Когда 20 июля 1940 г. провели учет всех самолетов в не оккупированной зоне, выявилось, что в это число входят 453 MS.406, хотя значительная доля их была непригодна к полетам, а многие даже не подлежали ремонту. Группы 1/2,11/2, III/5, 1/6, II/6 и 1/9 были расформированы в июле-августе 1940 г. за исключением GCI/7, базировавшейся в Раяке в Ливане. Эта группа
имела несчастье противостоять силам союзников в мае-июле 1941 г. Она выполнила 591 боевой вылет и одержала две подтвержденные и две "вероятные" победы. Аналогичная судьба выпала в мае 1942 г. 565-й истребительной эскадрилье, базировавшейся в Диего- Суаресе на Мадагаскаре. На 1 ноября 1941 г. она насчитывала 17 самолетов, а к 1 октября 1942 г. ее состав сократился до трех машин.
Когда 10 июня 1940 г. Италия вступила в войну, французское верховное командование, думая о возможности появления нового фронта в Триполитании, решило перебросить GCI/7 из Сирии в Исмаилию на Суэцком канале. 23 июня три MS.406 вылетели в Египет в качестве авангардной группы; один из них разбился при посадке и был списан. Когда двумя днями спустя вступило в силу перемирие между Францией, Германией и Италией, остальная часть группы осталась в Сирии. Французские летчики, перелетевшие в Исмаилию, решили присоединиться к силам "Свободной Франции". Два уцелевших MS.406, получившие британские номера, вместе с двумя Потэ 63.11, двумя Мартин 167F и одним Блок 81 образовали звено "Свободной Франции" №2. MS.406 летали на боевые задания с "Гладиаторами" и "Харрикейнами" 274- й эскадрильи, до того как в сентябре их перебросили в Хайфу. 13 ноября 1940 г. один из них отклонился от полосы при посадке во время испытательного полета в Хайфе; шасси подломилось на неровном грунте и левое крыло было повреждено. Другой MS.406 удрал из Ливана 5 декабря и перелетел в Хайфу, получив там британский номер. Использование французских истребителей ограничивалось недостатком запчастей.С расформированием 2-го звена 9 апреля 1941 г. самолеты перешли к 107-й вспомогательной части. В июле, с завершением сирийской кампании, в руки англичан попала дюжина уцелевших боеспособных MS.406, ранее принадлежавших GCI/7. Впоследствии они стали первоначальным вооружением группы "Эльзас", сформированной 15 сентября 1941 г. в Раяке.
Хотя ни одна боевая часть авиации Виши в не оккупированной зоне не летала на MS.406, некоторые из них продолжали использоваться в летных школах и учебных эскадрильях в Тулузе и Блиде (Алжир) для поддержания навыков пилотирования в 1942 г. В этом же году правительство Виши согласилось продать 30 MS.406, хранившихся в консервации, финскому правительству. Финские ВВС ранее получили 30 MS.406 со складов французских ВВС зимой 1939-40 годов. Они поступили в истребительную эскадрилью HLeLv28, сформированную 8 декабря 1939 г. Она вступила в боевые действия в феврале 1940 г. из Сакулы. 29 из них пережили "зимнюю войну" и в 1941 г. были дополнены 27 самолетами, купленными в Германии и включавшими и MS.406, и MS.410, захваченные вермахтом во Франции. Перед поставкой в Финляндию на них поставили немецкие радиостанции FuG 7а вместо Радио-Индустри 537, немецкие приборы, хвостовое колесо и броню для радиатора и пилота общим весом 80 кг. HLeLv28 специализировалась на охоте за поездами на Мурманской железной дороге. На некоторых экземплярах MS.406 в этой части 20-мм пушки HS9 или HS404 заменялись трофейными 12,7-мм пулеметами Березина (УБ). Хотя MS.406 был в общем-то популярен у финских летчиков, он оказался весьма неприятным в условиях суровой зимы и HLeLv28 страдала от низкой боеспособности самолетов.
Моран MS.406 финских ВВС; видна установка хвостового колеса вместо костыля
Швейцарский EKW D-3801, покрашенный под MS.406 французских ВВС
Когда вермахт оккупировал в ноябре 1942 г. вишистскую Францию, среди захваченных самолетов оказались MS.406 летных школ и учебных эскадрилий, а также небольшое количество истребителей этого типа, хранившихся в резерве. Большая часть из 46 выявленных MS.406 после переборки была передана ВВС Хорватии и составила вооружение двух эскадрилий.
