3 английских эсминца бросились в атаку на невидимую подводную лодку. Они начали сбрасывать глубинные бомбы. Первая же серия серьезно повредила субмарину, а вторая выбросила ее на поверхность. Когда поврежденная лодка появилась на поверхности, ее встретил шквал снарядов с эсминцев. Едва немецкие моряки успели покинуть свой корабль, как U-39 быстро затонула. Эсминцы подобрали 43 человека ее экипажа. Это была первая немецкая подводная лодка, потопленная во Второй Мировой войне.
Примерно в это же время 3 истребителя-бомбардировщика «Скуа» с «Арк Ройяла» заметили на поверхности другую подводную лодку. Она пыталась потопить брошенное экипажем торговое судно, которое ранее вызывало помощь. Когда самолеты приблизились, лодка погрузилась. «Скуа» сбросили бомбы на место погружения субмарины. Однако бомбы взорвались раньше, чем низколетящие самолеты успели выйти из опасной зоны. 2 «Скуа» получили серьезные повреждения и были вынуждены сесть на воду. Третий самолет около 20 минут кружил над покинутым торговым судном, пока подводная лодка снова не показалась на поверхности. Тогда «Скуа» обстрелял ее из пулеметов, но вскоре был вынужден прекратить бой, так как у него кончался бензин. Когда самолет улетел, U-30 подобрала 4 человека экипажей сбитых «Скуа» и снова погрузилась. 6 «Суордфишей» «Арк Ройяла» прилетели как раз вовремя, чтобы проследить, как она добивает торпедой транспорт. Самолеты сбросили бомбы на подводную лодку, но безрезультатно.
Казалось бы, что с потоплением одной из 2 обнаруженных подводных лодок противолодочный поиск больших авианосцев увенчался успехом. Но через 3 дня все переменилось. 17 сентября авианосец «Корейджес», вышедший в свой второй противолодочный поход, находился в 350 милях от мыса Лендз Энд. В 18.00 авианосец был замечен подводной лодкой U-29. В этот момент 2 из 4 эсминцев сопровождения отделились, чтобы помочь торговому судну. Только через 2 часа подводная лодка сумела выйти в атаку, и то лишь потому, что авианосец развернулся против ветра, чтобы принять самолет. U-29 выпустила в него 3 торпеды, 2 из них попали в цель. Через 15 минут «Корейджес» затонул, унеся с собой 519 офицеров и матросов из 1260 человек экипажа. «Корейджес» стал первым авианосцем, потопленным в этой войне, который погиб всего через 2 недели после начала военных действий.
После гибели «Корейджеса» «Арк Ройял» и «Гермес» прекратили противолодочное патрулирование. Было решено, что большие авианосцы слишком уязвимы, чтобы рисковать ими в такой охоте.
Следующий поход «Арк Ройял» совершил в Северное море, к берегам Норвегии. Вместе с 2 линейными крейсерами и группой эсминцев он должен был прикрыть возвращение поврежденной подводной лодки, которая не могла погружаться. Утром 26 сентября патрульный «Суордфиш» заметил 3 больших немецких летающих лодки. «Арк Ройял» немедленно поднял 9 истребителей «Скуа». Ни один из английских кораблей не имел радара, и прошло некоторое время, прежде чем истребители сумели обнаружить самолеты противника. Когда показались истребители, летающие лодки немедленно повернули назад, сопровождаемые ливнем пуль. Одна из них была вынуждена снизиться, а затем сесть на воду. Ее экипаж замахал белыми комбинезонами в знак капитуляции. Позднее английский эсминец подобрал всех 4 человек. Это был первый немецкий самолет, сбитый в ходе войны.
Но теперь противник знал координаты английского соединения, и вскоре с аэродромов взлетели 9 Не-111 и 4 Ju-88, чтобы атаковать английские корабли. Бомбардировщик Ju-88 имел скорость 270 миль/час и мог нести 4000 фунтов бомб. Атака «Арк Ройяла» стала боевым дебютом этого самолета.
Немецкие самолеты были замечены, когда подходили на высоте 6000 футов. На этом театре военных действий теперь будет часто повторяться такая странная картина: чтобы отбить воздушную атаку, английский авианосец опускает все самолеты, включая истребители, в ангар. С них сливают топливо, чтобы уменьшить опасность пожаров. Лишь зенитные орудия авианосца и кораблей сопровождения обеспечивали защиту от вражеских бомбардировщиков. Было более чем сомнительно, что «Скуа» сумеют остановить Не-111, который имел скорость на 30 миль/час больше. Про Ju-88 говорить вообще не приходилось.