Генерал Митчелл вошел в конфликт и с командованием флота, когда в начале 1920 года заявил, что воздушные атаки и атаки подводных лодок, которые прикончат любой поврежденный корабль, «отныне делают невозможными такие свободные действия надводных кораблей, как это было ранее. Они вообще способны загнать корабли с поверхности под воду». Через несколько дней на заседании конгресса Митчелл потребовал от флота проверить на практике его утверждения. Однако экстремизм способен породить только экстремизм, и вскоре разгорелись настоящие бои между теми, кто утверждал, что корабль совершенно беззащитен против воздушных атак, и теми, кто говорил, что корабли совершенно неуязвимы для самолетов. Разумеется, по обе стороны линии фронта имелись умеренные, но их никто не слушал.
Интерес к бомбардировкам военных кораблей с воздуха родился не вчера. Капитан-лейтенант Б.Дж. Лейтон всесторонне рассмотрел проблему в своей статье «Возможности бомбардировщика», опубликованной в мае 1919 года. Лейтон, пламенный сторонник морской авации, доказывал, что вполне возможно уничтожать корабли бомбардировкой с воздуха, и этим должен заниматься флот. Через несколько месяцев капитан-лейтенант Г.Т. Бартлетт предложил использовать для опытов устаревшие корабли.
Заявления Митчелла значительно ускорили проведение таких экспериментов. Флот решил проверить воздействие авиабомб на корабли, в частности определить эффективность брони. В ноябре 1920 года в качестве опытового корабля был использован броненосец «Индиана». В его жизненно важных местах были размещены бомбы весом до 600 фунтов и подорваны. Возможно, эти бомбы имели слишком малую взрывную силу, но, с другой стороны, броненосец был маленьким старым кораблем (10288 тонн, 1895 год). Испытания, проведенные негласно, сделали очевидным лишь то, что необходимы дополнительные эксперименты. Взрывами броненосец «Индиана» был потоплен.
Генерал Митчелл был приглашен наблюдать за экспериментами с «Индианой». Газета «Лондон Иллюстрейтед Ньюс» каким-то образом сумела раздобыть снимки полученных броненосцем повреждений и опубликовала их. А Митчелл подлил масла в огнь спора между линкором и самолетом. В то время генерал ратовал за создание военно-воздушных сил, не зависящих ни от армии, ни от флота, по образу и подобию Королевских ВВС. Он желал создать «министерство авиации», аналогичное министерствам (или департаментам по американской терминологии) армии и флота. Однако морские летчики предпочитали оставаться в составе флота. Армейская авиация являлась таким же отдельным родом войск, как пехота, артиллерия, кавалерия, со своей собственной организацией и должностями. В то же время морские летчики были обычными строевыми офицерами.
Пока Митчелл боролся за создание независимых ВВС, появились намеки, будто адмиралам и другим морским офицерам запрещено высказывать свои истинные взгляды. Тогда вопрос поднял контр-адмирал Уильям С. Симс, президент военно-морского колледжа. Раньше он совершенно не верил в ударный потенциал авиации. В стенах своего колледжа Симс провел ряд военных игр. После нескольких «боев» авианосных соединений против флота, не имеющего авианосцев, Симс превратился в ярого сторонника авианосной авиации.
Адмирал Симс стал неофитом воздушной мощи и сумел привлечь на свою сторону контр-адмирала Брэдли Э. Фиска, виднейшего исследователя американского флота. Фиск согласился, что самолеты способны уничтожать корабли. Выступая в поддержку строительства авианосцев, Симс заявил: «Я совершенно убежден, что будущее неизбежно докажет: флот, имеющий 20 авианосцев вместо 16 линкоров и 4 авианосцев, уничтожит флот противника». Его поддерживал адмирал Фиск: «Если бы в море произошел бой между авианосцем и 2 линкорами, и мне пришлось бы выбирать, на какой стороне выступить, я предпочел бы находиться на авианосце, а не на линкорах».
Но и Симс, и Фиск выступали против предложения Митчелла создать независимые ВВС, в которые будет сведена вообще вся военная авиация. Адмиралы были убеждены, что морская авиация должна входить в состав ВМФ.
Морские летчики, спекулируя на угрозах Митчелла создать независимые ВВС, убедили адмиралов сформировать собственные воздушные силы внутри ВМФ. Флот запросил у конгресса разрешение на создание военно-воздушного отдела в рамках министерства флота, который будет заниматься авиацией флота и морской пехоты. Разрешение было дано, и в августе 1921 года было создано «Бюро аэронавтики». Его руководителем был назначен контр-адмирал Уильям Э. Моффет. Этот пост он занимал до самой своей гибели в апреле 1932 года, когда он разбился на дирижабле «Акрон». Адмирал Моффет быстро доказал, что не уступает генералу Митчеллу как организатор и публицист.