Французы прилагали усилия к перевооружению групп MS.406 на Девуатин D.520 или MB Л 52, но в этот период устаревший "Моран-Солнье" нес основную тяжесть боев. Его недостатки усугублялись неправильным тактическим применением. Прочные Блок MB. 152 со звездообразными моторами часто обеспечивали требующее большого расхода топлива прикрытие сверху, a MS.406 с сильно уязвимыми моторами жидкостного охлаждения обстреливали хорошо защищенные колонны немцев. Таким образом подрывались даже те возможности, которыми обладал только MS.406. Мало хорошего было в том, что MS.406 несли самые большие относительные потери среди всех французских истребителей, участвовавших в "битве за Францию". Разумеется, были и успехи. Например, 8 июня капитан Вильям из GCI/2 сбил три Bf 109 за 15 секунд, а другие летчики этой группы в тот же самый день одержали еще 9 побед, разогнав группу из 11 Bf 109 ценой потери только двух MS.406. В другом случае, 13 мая, шесть MS.406 из GCII/2 уничтожили шесть Bf 109 за 20 секунд. В общей сложности около 150 MS.406 были потеряны в боях французскими ВВС, 75 летчиков погибли (а всего по ВВС в бою погибло 144 летчика- истребителя). Вооруженные MS.406 группы и подразделения ПВО одержали 171 подтвержденную и 93 "вероятных" побед.
Выпуск MS.406 окончательно завершили на заводе в Бужено в марте 1940 г. партией из 8 самолетов, изготовленных по контракту 1052/9, заключенному в мае предыдущего года. Они были оплачены частной организацией "Независимая касса национальной обороны". Заказ, размещенный в 1938 г. Литвой на 13 самолетов MS.406L, не был выполнен, хотя первый из них взлетел весной 1939 г. Он отличался от стандартного MS.406 только приборами и типом радиостанции. Французское правительство объявило эмбарго на экспорт и самолеты были модифицированы по образцу для французской авиации.
Хотя к 10 мая 1940 г. ВВС приняли 1074 MS.405 и MS.406, часть из них была разбита в авариях или находилась в длительном ремонте, 30 машин в декабре 1939 г. – январе 1940 г. поставили в Финляндию. 30 – в феврале-марте 1940 г. продали Турции, 135 базировались в Северной Африке, Ливане и Индокитае. Оставшиеся 815 находились в строевых и учебных частях, а также в консервации во Франции. Правительство Китая в начале 1938 г. разместило заказ на 12 MS.406, но по очевидным причинам постройка этих самолетов задержалась, а во время чехословацкого кризиса контракт был аннулирован и самолеты собрали по французскому образцу. Впоследствии соответствующее количество MS.406 взяли с французских складов и доставили морем в Хайфон для перевозки в Китай по железной дороге. Эти самолеты были в пути, когда объявили о начале войны. Один или два самолета видимо лишенных стандартной 20-мм пушки, могли достичь китайского Куньмина, но практически все (если не вообще все) были реквизированы генерал-губернатором Индокитая после начала войны для того, чтобы вооружить истребительную эскадрилью 2/596, сформированную в конце октября 1940 г. в Бач-Май.
В начале 1939 г. заказ на MS.406 также разместило польское правительство. Он включал поставки польским ВВС 160 самолетов, из них 50 – к концу августа 1939 г., а оставшиеся – партиями по 20 самолетов в месяц, В ожидании поставок была достигнута договоренность с румынским правительством о выгрузке истребителей в контейнерах в румынском порту Констанца. Затем MS.406 должны были собираться на близлежащем аэродроме или транспортироваться по железной дороге к польской границе, где будет организована сборочная мастерская. Примерно 10 августа во Львове была сформирована группа под командованием полковника Сташона, переброшенная впоследствии в приграничный город Снятии в ожидании прибытия MS.406. К 13 августа эта часть насчитывала примерно 200 летчиков и механиков.
Военный инженер Рымцевич был послан в Румынию для организации выгрузки упакованных истребителей в Констанце, но ситуация день ото дня менялась. Румынское правительство заявило, что допустит только выгрузку контейнеров, но не разрешит собирать истребители в Румынии. 15 августа грузовое судно с первой партией самолетов подошло к Босфору, но под давлением немцев румынское правительство категорически запретило выгрузку и судно было вынуждено вернуться во французский порт. Последовавшее быстрое продвижение вермахта в Польшу воспрепятствовало дальнейшим планам отправить MS.406 в Польшу.
