«Альбион» ушел «на восток от Суэца» в ноябре 1962 года. Пересекая Индийский океан по пути в Сингапур, он получил приказ следовать полным ходом. 8 декабря 1962 года в султанате Бруней, английском протекторате, находящемся внутри британской колонии Саравак, началось маленькое и не слишком серьезное восстание. Само восстание было быстро подавлено английскими войсками, переброшенными по морю и воздуху в ответ на просьбу султана. Порядок был восстановлен, а главарь мятежников удрал на Филиппины.
Многие повстанцы нашли убежище в джунглях, а некоторые пересекли границу Индонезии. Эти повстанцы были перевооружены и обучены индонезийцами. Они вернулись в Саравак вместе с индонезийскими солдатами. Англичане столкнулись с проблемой просачивания партизан через границу в джунглях, имеющую протяженность сотни миль.
Прибыв в Сингапур, «Альбион» принял на борт дополнительные войска и отправился на Борнео, куда прибыл 15 декабря. 18 вертолетов «Альбиона» были немедленно привлечены к поддержке английских войск на берегу. Вертолеты позволяли войскам патрулировать район с большей скоростью. При этом использовалось меньше людей, чем при высылке патрулей на автомобилях. К тому же вертолеты позволяли осматривать такие районы, куда другие средства транспорта попасть просто не могли. 8 «Уирлуиндов» «Альбиона» базировались на берегу. «Уэссексы», имевшие большую дальность полета, действовали как с корабля, так и с береговых баз. Часть береговых «аэродромов» на Борнео была просто полянами, расчищенными в джунглях, куда завезли несколько бочек бензина. Обслуживание вертолетов на берегу превращалось в операцию по выживанию для летчиков и техников. Как вспоминал один из механиков: «Требовалось обслуживать машину при погоде или слишком жаркой, или слишком влажной. Лишь изредка выпадало что-то среднее. Мы не имели ничего, кроме походных кроватей, противомоскитных сеток и туземных баша (бамбуковых хижин). Питались только сухим пайком и тем, что удавалось приобрести у местных племен».
Последующие 3 года английские и малазийские войска оказались связаны в трудной кампании, которую называют конфронтацией с индонезийскими солдатами и местными партизанами. Главной задачей Королевского Флота была охрана береговой линии Малайзии от вражеских высадок. Чаще всего они производились с сампанов, иногда с торпедных катеров, которые были поставлены Индонезии Советами. Английские проблемы усложнялись традиционной меновой торговлей между индонезийцами и тысячами рыбаков в узостях Малаккского и Сингапурского проливов. Главная тяжесть патрулирования легла на мелкие корабли. Однако крупные корабли, включая корабли коммандос, регулярно ремонтировали, заправляли, снабжали продуктами «меньших братьев». Более важным было то, что либо «Бульварк», либо «Альбион» находились недалеко от берега и могли, в случае необходимости, перебросить в район операции войска и технику. Собственные вертолеты кораблей коммандос часто бывали на берегу, так же, как и их морские пехотинцы, переходя под оперативный контроль КВВС. Это сотрудничество, а также участие австралийских и новозеландских войск сделали кампанию одной из самых «комбинированных» в военной истории. Конфронтация с Индонезией продолжалась до неудачной попытки коммунистического переворота в этой стране и прихода к власти военных осенью 1965 года.
В 1963 году командование Королевского Флота решило держать по крайней мере 2 ударных авианосца «к востоку от Суэца», не считая 1 корабля коммандос. 1 батальон морской пехоты находился на борту корабля коммандос, а второй батальон и штаб бригады находились в Сингапуре. Третий батальон находился в Адене. Так как корабль коммандос на короткое время мог взять на борт 2 батальона, то Королевский Флот в этот период имел в Юго-Восточной Азии мощные десантные силы.
Когда англичане накрепко завязли в конфронтации с Индонезией, в Йемене началась гражданская война. Потребовались дополнительные сухопутные и воздушные силы, чтобы патрулировать границы Адена и Южно-Аравийской федерации. Эти задачи решались мелкими подразделениями, целиком зависевшими от снабжения по морю. Затем разразился третий кризис: в конце января 1964 года произошла революция на острове Занзибар и взбунтовались армейские части в соседней Танганьике. Было ясно, что на соседние Кению и Уганду надвигается серьезная угроза. Все эти молодые государства входили в Британское Содружество. В Кении и Уганде верные правительству войска контролировали важные аэродромы, что сделало возможной переброску войск по воздуху из Адена и Соединенного Королевства. Но в Танганьике мятежники захватили аэродромы, столицу Дар-эс-Салам и порт.