По этому заданию Кацудзи Накамура спроектировал аэродинамически чистый низкоплан с рядом интересных особенностей. Для самолета были выбраны два двигателя воздушного охлаждения Накадзима "Сакае" мощностью ИЗО л.с., но чтобы исключить отрицательный эффект реактивного момента винта, двигатели были двух модификаций "Сакае"-12 и "Сакае"- 22 с противоположным вращением винтов. Вооружение состояло из 20-мм пушки "тип 99 модель 1" и двух 7,7- мм пулеметов "тип 97" в носовой части и двух дистанционно управляемых башен с парой 7,7-мм пулеметов "тип 97" в каждой. Причем башни монтировались на фюзеляже тандемом уступом -сразу за кабиной пилотов. Управление пулеметными башнями, а также закрылками и уборка шасси, осуществлялись с помощью гидравлики. Первый "опытный трехместный эскортный истребитель 13-Си" (или коротко - J1N1) полетел в мае 1941 г. Для улучшения маневренности второй опытный самолет был оснащен закрылками, отклонявшимися на 20° при боевом маневрировании и на 40° при посадке. Были также установлены автоматические предкрылки. Оба самолета были переданы для официальных испытаний флоту в августе 1941 г. Испытания оказались неудачными, так как самолет был в целом перетяжелен, возникли проблемы из-за противоположного вращения винтов и сложной гидравлической системы. Дистанционно управляемые башни оказались слишком тяжелыми, а их наведение на цель было неточным. Кроме того, на виражах на J1N1 наблюдалась сильная тряска элеронов. Маневренность была признана недостаточной, хотя для двухмоторного самолета была довольно высокой. Сравнение с одномоторным истребителем "Мицубиси" А6М2 показало, что J1N1 уступает первому практически во всех аспектах за исключением дальности полета. В результате в октябре 1941 г флот решил отклонить дальний эскортный истребитель. Но так как самолет практически не уступал А6М2 в скорости, "Накадзиме" было предложено переделать несколько уже почти готовых машин в дальний скоростной разведчик берегового базирования.
При перепроектировании самолета особое внимание было уделено снижению веса и повышению надежности. Так, запас топлива был сокращен с 2270 л до 1700 л, а все вооружение, включая ненадежные башни, было снято. Также надежность эксплуатации самолета повысила замена двигателей с противоположным вращением винтов "Сакае"-21 и -22 только на "Сакае"- 22, не имевших редукторов. Для сохранения дальности полета при сокращении запаса топлива была предусмотрена возможность подвески под центропланом двух 330-л дополнительных баков. Фюзеляж был перекомпонован. В носовой части фюзеляжа располагались пилот и стрелок-радист. В распоряжении последнего был 13-мм пулемет "тип 2" на подвижной установке в конце кабины. Штурман располагался в отдельной кабине за крылом. Модифицированный самолет получил обозначение J1N1-C и успешно прошел летные испытания в июле 1942 г, после чего был запущен в серию под обозначением "разведчик морской тип 2". Так как надобность в специализированном самолете была не такой настоятельной по сравнению с основными боевыми типами, то темпы производства были низкими - с апреля 1942 г по март 1943 г Накадзима поставила только 54 J1N1-C, включая опытные машины. Разведчик начал поступать в боевые части с осени 1942 г. Впервые союзники увидели J1N1-C во время боев на Соломоновых островах, причем первоначально посчитали его истребителем и дали ему кодовое обозначение "Ирвин" в то время, когда разведчики получали женские имена. Позже самолет был переименован в J1N1-R, причем небольшое число из них получили за кабиной пилота башню с 20-мм пушкой "тип 99 модель 1". Весной 1943 г командир 251-го кокутая Ясино Козоно предложил установить пушки в фюзеляже самолета под углом к горизонту, переоборудовав тем самым разведчик в ночной истребитель. Обслуживающий персонал на аэродроме Рабаула вместо оборудования кабины штурмана установил две 20-мм пушки наклонно вверх под углом 30° и еще две - вниз. Доработанный самолет получил обозначение J1N1-C КАИ. Вскоре с его помощью были перехвачены и сбиты два бомбардировщика В-24 "Либерейтер", доказав тем самым пригодность идеи Козоно. Успех этого опыта вместе с осознанием необходимости в ночных истребителях заставили штаб флота выдать заказ Накадзиме переключиться с разведчика на перехватчик.
Производство истребителя J1N1-S "Гекко" (Лунный свет) "модель 11" началось на заводе в Коизуми в августе 1943 г. Темпы производства сразу возросли - с апреля 1943 г по март 1944 г было выпущено уже 183 J1N (в основном истребители) по сравнению с 54 за предыдущие 12 месяцев. До прекращения производства в декабре 1944 г было выпущено еще 240 самолетов.