Далее подлодки должны были либо выйти на встречу судам снабжения для получения новых самолетов, бомб и топлива, либо действовать обычным способом, используя торпедное оружие.
Программа, естественно, развивалась в обстановке повышенной секретности и не удивительно, что союзники впервые услышали о ней лишь после капитуляции Японии. В начале 1942 г верховное командование Японии выдало судостроителям заказ на самые крупные подводные лодки, построенные кем-либо вплоть до начала атомной эпохи в судостроении. Планировалось построить 18 подводных лодок. В процессе проектирования водоизмещение такой подводной лодки возросло с 4125 тонн до 4738 тонн, а количество самолетов на борту с трех до четырех.
Теперь дело было за самолетом. Вопрос о нем штаб флота обсуждал с концерном Айчи, который, начиная с 20-х годов, строил самолеты исключительно для флота. Флот считал, что успех всей идеи целиком зависит от высоких характеристик самолета. Самолет должен был сочетать высокую скорость (до 560 км/ч), чтобы избежать перехвата, с большой дальностью полета (1500 км). Но так как самолет предусматривал фактически одноразовое применение, тип шасси даже не оговаривался. Диаметр ангара подводного авианосца задавался в 3,5 м, но флот требовал, чтобы самолет помещался в нем без разборки - плоскости можно было только складывать.
Конструкторы Айчи во главе с Токуичиро Гомеи посчитали столь высокие требования вызовом своему таланту и приняли их без возражений. В результате 15 мая 1942 г появились требования 17-Си к экспериментальному бомбардировщику "для специальных заданий". Главным конструктором самолета стал Норио Озаки.
Разработка самолета, получившего фирменное обозначение АМ-24 и короткое М6А1, продвигалась на удивление гладко. Самолет создавался под двигатель "Ацута" - лицензионный вариант 12-цилиндрового двигателя жидкостного охлаждения Даймлер-Бенц DB 601. С самого начала предусматривалось использование отсоединяемых поплавков - единственной демонтируемой части "Сейрана". Так как поплавки заметно снижали летные данные самолета, была предусмотрена возможность сброса их в воздухе в случае возникновения такой необходимости. В ангаре подводной лодки соответственно предусмотрели крепления для двух поплавков.
Летом 1942 г был готов деревянный макет, на котором в основном отрабатывалось складывание крыльев и оперения самолета. Крылья гидравлически поворачивались передней кромкой вниз и складывались назад вдоль фюзеляжа. Стабилизатор складывался вручную вниз, а киль - направо. Для работы ночью, все узлы складывания покрывались светящимся составом. В результате общая ширина самолета сокращалась до 2,46 м, а высота на катапультной тележки - до 2,1 м. Так как масло в системах самолета могло подогреваться еще во время нахождения подводной лодки под водой, самолет в идеале мог запускаться без шасси с катапульты уже через 4,5 минуты после всплытия. 2,5 минуты требовалось, чтобы присоединить поплавки. Все работы по подготовке самолета к взлету могли выполнить только четыре человека.
Конструкция самолета была цельнометаллической, за исключением фанерной обшивки законцовок крыла и тканевой обшивки рулевых поверхностей. Двухщелевые цельнометаллические закрылки могли использоваться в качестве воздушных тормозов. Экипаж из двух человек размещался под единым фонарем. В задней части кабины с января 1943 г было решено установить 13-мм пулемет "тип 2". Наступательное вооружение состояло из 850-кг торпеды либо одной 800- кг или двух 250-кг бомб.
В начале 1943 г на заводе Айчи в Нагое заложили шесть М6А1, два из которых были выполнены в учебном варианте М6А1-К на колесном шасси (самолет назывался "Нанзан" - "Южная гора"). Самолет за исключением законцовки киля почти не отличался от основного варианта, даже сохранил узлы крепления к катапульте.
Одновременно в январе 1943 г заложили киль первого подводного авианосца - 1-400. Вскоре заложили еще две подлодки - 1-401 и 1-402. Готовилось производство еще двух - 1-404 и 1-405. Одновременно было решено построить десять подводных авианосцев поменьше - на два "Сейрана". Их водоизмещение было 3300 тонн. Первую из них 1-13 заложили в феврале 1943 г (по первоначальному плану эти лодки должны были иметь на борту только один разведчик).