Следующую серию из 25 Late 298D (№№ 57-81) заказали 5 апреля 1939 г., но нехватка винтов "Ратье" сдерживала производство и 29 августа решили временно ставить двухлопастные деревянные винты фиксированного шага "Шавьер". Применение этого пропеллера вынудило уменьшить нормальный взлетный вес с 4600 кг до 4400 кг, а также заложить балласт в 55 кг, прикрепленный к вторым шпангоутам обоих поплавков.
В начале Второй мировой войны французский флот обладал четырьмя эскадрильями, вооруженными Late 298. Это были Т1 в Беррре, Т2 в Шербуре, НВ1 и НВ2 на борту плавбазы "Коммандан Тест". 15 сентября 1939 г. сформировали эскадрилью ТЗ, получившую машины этого же типа. К началу следующего месяца флот имел 53 гидроплана Late 298, еще 28 ожидали сдачи военным. 22 ноября 1939 г. заказали дополнительно 65 самолетов. 9 января 1940 г. в Бикароссе состоялась приемка 68-го серийного самолета (Late 298D). 15 января сформировали эскадрилью Т4, которая тоже должна была эксплуатировать "Латекоэры".
10 марта 1940 г. 81-ю серийную машину флот вернул фирме для переделки в разведчик Late 298Е. Длину кабины увеличили, а торпедную подвеску сняли, заменив ее подфюзеляжной гондолой для наблюдателя. Late 298Е должен был выполнять две функции: разведчика и патрульного самолета. В качестве последнего он нес стандартное вооружение из трех 7,5-мм пулеметов "Дарн" и двух бомб G2 весом по 75 кг. Дальность полета при этом составляла 1550 км.
На 10 мая 1940 г., когда немцы начали свое наступление, пять эскадрилий имели по 10 Late 298 каждая. Т1, Т2 и ТЗ базировались в Шербуре и Булони, а Т4, НВ1 и НВ2 находились на средиземноморском побережье Франции. Две последние эскадрильи располагались на берегу, после того как "Коммандан Тест" превратили в транспорт. Первоначально гидропланы, базировавшиеся в Булони, патрулировали побережье, прикрывая высадку союзных войск в Вальхерене. Однако, отсутствие в пределах досягаемости немецких кораблей и нехватка штурмовиков у французских ВВС вынудила бросить поплавковые самолеты против колонн немецких войск. 21 мая "Латекоэры" покинули Булонь, но продолжали бомбить с пикирования и обстреливать части противника, летая из Шербура. Примером боевых операций эскадрилий, вооруженных Late 298, можно считать вылет 23 мая. 18 гидропланов сбросили с пикирования 500-кг бомбы на мосты и перекрестки дорог между Булонью и рекой Соммой. Потеряли три самолета, сбитых истребителями Bf 109Е, и один, уничтоженный немецкими зенитками. Если бы не выдающаяся живучесть и прочность, а также прекрасная маневренность Late 298, потери несомненно были бы значительно больше.
Ночные вылеты были более безопасны, поэтому Late 298 стали использовать чаще по ночам. Среди целей, атаковавшихся под покровом темноты, был, например, мост через Сомму в Ноэлле. Эскадрилья ТЗ бомбила его в ночь на 10 июня. В процессе отступления от Шербура до Уртина и Берра Late 298 осуществляли вылеты как на штурмовку, так и на противолодочное патрулирование. Несколько раз из Берра бомбили Геную. Эскадрилья НВ1, стоявшая на озере Убейра в Тунисе, атаковала итальянские крейсера.
С 23 марта 1940 г. на Late 298 начала переходить эскадрилья 1S1, а с середины июня к переучиванию приступила 3S6, размещавшаяся в Аспретто на Корсике. Капитуляция прервала процесс перехода на новую технику.