Ранее были упомянуты различные попытки улучшить характеристики MS.406 путем установки более мощных моторов (MS.408 и MS.411), но конструкторы шли другими путями. Для того, чтобы увеличить сильно ограниченную перегоночную дальность истребителя, в декабре 1939 г. MS.406 № 1005 летал с двумя гладко прилегавшими вспомогательными баками по 148 л, которые увеличили дальность до 1500 км. Это оборудование было одобрено в январе 1940 г.; заказали 100 пар баков, некоторые из которых были использованы в 1941 г. для перегонки MS.406 в Ливан для усиления GCI/7. Этот же самый самолет использовался для летных испытаний более высоко расположенного горизонтального оперения, но эта модификация не была принята к серийному производству.
Конечно самой радикальной модификацией базового истребителя с мотором Испано-Сюиза 12Y31, является MS.410, отличавшийся измененной конструкцией крыла, обеспечивавшей установку двух пулеметов МАС1934 М39 в каждом крыле и неподвижным радиатором вместо втягивавшегося. В январе-феврале 1940 г. на MS.406 № 1028 поставили частично переделанное крыло с четырьмя пулеметами MAC 1934 М39 с лентами по 550 патронов вместо стандартного вооружения из двух пулеметов MAC 1934 с барабанами на 300 патронов. Пулеметы обогревались и была установлена усовершенствованная электропневматическая система управления оружием. Предусмотрели крепления для вспомогательных топливных баков. Выпуклость на передней кромке крыла (необходимую для размещения магазинов ранее стоявших пулеметов) ликвидировали.
Таким образом этот самолет превратился в MS.410 № 1028 и впоследствии получил неподвижный радиатор, который ранее испытали в полете в марте 1940 г. на MS.406 № 1005. К сожалению, отчеты о MS.410 до наших дней дошли не полностью. Известно, что некоторые из первых MS.406, которые было запланировано переделать под новый образец (10 в Виллакублэ у "Мо- ран-Солнье" и полдюжины в Бурже у SNCAC) из-за продвижения немцев так и остались "гибридами", имея либо четыре пулемета, либо неподвижный радиатор. Другие были захвачены или уничтожены на земле до или после переделки. Среди самолетов, о которых было доложено, что они прошли полную переделку, были № 1040, 1051 и 1052, которые сдали ВВС в апреле-мае 1940 г., но нет никаких сведений об их успехах и вообще о участии в боевых операциях.
MS.406 из состава смешанной группы капитана Леонетти
MS.406 из состава 565-й эскадрильи, сбитый в бою с британскими "Мартлетами", Мадагаскар, май 1942 г.
MS.406 из состава группы "Эльзас" ВВС "Сражающейся Франции"
В первые месяцы 1940 г. выдали заказ 1022/0, требовавший переделки 500 MS.406 в MS.410. Другой заказ дали заводу SNCAC в Бийянкуре; он включал 150 комплектов крыльев MS410. В середине мая 1940 г. окончательно решили, что за исключением нескольких экземпляров, находящихся в переделке в Виллакублэ и Бурже, вся работа по MS.410 должна проводиться в ремонтных мастерских ВВС в Клермон-Ферране. Их должны были вести над поврежденными MS.406, а не забирать
исправные самолеты из частей, как первоначально планировалось. Считалось, что очень неэффективный прицел образца 1931 г. будет заменяться прицелом Бале-Лемаре GH-38, винт-автомат Ратье 1607 диаметром 3,1 м станет стандартным и будет применяться эжекторная выхлопная система "GAL-Бронза- виа". Во время испытаний в CEV в Орлеане в апреле 1940 г. выхлопные патрубки эжекторного типа установили на MS.406 № 1035 для сравнения со старыми. Это привело к увеличению максимальной скорости на 20 км/ч на высоте 2000 м, на 44 км/ч – на 4000 м и на 52 км/ч – на 7000 м. По несчастью, ни один MS.410 не сошел с переделочной линии в Клермон-Ферране до того времени, когда 25 июня вошло в силу перемирие.