руководства Германии развернулась настоящая война за контроль над I/KG 40. 7 февраля 1941 г. рейхсмаршал Герман Геринг (Hermann Goring) потребовал от Деница вернуть группу под контроль люфтваффе, мотивируя свое требование известным аргументом: «Все, что летает — мое!» Кроме того, Геринг требовал прекращения полетов FW 20 °C западнее 25 градуса, поскольку дальше «Кондоры» не могли нести бомбовую нагрузку, a I/KG 40 являлась, по мнению рейхсмаршала, прежде всего бомбардировочной частью. Четыре дня спустя Герингуудалось добиться своего. По приказу Гитлера I/KG 40 подчинили 3-му воздушному флоту, точнее — созданному в его составе штабу командующего авиацией Атлантики (Fliegerfuhrer Atlantik), который возглавил оберст-лейтенант Мартин Гарлингхаузен (Martin Harlinghausen). В то время I/KG 40 насчитывала 29 самолетов FW20 °C.
В феврале 1941 г. экипажи I/KG 40 добились еще более впечатляющих успехов, потопив 22 судна (84515 брт) и повредив 14 (70747 брт). В том же месяце, несмотря на возвращение группы в ведение люфтваффе, впервые удалось организовать наведение «волчьей стаи» субмарин на обнаруженный «Кондором» конвой. 22 февраля пять подлодок по наводке авиации нанесли удар по конвою ОВ 288, потопив 9 судов (42282 брт). Все эти успехи были достигнуты ценой минимальных потерь — группа лишилась двух FW20 °C-3.
С марта 1941 г. ситуация на океанских коммуникациях начала кардинально меняться. На судах противника были существенно усилены зенитные средства, практически прекращено следование их поодиночке — только в составе конвоев, что делало транспорты менее уязвимыми от атаки с воздуха даже при отсутствии кораблей эскорта. В течение трех весенних месяцев «Кондоры» отправили на дно 16 судов (90371 брт). В марте самолеты I/KG 40 выполнили 55 боевых вылетов, потеряв одну машину, разбившуюся 18 марта у Бреста. А вот в апреле потери резко возросли — из боевых вылетов не вернулись четыре FW 20 °C, причем три из них погибли последовательно в течение трехдней- 16,17и 18апреля. Кроме того, еще два «Кондора» уничтожили на аэродроме Бордо-Мериньяк британские «бомберы». Правда, и активность I/KG 40 была выше — в апреле ее экипажи выполнили 74 боевых вылета. Одна машина погибла в следующем месяце — 19 мая кавалер Рыцарского креста обер-лейтенант Ганс Бухгольц (Hans Buchholz) пытался атаковать транспорт «Умгени», но был сбит зенитчиками.