1 августа 1940 г. эскадрильи Tl, Т2, ТЗ, Т4, НВ1, НВ2, 1S1 и 3S6 переименовали соответственно в IT, 2Т, 3Т,4Т, 1НТ, 2НТ, 1S и 12S. На 15 августа французский флот обладал 75 Late 298. Экадрильи IS, 1НТ, 2НТ и 12S были расформированы, но правительство Виши организовало две новых эскадрильи поплавковых торпедоносцев 5Т и 6Т. Их сформировали в Берре, а в июле-августе 1941 г. самолеты перелетели в Дакар.
Производство гидропланов возобновили в марте 1942 г. с согласия германской контрольной комиссии. Заказано было 30 самолетов модификации Late 298F. Они были идентичны Late 298D за исключением некоторого упрощения рулевого управления. После событий ноября 1942 г. работники завода в Берре саботировали поставки самолетов немцам. Им удалось так растянуть работу, что "люфтваффе", после захвата ранее неоккупированной зоны получившие машины 6-й флотилии (в которую входили эскадрильи 3Т и 4Т), так и не смогли набрать техники для укомплектования хотя бы одной боеспособной эскадрильи.
На 7 ноября 1942 г. у флота правительства Виши имелись следующие части, вооруженные самолетами Late 298: 5-я флотилия (эскадрильи 1Т и 2Т) в Арзеве, 6-я флотилия (3Т и 4Т) в Берре, 7-я флотилия (5Т и 6Т) в Дакаре. Каждая флотилия по штату должна была располагать 13 машинами. 6-ю флотилию распустили 27 ноября 1942 г., а ее техника досталась немцам. 5-ю тоже вскоре расформировали и создали на ее базе эскадрилью 4S1, потру- лировавшую из Арзева западную часть Средиземного моря. Этим она продолжала заниматься и после переименования в эскадрилью 2S летом 1943 г. 7-я флотилия действовала подобным образом у побережья Западной Африки до переформирования 12 марта 1943 г. в эскадрилью 1S. Последняя располагала не только Late 298В, но и летающими лодками Луар 130. Эту эскадрилью расформировали в Дакаре 1 ноября 1943 г. Пригодные для полетов Late 298 передали в эскадрилью 2S в Арзеве, которая на 1 апреля 1944 г. имела 16 таких машин.
К этому времени эскадрилья 2S действовала в составе английского Берегового командования, взаимодействуя с "Веллингтонами". "Веллингтоны" искали подводные лодки, а "Латекоэры" атаковали их бомбами. В ноябре 1944 г. эскадрилью 2S перебросили в Сен-Мандрье для патрулирования южного побережья Франции. Ее усилили полудюжиной Late 298, найденных в Берре. Они стояли там на якорях с немецкими опознавательными знаками. Еще четыре машины (№№ 41, 49, 81 и 126) обнаружили там же законсервированными. Это позволило сформировать еще одну часть на Late 298 – эскадрилью 3S, появившуюся в Сен-Мандрье 1 апреля 1945 г. С 10 апреля четыре Late 298 из эскадрильи 2S находились в Уртине. Они патрулировали воды близ немецких опорных пунктов на атлантическом побережье Франции. Летчики достигли нескольких побед над немецкими вооруженными траулерами; два из них они вынудили зайти в занятые французами порты и сдаться. С января 1943 г. до дня победы над Германией Late 298 из эскадрильи 2S налетали 5363 часа, совершив 2038 боевых вылетов.
15 мая 1945 г. эскадрилью 3S перевели в Имменштадт под Фридрихсгафеном. Она использовала свои Late 298 для полицейского патрулирования до момента расформирования части 1 февраля 1946 г. Два месяца спустя распустили эскадрилью 2S. Все гидропланы из обеих частей передали эскадрилье 53S, превращенной в школу летчиков гидроавиации в Уртине. Там все машины, кроме трех, пустили на слом в 1950 г. Из этих трех две попали в школу техников морской авиации в Рошфоре, а одна, которая еще могла летать, использовалась в демонстрационных целях. В 1951 г. ее выставляли в экспозиции Морского салона. Самолет прибыл туда "своим ходом", сев в Суреснесе на реке Сене.