В то время как продолжали высказывать возражения против боевого применения магнетрона Бомбардировочным командованием, H2S был нанесен серьезный удар, когда 7 июня 1942 г. разбился "Галифакс" с экспериментальным магнетронным устройством. Все на борту погибли, включая пятерых крупных ученых, занятых его разработкой. Производству H2S с магнетронами было придано очень большое значение. Первые испытания в специальной испытательной части, опять на "Галифаксе", были проведены в конце сентября 1942 г. К середине января 1943 г. 35-я эскадрилья получила девять первых серийных устройств и поставила их на свои "Галифаксы". Вместе со "Стирлин- гами" 7-й эскадрильи эта часть впервые применила H2S в боевых условиях в ночь с 30 на 31 января при налете на точечные цели в Гамбурге. Первые результаты оказались не совсем успешными из-за недоведенности приборов, и полностью потенциал H2S нельзя было использовать до тех пор, пока ранний вариант с длиной волны 10 дм не был заменен вариантом с 10-см волной. Через несколько недель после его появления Бомбардировочное командование расширило рамки его применения в PFF (которые теперь стали 8-й группой) и стало внедрять его на всех бомбардировщиках основных сил, кроме "Ланкастеров", оборудованных под 3628-кг бомбы. Эта цель была практически достигнута, и подфюзеляжный обтекатель H2S стал общим признаком всех поздних "Галифаксов", хотя их несли и варианты с "Мерлинами", за исключением 35-й и 405-й эскадрилий в метрополии и 614-й в Северной Африке.
Другой важной ролью "Галифакса", начиная с конца 1941 г., была помощь. Управлению специальных операций (SOE), касающаяся тайной деятельности за линией фронта. Модифицированные для сброса парашютных контейнеров через нижний люк, "Галифаксы" с 7 ноября 1941 г. летали в 138-й эскадрилье специального назначения, а позднее в 161-й и 511-й эскадрильях. Управляемые по большей части польскими экипажами, "Галифаксы" 138-й эскадрильи, в основном, перебрасывали снабжение польским партизанам – Армии Крайовой. При этом длина маршрута составляла более 3200 км, а время полета – до 14 часов. "Галифаксы" работали на пределе дальности. Начиная операции на "Галифаксах" в октябре 1942 г., 161-я эскадрилья специального назначения сосредотачивалась на действиях на малой высоте при выброске агентов и предметов снабжения над Францией, в то время как 511-я эскадрилья в том же месяце начала перебрасывать грузы в Средиземноморье. Для тайных операций на Ближнем Востоке из 161-й эскадрильи в июне 1943 г. было выделено 1575-е звено специального назначения. В сентябре оно было погло- щего 624-й эскадрильей, базировавшейся в Блиде. В феврале 1943 г. 148-я эскадрилья, действовавшая на "Либерейторах" на Ближнем Востоке, также получила "Галифаксы" для поддержки югославских партизан. 1586-е звено специального назначения, тоже польское подразделение, действовало как на "Либерейторах", так и на "Галифаксах" из Бриндизи, поддерживая одно время неудачное восстание польских патриотов в Варшаве в августе 1944 г. Позднее в этом же году это подразделение было превращено в 301- ю эскадрилью специального назначения.
В полете "Галифакс" II с новой носовой частью
"Галифакс" II с новом оперением
Еще больше модификаций Во время тайных операций "Галифаксы" (только типов II и V) часто летали с уменьшенными экипажами – в некоторых случаях только из четырех человек – двух летчиков, штурмана и "диспетчера" по погрузке-разгрузке для того, чтобы унести в бомбоотсеке как можно больше груза. Первые операции 138-й эскадрильи выявили необходимость улучшения летных характеристик "Галифакса", в частности, скорости и дальности для того, чтобы сделать полеты в Польшу более доступными и более полезными в отношении нагрузки. Вскоре "Хэндли-Пейдж" модифицировала один самолет тип II серии 1, выполнив тупой неостекленный нос с небольшими окошками вместо обычной турели, и сняв верхнюю турель. В то же время были сняты трубы аварийного слива горючего, т. к. более не было ограничений на посадочный вес. Для того, чтобы снизить сопротивление, были испытаны несколько альтернативных типов пламегасителей. Несколько более мелких изменений довели показатели до уровня первых серийных самолетов, несмотря на больший вес – до 29484 кг при моторах "Мерлин" 22 на 100-окта- новом бензине и наддуве 1122 мм.рт.ст., дававших 1480 л. с. на высоте 3734 м.