Тем временем выпуск MS.406 по лицензии продолжался в Швейцарии, где в 1942 г. он стал самым массовым истребителем ВВС. После оценки в конце 1937 г. MS.405 швейцарским летчиком, швейцарское правительство запросило лицензию на его производство и заказало два самолета-образца у фирмы- разработчика. Эти самолеты-образцы в основном были подобны серийным MS.406 для французских ВВС и отличались только требуемыми приборами, радиостанцией и вооружением. Обозначенные MS.406H, они сохранили мотор Испано-Сюиза 12Y31 и были оборудованы под установку одного 7,49-мм швейцарского пулемета в каждом крыле. Первый MS.406 был оснащен винтом Шавьер 351 и вылетел из Виллакублэ в Швейцарию 11 сентября 1938 г., второй, с винтом Испано-Сюиза 270, последовал за ним 15 апреля 1939 г. Тем временем шла подготовка к сборке самолетов у "Эйдгеноссишен флюгцойгверк" (EFW) в Эммене. Эту сборочную линию должны были снабжать несколько субподрядчиков. Моторы 12Y31 по лицензии должны были строить компании "Заурер" и SLM, а винты изготовлять фирма "Эшер-Висс". Обозначенный в Швейцарии D-3800, MS.406H начал покидать сборочную линию EFW в ноябре 1939 г. В апреле 1940 г. три разведывательные части – 13-я, 14-я и 20- я были превращены в истребительные и вооружены D-3800, а 19-я заменила свои устаревшие Девуатин D.27 на истребители постройки EFW. Последовательно изготовили 80 D-3800, последний из которых был поставлен 29 августа 1940 г. Позднее, в 1942 г., еще два D- 3800 были собраны из запчастей.
Наиболее серьезным недостатком MS.406 было отсутствие достаточно мощного двигателя. Швейцарцы в значительной мере разрешили эту проблему приспособлением истребителя к мотору Заурер -SLMY31, дававшему 1020 л.с. на взлете и 975 л.с. на 3250 м. А. Заурер получил лицензию на производство двигателя Испано-Сюиза 12Y51, но мотор долго не могли довести и Y51 представлял собой усовершенствованный вариант 12Y51. Неподвижный радиатор заменил старый втяжной, ввели лобовое бронестекло, а также провели незначительное местное усиление конструкции. Новая модель появилась в производстве осенью 1940 г. под названием D-3801. EFW подключила к производству "Дорнье-Верк" и "Пилатус". Первый заказ на производство D-3801 включал 100 машин. Первая из них была поставлена 28 декабря 1940 г., а последняя – 19 июня 1942 г. Первыми частями, вооруженными D- 3801, стали 12-я и 18-я, за ними вскоре последовала 3-я. В 1943 г. 10 D- 3801 были собраны из запчастей, а в сентябре 1944 г. выпуск возобновили и построили еще 97 штук.
Во время "пика" применения истребителя "Моран-Солнье" в Швейцарии, в 1943 г., D-3801 были вооружены три подразделения (3-е,4-е и 5-е) 1-го полка и две эскадрильи 3-го полка, D-3800 имели три подразделения 3-го полка (18-е, 19-е и 20-е) и еще три (12-е, 13- е и 14-е) в 4-м полку. D-3801 с мотором YS1 отличался заметно более высокими летными характеристиками, чем стандартный MS.406, имея максимальную скорость 523 км/ч на высоте 4250 м при полном весе 2615 кг. На высоту 5 000 м он поднимался за 5,4 мин. D- 3801 служили долго и постепенно переводились на роль штурмовиков с шестью 80-мм ракетами на подкрыльной подвеске, а в качестве истребителей заменялись более современными типами машин. Последний полет был выполнен в Сионе 31 мая 1959 г.
Швейцарцы были не единственными, кто пытался улучшить характеристики MS.406 путем установки более мощного двигателя. Финны провели аналогичную операцию, когда появление на советско-финском фронте более современных истребителей сделало MS.406, применявшиеся HLeLv28, устаревшими. Вариант мотора Испано- Сюиза 12Y в 860 л.с. был разработан в СССР в КБ В. Климова как М-105П (или ВК-105П). Он имел взлетную мощность 1100 л.с., а номинальную – 1050 л.с. Он имел те же габариты и направление вращения, что и его французский предшественник, поэтому его установка на планер MS.406 была очень легка. Большое количество моторов М- 105П было захвачено вермахтом во время первоначального продвижения по Советскому Союзу. Эти моторы вместе с годными для них винтами ВИШ- 61П стали доступны для финского правительства.